0114-KDIP1-1.4012.790.2025.9.MM

Interpretacja indywidualna2026-08-20Dyrektor Krajowej Informacji SkarbowejAktualna

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrot nadwyżki podatku naliczonego z otrzymanych Duplikatów Faktur VAT w rozliczeniu za okres, w którym Spółka otrzymała Duplikaty Faktur VAT lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych.

Interpretacja indywidualna po wyroku sądu
– stanowisko nieprawidłowe

Szanowni Państwo,

1.  ponownie rozpatruję sprawę Państwa wniosku z 23 września 2025 r. o wydanie interpretacji indywidualnej – uwzględniam przy tym wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z 17 marca 2026 r. sygn. akt I SA/Bd 38/26 (data wpływu prawomocnego orzeczenia 11 czerwca 2026 r.); i

2.  stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego stanu faktycznego w podatku od towarów i usług w zakresie prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu nadwyżki podatku naliczonego z otrzymanych Duplikatów Faktur VAT w rozliczeniu za okres, w którym otrzymali Państwo Duplikaty Faktur VAT lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych - jest nieprawidłowe.

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

23 września 2025 r. wpłynął Państwa wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej. Uzupełnili go Państwo - w odpowiedzi na wezwanie – pismem z 7 listopada 2025 r.

Treść wniosku jest następująca:

Opis stanu faktycznego

(i)  Charakterystyka Wnioskodawcy

A Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością (…) (dalej: „Wnioskodawca”) jest podmiotem, którego główna działalność polega na świadczeniu usług (...). Wnioskodawca prowadzi swoją działalność na terytorium Polski, działalność Wnioskodawcy podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług (dalej: „VAT”).

(ii) Opis sporu sądowego i zawartego porozumienia pomiędzy Wnioskodawcą, a Kontrahentem

Wnioskodawca jest podmiotem posiadającym siedzibę w Polsce, specjalizującym się w świadczeniu usług (…).

Kontrahent Wnioskodawcy (dalej: „Kontrahent”) jest podatnikiem VAT czynnym (...). W ocenie Kontrahenta, świadczył on na rzecz Wnioskodawcy usługi (...). W związku z tym Kontrahent wystawił na rzecz Wnioskodawcy za okres od 10 grudnia 2017 r. do 12 grudnia 2020 r. następujące faktury:

a)  (…) z dnia 17 stycznia 2019 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

b)  (…) z dnia 17 stycznia 2019 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto skorygowaną fakturą korygującą nr (…) z dnia 17 września 2019 r. do kwoty (…) netto, tj. (…) zł brutto;

c)  (…) z dnia 17 czerwca 2019 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto skorygowaną fakturą korygującą nr (…) z dnia 17 września 2019 r. do kwoty (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

d)  (…) z dnia 5 sierpnia 2019 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto skorygowaną fakturą korygującą nr (…) z dnia 17 września 2019 r. do kwoty (…) zł brutto, tj. (…) zł brutto;

e)  (…) z dnia 10 grudnia 2019 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

f)   (…) z dnia 24 stycznia 2020 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

g)  (…) z dnia 30 kwietnia 2020 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

h)  (…) z dnia 24 lipca 2020 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

i)    (…) z dnia 14 października 2020 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

j)    (…) z dnia 9 lutego 2021 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

- łącznie na kwotę (…) zł brutto ((…) zł netto) (dalej: „Faktury VAT”).

Kontrahent, uzasadniając swoje stanowisko, argumentował, że w ramach wykonywania swojej działalności Wnioskodawca (...).

W związku z tym, powołując się na (...), wskazał że Wnioskodawca obowiązany był (...).

Wnioskodawca z kolei stał na stanowisku, że (...).

W myśl tego stanowiska, Wnioskodawca konsekwentnie uważał, że Kontrahent nie świadczy na jego rzecz żadnych usług, a tym samym Faktury VAT przesyłane do Wnioskodawcy nie dokumentują czynności rzeczywiście dokonanych. Stąd też Wnioskodawca odmawiał ich zapłaty, odsyłał je Kontrahentowi i nie uwzględniał ich w swojej ewidencji rachunkowej i podatkowej.

W związku z powyższym, (...) w styczniu 2019 r. wszczął postępowanie administracyjne, w którym wydał w dniu 11 lipca 2019 r. decyzję, znak: (…) (dalej: „Decyzja poprzedzająca”), w której nie zgodził się ze stanowiskiem Wnioskodawcy i stwierdził (...), bez zawartej umowy (...). Ponadto, (...) wyznaczył termin na usunięcie nieprawidłowości wskazanej w decyzji do dnia 30 września 2019 r.

W rozstrzygnięciu stwierdzono, że:

·       Wnioskodawca, (...), nie zawarł z Kontrahentem, (...), wymienionej umowy;

·   (...).

Wnioskodawca, nie godząc się z tym stanowiskiem, złożył do (...) wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy. Po rozpatrzeniu wniosku, (...) decyzją z dnia 19 września 2019 r., znak: (…) utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję (dalej: „Decyzja”).

Na Decyzję Wnioskodawca wniósł skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (dalej: „WSA”) w (...).

17 lipca 2020 r. WSA w (...) wydał wyrok, w którym oddalił skargę Wnioskodawcy, ponieważ zaskarżona Decyzja ani Decyzja ją poprzedzająca nie naruszają przepisów prawa w sposób uzasadniający ich uchylenie.

Następnie Wnioskodawca złożył skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego (dalej: „NSA”). NSA w wyroku wydanym w dniu 23 kwietnia 2024 r., sygn. (…), oddalił przedmiotową skargę i utrzymał w mocy Decyzję.

16 grudnia 2024 r. Sąd Okręgowy (…) wydał wyrok sygn. (…), w którym zasądził od Wnioskodawcy kwotę (…) zł na rzecz Kontrahenta wraz z ustawowymi odsetkami za opóźnienie oraz zwrot kosztów procesowych w kwocie (…) zł za opóźnienie tytułem (...) przez Kontrahenta w okresie od 10 grudnia 2017 r. do 12 grudnia 2020 r. bez zawartej umowy, (...). Przedmiotowy wyrok stanowi podstawę stwierdzenia zasadności wystawienia Faktur VAT.

16 lutego 2023 r. Wnioskodawca zawarł z Kontrahentem umowę (...). W odniesieniu do świadczeń wykonanych za okresy przed tą datą, w dniu 6 marca 2025 r. Kontrahent zawarł z Wnioskodawcą porozumienie (dalej: „Porozumienie”), którego celem była zapłata należności z Faktur VAT oraz zmniejszenie płatności na rzecz Kontrahenta zasądzonych przez Sąd Okręgowy (…) w wyroku z dnia 16 grudnia 2024 r. o 10% odsetek oraz koszty postępowania sądowego.

W związku z zaginięciem pierwotnie wystawionych Faktur VAT (tj. egzemplarzy dla nabywcy, które zostały odesłane przez Wnioskodawcę bez ich księgowania) w marcu 2025 r. Kontrahent wystawił i przesłał Wnioskodawcy duplikaty Faktur VAT. Wnioskodawca odebrał duplikaty Faktur VAT i zamierza uwzględnić je w swojej ewidencji rachunkowej i podatkowej oraz dokonać odliczenia podatku naliczonego z tytułu otrzymanych duplikatów Faktur VAT w rozliczeniu podatku od towarów i usług za ich miesiąc otrzymania.

Uzupełnienie opisu stanu faktycznego

Jak Spółka wskazywała we wniosku, Wnioskodawca pierwotnie, w przypadku otrzymania Faktur VAT, nie uwzględniał ich w swojej ewidencji rachunkowej i podatkowej, odmawiał ich zapłaty oraz niezwłocznie odsyłał je Kontrahentowi. Od chwili odesłania Wnioskodawca nie miał więc kontroli nad żadną z Faktur VAT, wszystkie one pozostawały w dyspozycji Kontrahenta.

Jak Spółka wskazała we Wniosku, 6 marca 2025 r. Kontrahent zawarł z Wnioskodawcą porozumienie (dalej: „Porozumienie”), którego celem była m.in. zapłata należności z Faktur VAT. W § 2 pkt 3 Porozumienia zawarto następujący zapis: „B zobowiązuje się do przekazania A w dniu podpisania niniejszego Porozumienia duplikatów Faktur VAT, jako załączniki do niniejszego Porozumienia”. Treść Porozumienia była więc podstawą do wystawienia duplikatów Faktur VAT przez Kontrahenta. Jednocześnie należy zaznaczyć, że Wnioskodawca nie występował o wydanie duplikatów, pomysł na takie działanie i umieszczenie takiego zapisu w Porozumieniu wyszedł z inicjatywy Kontrahenta. Dodatkowo Kontrahent, zapytany przez Wnioskodawcę o powód wystawienia duplikatów zamiast przesłania pierwotnie wystawionych Faktur VAT, nie odpowiedział wprost na pytanie Wnioskodawcy, ale odesłał Wnioskodawcę do zapisów Porozumienia.

Mając powyższe na uwadze, Spółka pragnie sprecyzować, że nie ma wiedzy, czy Faktury VAT wystawione pierwotnie zaginęły. Działania Kontrahenta, w ocenie Wnioskodawcy, pozwalają natomiast przyjąć, że tak się faktycznie stało. Gdyby było inaczej, Kontrahent zamiast proponować wystawienie duplikatów i postulować umieszczenie w Porozumieniu ww. zapisu, zgodnie z przepisami ustawy o VAT, po prostu przesłałby do Wnioskodawcy pierwotnie wystawione Faktury VAT. Ponadto, gdyby pierwotnie wystawione Faktury VAT były wciąż w dyspozycji Kontrahenta, ten, zamiast zbywać pytanie Wnioskodawcy, po prostu by je do niego przesłał.

Podsumowując, w świetle przedstawionych okoliczności, należy przyjąć, że Faktury VAT wystawione pierwotnie zaginęły u Kontrahenta – w odmiennym przypadku Wnioskodawca otrzymałby pierwotnie wystawione Faktury VAT.

Pytanie

Czy w świetle opisanego stanu faktycznego, Wnioskodawca ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego, wynikającego z otrzymanych duplikatów Faktur VAT, za okres, w którym je otrzymał lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych?

Państwa stanowisko w sprawie

Wnioskodawca ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego, wynikającego z otrzymanych duplikatów Faktur VAT, za okres, w którym je otrzymał lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych.

Uzasadnienie stanowiska Wnioskodawcy

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego

Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

W myśl art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT:

Kwotę podatku naliczonego stanowi:

a)  suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług,

b)  dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.

Z treści art. 86 ustawy o VAT, wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych.

Warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi. Przedstawiona zasada wyklucza możliwość dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z usługami i towarami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających temu podatkowi. Przy czym związek dokonywanych zakupów z działalnością gospodarczą może mieć charakter pośredni lub bezpośredni.

Mając na uwadze przedstawiony stan faktyczny oraz powołane przepisy należy stwierdzić, że w ocenie Wnioskodawcy przysługuje mu, na podstawie art. 86 ust. 1 pkt oraz 86 ust. 2 pkt 1 lit. a ustawy o VAT, prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z dokonanego na terytorium kraju zakupu usług udostępnienia obiektu infrastruktury usługowej, ponieważ:

·      jest czynnym podatnikiem podatku VAT,

·      świadczy usługi podlegające opodatkowaniu VAT (usługi (...)),

·      usługi udostępnienia obiektów infrastruktury usługowej zostały zakupione w związku z prowadzeniem działalności opodatkowanej.

Realizacja prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym

W myśl art. 86 ust. 10 i ust. 10b pkt 1 oraz ust. 11 ustawy o VAT, prawo do obniżenia kwoty podatku VAT należnego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym powstanie obowiązek podatkowy w odniesieniu do nabywanych towarów i usług lub w deklaracji podatkowej za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych, jednak nie wcześniej niż w okresie rozliczeniowym, w którym nabywca otrzyma od sprzedającego fakturę VAT dokumentującą faktyczne dokonanie transakcji.

Przepis ust. 10 stosuje się odpowiednio do całości lub części zapłaty uiszczanej przed dokonaniem dostawy lub wykonaniem usługi, zatem powyższe przepisy mają również zastosowanie do otrzymania faktury zaliczkowej. Nadwyżka podatku VAT naliczonego nad podatkiem VAT należnym związana z transakcją podlega zwrotowi na zasadach określonych w art. 87 ustawy o VAT.

Uwzględniając powyższe, podatnik może zrealizować prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, jeżeli:

·      w stosunku do nabytych usług powstanie obowiązek podatkowy,

·      posiada dokument uprawniający do odliczenia VAT (fakturę lub dokument celny),

·      nie występują przesłanki wyłączające z art. 88 tej ustawy, w szczególności faktury zakupu nie dokumentują czynności, które nie zostały dokonane

- przy czym realizacja tego prawa może nastąpić dopiero, gdy wszystkie powyższe warunki będą spełnione łącznie.

Ustalenie, czy usługi Kontrahenta zostały faktycznie wykonane i czy Faktury VAT nie są fakturami pustymi

Uwzględniając przedstawiony we wniosku stan faktyczny, Faktury VAT w latach 2019-2021 zostały do niego wysłane, jednakże Wnioskodawca ich:

  • nie zaakceptował,
  • nie opłacił,
  • nie wprowadził do swojej ewidencji rachunkowej i podatkowej,
  • odesłał do Kontrahenta.

Na dzień otrzymania przez Wnioskodawcę Faktur VAT uważał on je za wystawione bezpodstawnie i niedokumentujące faktycznie wykonanych usług na jego rzecz usług. Takie stanowisko Wnioskodawcy było uzasadnione ze względu na nietypową sytuację, w której się znajdował: (...).

Dopiero wyrok NSA ostatecznie związał Wnioskodawcę (...), że między Wnioskodawcą a Kontrahentem istnieje stosunek zobowiązaniowy i podmioty te obowiązane były do zawarcia umowy (...).

Jest to więc sytuacja nietypowa. Należy zauważyć, że a contrario, tj. gdyby wynik sporu (...) był odmienny, potwierdzałby on, że świadczenie usług pomiędzy Wnioskodawcą a Kontrahentem w ogóle by nie istniało, a co za tym idzie faktury wystawiane przez Kontrahenta od samego początku byłyby puste. Stało się jednak inaczej.

Mając powyższe na uwadze, dopiero wyrok NSA z 2024 r. ostatecznie potwierdził niepewną do tego czasu kwestię, czy między Wnioskodawcą a Kontrahentem w ogóle istnieje stosunek zobowiązaniowy i jaki jest jego zakres. Stąd, w ocenie Wnioskodawcy, dopiero od tego momentu można uważać za rzecz pewną, że usługi Kontrahenta zostały faktycznie przez niego wykonane na rzecz Wnioskodawcy, że w związku z ich wykonaniem powstał po stronie Kontrahenta obowiązek podatkowy i że Faktury VAT je dokumentujące nie mogą być uznane za puste.

Ustalenie momentu skutecznego doręczenia faktur

Zgodnie z art. 86 ust. 10b pkt. 1 ustawy o VAT jednym z warunków koniecznych do realizacji prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, jest otrzymanie przez podatnika faktury lub dokumentu celnego.

Dla ustalenia, czy faktura została otrzymana, kluczowa jest okoliczność, czy faktura została wprowadzona do obrotu prawnego tj. została przyjęta (odebrana) przez nabywcę towaru lub usługi oraz wprowadzona do jego ewidencji rachunkowej i podatkowej. Faktura sporządzona, a niewprowadzona do obrotu prawnego, nie jest fakturą wystawioną. Można wyróżnić trzy warianty, w których faktura sporządzona nie zostaje wprowadzona do obrotu prawnego:

      gdy faktura nie zostanie wysłana do kontrahenta,

      gdy faktura zostanie wysłana, ale nie zostanie odebrana przez kontrahenta,

      gdy faktura zostanie wysłana i odebrana, a następnie odesłana przez kontrahenta (w taki sposób, że sprzedawca posiada oba egzemplarze faktur - oryginał i kopię - a kontrahent nie uwzględnił faktury w swoich ewidencjach) a jednocześnie nie doszło do zrealizowania transakcji.

W niniejszej sprawie, jak wskazano, Wnioskodawca od samego początku nie uważał, żeby Kontrahent świadczył na jego rzecz jakiekolwiek usługi - nie zamawiał ich, nie uzgadniał, jak również nie uważał, że ich potrzebuje. (...).

Jednocześnie na moment otrzymania Faktur VAT Wnioskodawca zasadnie mógł uważać, że Faktury VAT nie dokumentują żadnych rzeczywiście wykonanych na jego rzecz usług, i do zakończenia sporu prawnego z (...) mógł zasadnie nie uznawać wskazanych usług za wykonane. Inne działanie narażałoby Wnioskodawcę na zarzut działania niezgodnie z prawem i ryzyka związane z odliczeniem podatku naliczonego z pustych faktur.

W tych okolicznościach Faktur VAT wysłanych przez Kontrahenta w latach 2019 - 2021 nie można uznać za skutecznie doręczone i wprowadzone do obrotu, ponieważ Wnioskodawca, jak już wskazywano:

      odesłał je do Kontrahenta,

      nie wprowadził do swojej ewidencji rachunkowej i podatkowej,

      fakt wykonania usług i ich zakres od samego początku był obiektem sporu prawnego i zależny był od wyniku tego sporu.

Jak wskazano powyżej, dopiero wyrok NSA z 2024 r. ostatecznie rozwiał wątpliwości, czy między Wnioskodawcą a Kontrahentem w ogóle istnieje jakiś stosunek zobowiązaniowy i jaki jest jego zakres. Dopiero też od tego momentu można mówić o możliwości skutecznego doręczenia faktur Wnioskodawcy, co też nastąpiło w marcu 2025 r., w którym Kontrahent przesłał Wnioskodawcy duplikaty faktur.

Powyższe oznacza, że w momencie ich przesłania do Wnioskodawcy, Faktury VAT nie mogły stanowić podstawy realizacji prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Za taki moment można uznać dopiero moment otrzymania duplikatów Faktur VAT, tj. marzec 2025 r.

Powyższe wnioski znajdują potwierdzenie w wyrokach sądów administracyjnych. Przykładowo:

      Wyrok WSA w Warszawie z 18 czerwca 2013 r., sygn. III SA/Wa 1862/12 (orzeczenie prawomocne):

„Należy również zwrócić uwagę, że dokonanie korekty faktury jest możliwe jedynie w przypadku, gdy pierwotna faktura została wprowadzona do obrotu prawnego, tzn. została przyjęta (odebrana) przez nabywcę towaru lub usługi oraz ujęta w jego rozliczeniach. W sytuacji, gdy wystawiona faktura nie została wprowadzona do obrotu prawnego, wówczas istnieje możliwość anulowania tej faktury”.

      Wyrok WSA w Gliwicach z 27 stycznia 2021 r., sygn. I SA/Gl 1175/20 (orzeczenie prawomocne):

„Sąd zauważa, że w powoływanym szeroko opracowaniu C. Goldy wskazuje się, że za zasadnością przyjęcia stanowiska dopuszczającego anulowanie faktury VAT jako niewprowadzonej do obrotu prawnego także w przypadku, gdy faktura ta została wystawiona (a zatem wydana nabywcy usługi lub towaru), a następnie przez niego zakwestionowana co do istoty (a zatem wykonania usługi lub dostawy towaru) i zwrócona wystawcy, przemawiać powinna także rola faktury VAT jako dokumentu księgowego (rozliczeniowego) oraz to, co w kontekście tego dokumentu należy rozumieć przez zwrot „wprowadzenie do obrotu”. Otóż, faktura VAT jest dokumentem, który ma potwierdzać na gruncie prawa podatkowego przebieg określonych i zaewidencjonowanych na tymże dokumencie transakcji gospodarczych. Owo udokumentowanie ma zaś służyć umożliwieniu organom podatkowym weryfikacji poprawności rozliczenia podatnika w podatku obrotowym, tj. w podatku od towarów i usług, oraz w jednym z podatków dochodowych. Tym samym, choć faktura VAT powinna być sporządzona w dwóch jednakowych egzemplarzach, tj. dla sprzedawcy i nabywcy, to jednak dokument ten nie służy relacji pomiędzy stronami transakcji handlowej (stronami obrotu). Będąc konsekwencją ciążącego na podatnikach obowiązku formalnoprawnego, pełni wyłącznie charakter ewidencyjny (a tym samym gwarancyjny) w relacjach podatnik - państwo. Prawem podatnika nabywającego usługę lub towar jest możliwość skorzystania z uprawnienia, jakie daje art. 86 u.p.t.u., tj. pomniejszenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Aby podatnik miał taką możliwość, musi jednak otrzymaną fakturę VAT zaewidencjonować w księdze podatkowej. Zaewidencjonowanie faktury VAT w księgach podatkowych przez podatnika (wystawcę i nabywcę) jest zarazem pierwszym i jedynym sposobem, w którym można mówić o wprowadzeniu faktury VAT do obrotu prawnego”.

      Wyrok NSA z 29 września 2022 r., sygn. I FSK 226/22:

„Zgodzić należy się bowiem z Sądem pierwszej instancji, że nie dochodzi do wprowadzenia do obiegu prawnego faktury, gdy jej wystawca posiada zarówno oryginały, jak i kopie tych faktur”.

Należy przy tym zaznaczyć, że Wnioskodawca nie posiada informacji, co Kontrahent zrobił z odesłanymi przez Wnioskodawcę Fakturami VAT, zatem zgodnie ze stanem jego wiedzy, ma on prawo uznać, że Faktury VAT uległy zaginięciu lub zniszczeniu.

Możliwość odliczenia podatku naliczonego

Prawo do odliczenia powstaje w dacie powstania obowiązku podatkowego, jednak nie wcześniej niż z momentem otrzymania faktury. W efekcie obie przesłanki łącznie determinują powstanie prawa do odliczenia VAT. Wykładnia gramatyczna pozwala zatem nabywcy odliczyć VAT w momencie otrzymania faktury, nawet jeśli od obowiązku podatkowego upłynął okres 5 lat.

Okoliczność, tę wspiera również wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 21 marca 2018 r. w sprawie C-533/16, z którego wynika że upływ terminu zawitego nie może stanowić podstawy do odmowy zwrotu podatku naliczonego, jeżeli podatek został zapłacony przez wystawcę, a odbiorca faktury nie mógł skutecznie wykonać prawa do zwrotu.

Jak wykazano, w niniejszej sprawie spełnienie wszystkich przesłanek umożliwiających odliczenie VAT naliczonego nastąpiło dopiero w 2025 r., po ostatecznym ustaleniu faktu istnienia stosunku zobowiązaniowego między Stronami i skutecznym doręczeniu duplikatów Faktur VAT. Tym samym, prawo do odliczenie VAT naliczonego Wnioskodawca może skutecznie zrealizować dopiero od daty doręczenia duplikatów Faktur VAT - i do takiej realizacji tego prawa jest uprawniony.

Interpretacja indywidualna

Rozpatrzyłem Państwa wniosek – 27 listopada 2025 r. wydałem interpretację indywidualną znak 0114-KDIP1-1.4012.790.2025.2.MM, w której uznałem Państwa stanowisko za nieprawidłowe w zakresie prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu nadwyżki podatku naliczonego z otrzymanych Duplikatów Faktur VAT w rozliczeniu za okres, w którym otrzymali Państwo Duplikaty Faktur VAT lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych.

Interpretację doręczono Państwu 1 grudnia 2025 r.

Skarga na interpretację indywidualną

30 grudnia 2025 r. wnieśli Państwo skargę na tę interpretację do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy.

Wnieśli Państwo o uchylenie zaskarżonej interpretacji Organu i zasądzenie na podstawie art. 200 ustawy PPSA zwrotu kosztów postępowania na rzecz Spółki według norm przepisanych.

Postępowanie przed sądami administracyjnymi

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy uchylił zaskarżoną interpretację z 27 listopada 2025 r. znak 0114-KDIP1-1.4012.790.2025.2.MM wyrokiem z 17 marca 2026 r. sygn. akt I SA/Bd 38/26.

Wyrok, który uchylił zaskarżoną interpretację, stał się prawomocny od 8 maja 2026 r.

Ponowne rozpatrzenie wniosku – wykonanie wyroku 

Zgodnie z art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.):

Ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie.

Wykonuję obowiązek, który wynika z tego przepisu, tj.:

  • uwzględniam ocenę prawną i wskazania dotyczące postępowania, które wyraził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy w ww. wyroku;
  • ponownie rozpatruję Państwa wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej – stwierdzam, że stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku – jest nieprawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Podstawowe zasady dotyczące odliczania podatku naliczonego zostały sformułowane w art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), zwanej dalej „ustawą”. Zgodnie z tym przepisem:

W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.

W myśl art. 86 ust. 2 ustawy:

Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu:

a)    nabycia towarów i usług,

b)    dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.

Z art. 87 ust. 1 ustawy wynika, że:

W przypadku, gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.

Ustawodawca zapewnił podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno tzw. przesłanek pozytywnych, m.in. tego, że zakupy będą wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis ten określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Jak wynika z art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy:

Nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku.

Oznacza to, że podatnik nie może skorzystać z prawa do odliczenia w odniesieniu do podatku, który jest należny wyłącznie z tego względu, że został wykazany na fakturze w sytuacji, gdy transakcja nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku.

Przepis art. 88 ust. 4 ustawy mówi, że:

Obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się również do podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, zgodnie z art. 96, z wyłączeniem przypadków, o których mowa w art. 86 ust. 2 pkt 7.

Zgodnie z powyższą regulacją, z prawa do odliczenia podatku skorzystać mogą wyłącznie podatnicy, którzy są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni.

Na zakres prawa do odliczenia w sposób bezpośredni wpływa również pojmowanie statusu danego podmiotu jako podatnika podatku od towarów i usług, wykonującego czynności opodatkowane. Tylko podatnik, w rozumieniu art. 15 ustawy, ma prawo do odliczenia podatku naliczonego. Co do zasady status podatnika związany jest z prowadzeniem przez dany podmiot działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy.

Stosownie do art. 15 ust. 1 ustawy:

Podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 2, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności.

Według art. 15 ust. 2 ustawy:

Działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody. Działalność gospodarcza obejmuje w szczególności czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych.

Z treści art. 86 ust. 1 ustawy wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do czynności opodatkowanych. Warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi, tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Dokumentem uprawniającym do odliczenia jest faktura, otrzymana przez podatnika z tytułu nabycia przez niego towarów i usług. Co do zasady faktury, aby skutkowały powstaniem prawa do odliczenia, muszą być wystawione zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa krajowego w tym względzie.

Na podstawie art. 2 pkt 31 ustawy:

Ilekroć w przepisach ustawy jest mowa o fakturze - rozumie się przez to dokument w formie papierowej lub w formie elektronicznej zawierający dane wymagane ustawą i przepisami wydanymi na jej podstawie.

Istnienie związku między nabywanymi towarami i usługami a transakcjami opodatkowanymi podatnika jest traktowane jako niezbędny wymóg powstania prawa do odliczenia podatku również
w Dyrektywie 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. Urz. UE L Nr 347, str. 1, z późn. zm.). Stanowisko powyższe znajduje również potwierdzenie w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.

Należy zauważyć, że formułując w art. 86 ust. 1 ustawy warunek związku ze sprzedażą opodatkowaną, ustawodawca nie uzależnia prawa do odliczenia od związku zakupu z obecnie wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi. Wystarczającym jest, że z okoliczności towarzyszących nabyciu towarów lub usług przy uwzględnieniu rodzaju prowadzonej przez podatnika działalności gospodarczej wynika, że zakupy te dokonane są w celu ich wykorzystania w ramach jego działalności opodatkowanej.

Zatem, w podatku od towarów i usług obowiązuje zasada tzw. „niezwłocznego odliczenia podatku naliczonego”. Zasada ta wyraża się tym, że podatnik, aby skorzystać z prawa do odliczenia, nie musi czekać, aż nabyty towar lub usługa zostaną odsprzedane lub efektywnie wykorzystane na potrzeby działalności opodatkowanej.

Na podstawie art. 86 ust. 10 ustawy:

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych lub importowanych przez podatnika towarów i usług powstał obowiązek podatkowy.

Jak wynika z art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy:

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w przypadkach, o których mowa w ust. 2 pkt 1 oraz pkt 2 lit. a – powstaje nie wcześniej niż w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę lub dokument celny.

Stosownie do art. 86 ust. 11 ustawy o VAT (w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2020 r.):

Jeżeli podatnik nie dokonał obniżenia kwoty podatku należnego w terminach określonych w ust. 10, 10d i 10e, może obniżyć kwotę podatku należnego w deklaracji podatkowej za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych.

Według art. 86 ust. 11 ustawy (w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2021 r.):

Jeżeli podatnik nie dokonał obniżenia kwoty podatku należnego w terminach określonych w ust. 10, 10d i 10e, może obniżyć kwotę podatku należnego w deklaracji podatkowej za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych, a w przypadku podatnika, o którym mowa w art. 99 ust. 2 i 3, w deklaracji podatkowej za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych.

W myśl art. 86 ust. 13 ustawy o VAT (w brzmieniu obowiązującym do 30 września 2021 r.):

Jeżeli podatnik nie dokonał obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w terminach, o których mowa w ust. 10, 10d, 10e i 11, może on obniżyć kwotę podatku należnego przez dokonanie korekty deklaracji podatkowej za okres, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, nie później jednak niż w ciągu 5 lat, licząc od początku roku, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, z zastrzeżeniem ust. 13a.

Z kolei zgodnie z art. 86 ust. 13 ustawy (w brzmieniu obowiązującym od 1 października 2021 r.):

Jeżeli podatnik nie dokonał obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w terminach, o których mowa w ust. 10, 10d, 10e i 11, może on obniżyć kwotę podatku należnego przez dokonanie korekty deklaracji podatkowej:

1)    za okres, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, albo

2)    za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych, a w przypadku podatnika, o którym mowa w art. 99 ust. 2 i 3, za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych, po okresie rozliczeniowym, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego

-        nie później jednak niż w ciągu 5 lat, licząc od początku roku, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.

Z powołanych przepisów wynika, że podatek nierozliczony w okresie otrzymania faktury lub w jednym z dwóch następnych okresów rozliczeniowych może zostać rozliczony w okresie 5 lat, licząc od początku roku, w którym wystąpiło prawo do obniżenia podatku należnego. Odliczenie podatku, zgodnie z art. 86 ust. 13 ustawy będzie możliwe wyłącznie poprzez korektę deklaracji za okres, w którym wystąpiło prawo do odliczenia podatku.

Analiza przywołanych wyżej przepisów wskazuje, że prawo do odliczenia podatku naliczonego generalnie skorelowane jest z momentem, w którym podatek należny staje się wymagalny, czyli z momentem powstania obowiązku podatkowego. Jednakże, aby podatnik nabył prawo do odliczenia muszą zostać spełnione jeszcze dwie przesłanki, tj. transakcja faktycznie zaistniała i podatnik posiada fakturę dokumentującą tę transakcję.

Zatem należy stwierdzić, że odliczenia podatku naliczonego w odniesieniu do nabytych towarów lub wyświadczonych usług – co do zasady – można dokonać dopiero w rozliczeniu za okres, w którym spełnione są łącznie następujące przesłanki:

·         powstał obowiązek podatkowy w odniesieniu do nabywanych towarów i usług,

·         doszło do faktycznego nabycia tych towarów i usług,

·         podatnik jest w posiadaniu faktury dokumentującej tę transakcję.

Według przywołanego na wstępie art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy, jednym z warunków dokonania odliczenia podatku VAT jest posiadanie przez podatnika faktury dokumentującej zakup związany z działalnością opodatkowaną podatkiem VAT. Zatem otrzymanie faktury przez podatnika wyznacza moment, od którego możliwe jest zrealizowanie tego prawa.

Kwestie związane z obowiązkiem wystawiania faktur i faktur korygujących regulują przepisy Rozdziału 1 „Faktury” Działu XI ustawy „Dokumentacja” (przepisy art. 106a – 106q).

Zgodnie z dyspozycją art. 106b ust. 1 ustawy:

Podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą:

1)    sprzedaż, a także dostawę towarów i świadczenie usług, o których mowa w art. 106a pkt 2, dokonywane przez niego na rzecz innego podatnika podatku, podatku od wartości dodanej lub podatku o podobnym charakterze lub na rzecz osoby prawnej niebędącej podatnikiem;

2)    wewnątrzwspólnotową sprzedaż towarów na odległość, chyba że podatnik korzysta z procedury szczególnej, o której mowa w dziale XII w rozdziale 6a;

3)    wewnątrzwspólnotową dostawę towarów na rzecz podmiotu innego niż wskazany w pkt 1;

4)    otrzymanie przez niego całości lub części zapłaty przed dokonaniem czynności, o których mowa w pkt 1 i 2, z wyjątkiem przypadku, gdy zapłata dotyczy:

a)    wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów,

b)    czynności, dla których obowiązek podatkowy powstaje zgodnie z art. 19a ust. 5 pkt 4,

c)    dostaw towarów, dla których obowiązek podatkowy powstaje zgodnie z art. 19a ust. 1b.

Zgodnie z art. 106g ust. 1 ustawy:

Faktury wystawia się co najmniej w dwóch egzemplarzach, z których jeden otrzymuje nabywca, a drugi zachowuje w swojej dokumentacji podatnik dokonujący sprzedaży.

W świetle przepisów dotyczących podatku od towarów i usług, faktury są dokumentami potwierdzającymi rzeczywiste transakcje gospodarcze dokonywane przez podatnika. Faktura pełni szczególną rolę dowodową w prawidłowym wymiarze podatku VAT, dlatego też niezwykle istotne jest prawidłowe oznaczenie wszystkich elementów faktury.

Faktura jest dokumentem potwierdzającym zaistnienie zdarzenia gospodarczego (potwierdzeniem nabycia określonych towarów i usług lub też otrzymania zaliczki). Wystawienie faktury należy rozumieć jako sporządzenie ww. dokumentu oraz jego przekazanie innemu podmiotowi (nabywcy), a przez to wprowadzenie faktury do obrotu prawnego.

Należy zauważyć, że ani przepisy ustawy o podatku od towarów i usług, ani przepisy rozporządzeń wykonawczych do tej ustawy, nie regulują kwestii dotyczącej anulowania wystawionych faktur.

W praktyce jednak - w drodze wyjątku - jest dopuszczalne anulowanie faktury, sprowadzające się do przekreślenia oryginału i kopii faktury oraz dokonaniu na nich adnotacji (o przyczynie i okolicznościach anulowania) uniemożliwiających ich powtórne wykorzystanie. Należy jednak w tym miejscu podkreślić, że anulowanie faktur powinno dotyczyć wyłącznie tych dokumentów rozliczeniowych, które nie zostały wprowadzone przez podatnika do obrotu prawnego. Anulowanie faktury dotyczy tylko tych przypadków, gdy faktura dokumentuje czynność rzeczywiście niedokonaną. Ponadto należy zaznaczyć, że anulowanie faktury VAT powinno być traktowane w sposób wyjątkowy i wykorzystywane tylko w przypadku zaistnienia takiej konieczności. Tym samym podatnik powinien dołożyć należytej staranności przy dokumentowaniu zaistniałych zdarzeń gospodarczych.

Zasady dotyczące wystawiania faktur oraz faktur korygujących zostały określone w przepisach ustawy o podatku od towarów i usług. Elementy, jakie powinna zawierać faktura, zostały wymienione w art. 106e ustawy.

W myśl art. 106e ust. 1 ustawy:

Faktura powinna zawierać:

1)    datę wystawienia;

2)    kolejny numer nadany w ramach jednej lub więcej serii, który w sposób jednoznaczny identyfikuje fakturę;

3)    imiona i nazwiska lub nazwy podatnika i nabywcy towarów lub usług oraz ich adresy;

4)    numer, za pomocą którego podatnik jest zidentyfikowany na potrzeby podatku, z zastrzeżeniem pkt 24 lit. a oraz pkt 25;

5)    numer, za pomocą którego nabywca towarów lub usług jest zidentyfikowany na potrzeby podatku lub podatku od wartości dodanej, pod którym otrzymał on towary lub usługi, z zastrzeżeniem pkt 24 lit. b;

6)    datę dokonania lub zakończenia dostawy towarów lub wykonania usługi lub datę otrzymania zapłaty, o której mowa w art. 106b ust. 1 pkt 4, o ile taka data jest określona i różni się od daty wystawienia faktury;

7)    nazwę (rodzaj) towaru lub usługi;

8)    miarę i ilość (liczbę) dostarczonych towarów lub zakres wykonanych usług;

9)    cenę jednostkową towaru lub usługi bez kwoty podatku (cenę jednostkową netto);

10) kwoty wszelkich opustów lub obniżek cen, w tym w formie rabatu z tytułu wcześniejszej zapłaty, o ile nie zostały one uwzględnione w cenie jednostkowej netto;

11) wartość dostarczonych towarów lub wykonanych usług, objętych transakcją, bez kwoty podatku (wartość sprzedaży netto);

12) stawkę podatku albo stawkę podatku od wartości dodanej w przypadku korzystania z procedur szczególnych, o których mowa w dziale XII w rozdziałach 6a, 7 i 9;

13) sumę wartości sprzedaży netto, z podziałem na sprzedaż objętą poszczególnymi stawkami podatku i sprzedaż zwolnioną od podatku;

14) kwotę podatku od sumy wartości sprzedaży netto, z podziałem na kwoty dotyczące poszczególnych stawek podatku;

15) kwotę należności ogółem (…).

Podkreślenia wymaga, że mechanizmem, który przysługuje sprzedawcy – podatnikowi VAT, aby sprostować błędne dane w fakturze, jest faktura korygująca. Ustawodawca w art. 106j ust. 1 ustawy, określił przypadki, w których podatnik powinien wystawić fakturę korygującą.

I tak, stosownie do art. 106j ust. 1 ustawy:

W przypadku gdy po wystawieniu faktury:

1)    podstawa opodatkowania lub kwota podatku wskazana w fakturze uległa zmianie,

2)    (uchylony)

3)    dokonano zwrotu podatnikowi towarów i opakowań,

4)    dokonano zwrotu nabywcy całości lub części zapłaty, o której mowa w art. 106b ust. 1 pkt 4,

5)    stwierdzono pomyłkę w jakiejkolwiek pozycji faktury

-        podatnik wystawia fakturę korygującą.

Zgodnie z art. 106j ust. 2 ustawy:

Faktura korygująca powinna zawierać:

1)    (uchylony)

2)    numer kolejny oraz datę jej wystawienia;

2a) numer identyfikujący w Krajowym Systemie e-Faktur fakturę, której dotyczy faktura korygująca – w przypadku faktury korygującej w postaci faktury ustrukturyzowanej;

3)    dane zawarte w fakturze, której dotyczy faktura korygująca:

a)    określone w art. 106e ust. 1 pkt 1-5,

b)    nazwę (rodzaj) towaru lub usługi objętych korektą;

4)    (uchylony)

5)    jeżeli korekta wpływa na zmianę podstawy opodatkowania lub kwoty podatku należnego – odpowiednio kwotę korekty podstawy opodatkowania lub kwotę korekty podatku należnego z podziałem na kwoty dotyczące poszczególnych stawek podatku i sprzedaży zwolnionej;

6)    w przypadkach innych niż wskazane w pkt 5 – prawidłową treść korygowanych pozycji.

Art. 106j ust. 2a ustawy stanowi, że:

Faktura korygująca może zawierać:

1)    wyrazy „FAKTURA KORYGUJĄCA” albo „KOREKTA”;

2)    przyczynę korekty.

Z ww. przepisów wynika, że jeżeli po wystawieniu faktury pierwotnej wystąpią zdarzenia mające wpływ na treść tej faktury lub okaże się, że wystawiona faktura zawiera błędy, podatnik wystawia w takim przypadku fakturę korygującą. Fakturę korygującą wystawia się m.in. w razie stwierdzenia pomyłki w cenie, stawce lub kwocie podatku bądź w jakiejkolwiek innej pozycji faktury. Zatem, co do zasady, korygowanie treści pierwotnie wystawionej faktury powinno nastąpić przez wystawienie przez sprzedawcę faktury korygującej. Faktura korygująca wystawiana jest w celu podania właściwych, prawidłowych i zgodnych z rzeczywistością kwot i innych danych, decydujących o rzetelności wystawionego dokumentu. Zatem, istotą faktur korygujących jest korekta faktur pierwotnych, tak aby dokumentowały rzeczywisty przebieg zdarzeń gospodarczych.

W omawianej sprawie warto wskazać na przepisy art. 106l ust. 1 i 2 ustawy:

1.    W przypadku gdy faktura ulegnie zniszczeniu albo zaginie:

1)    podatnik lub upoważniona przez niego do wystawiania faktur osoba trzecia, wystawia ponownie fakturę:

a)    na wniosek nabywcy – zgodnie z danymi zawartymi w fakturze będącej w posiadaniu podatnika,

b)    zgodnie z danymi zawartymi w fakturze będącej w posiadaniu nabywcy;

2)    nabywca, o którym mowa w art. 106d ust. 1 lub art. 106k ust. 1, wystawia ponownie fakturę:

a)    na wniosek podatnika – zgodnie z danymi zawartymi w fakturze będącej w posiadaniu nabywcy,

b)    zgodnie z danymi zawartymi w fakturze będącej w posiadaniu podatnika;

3)    podmiot, o którym mowa w art. 106c, wystawia ponownie fakturę:

a)    na wniosek nabywcy lub dłużnika – zgodnie z danymi zawartymi w fakturze będącej w posiadaniu tego podmiotu,

b)    zgodnie z danymi zawartymi w fakturze będącej w posiadaniu nabywcy lub dłużnika.

2.    Faktura wystawiona ponownie:

1)    zawiera datę wystawienia;

2)    może zawierać wyraz „DUPLIKAT”.

Z powołanych przepisów wynika, że duplikat jest ponownie wystawioną fakturą, zawierającą dane zawarte w fakturze, która uległa zniszczeniu albo zaginęła, opatrzoną wyrazem „duplikat”. Duplikat faktury ma moc prawną równą fakturze pierwotnej (duplikat faktury stanowi powtórzenie danych zawartych w fakturze pierwotnej), dokumentuje w ten sam sposób to samo zdarzenie gospodarcze, co faktura „pierwotna”.

W sytuacji, gdy podatnik otrzymał fakturę pierwotną, ale ją zagubił, obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego podatnik ma prawo dokonać po otrzymaniu duplikatu faktury dokumentującej zakup, w rozliczeniu za okres, w którym nastąpił wpływ faktury pierwotnej, przez złożenie korekty deklaracji podatkowej. Jednakże w sytuacji, gdy podatnik nie otrzymał faktury pierwotnej, odliczenia podatku naliczonego może dokonać w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał duplikat lub za dwa następne okresy rozliczeniowe (art. 86 ust. 10 pkt 1 i ust. 11 ustawy).

Z okoliczności sprawy wynika, że Kontrahent wystawił na Państwa rzecz następujące faktury:

a)  (…) z dnia 17 stycznia 2019 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

b)  (…) z dnia 17 stycznia 2019 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto skorygowaną fakturą korygującą nr (…) z dnia 17 września 2019 r. do kwoty (…) netto, tj. (…) zł brutto;

c)  (…) z dnia 17 czerwca 2019 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto skorygowaną fakturą korygującą nr (…) z dnia 17 września 2019 r. do kwoty (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

d)  (…) z dnia 5 sierpnia 2019 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto skorygowaną fakturą korygującą nr (…) z dnia 17 września 2019 r. do kwoty (…) zł brutto, tj. (…) zł brutto;

e)  (…) z dnia 10 grudnia 2019 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

f)   (…) z dnia 24 stycznia 2020 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

g)  (…) z dnia 30 kwietnia 2020 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

h)  (…) z dnia 24 lipca 2020 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

i)    (…) z dnia 14 października 2020 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

j)    (…) z dnia 9 lutego 2021 r. na kwotę (…) zł netto, tj. (…) zł brutto;

- łącznie na kwotę (…) zł brutto ((…) zł netto) (dalej: „Faktury VAT”).

W związku z przekonaniem, że Faktury VAT przesyłane do Państwa nie dokumentują czynności rzeczywiście dokonanych, odmawiali Państwo ich zapłaty, odsyłali je Kontrahentowi i nie uwzględniali Faktur VAT w swojej ewidencji rachunkowej i podatkowej. Od chwili odesłania nie mieli więc kontroli nad żadną z Faktur VAT, wszystkie one pozostawały w dyspozycji Kontrahenta. 

(...) w styczniu 2019 r. wszczął postępowanie administracyjne, w którym wydał w dniu 11 lipca 2019 r. decyzję „Decyzja poprzedzająca”, w której stwierdził (...), poprzez korzystanie z usług (...) przez Kontrahenta, bez zawartej umowy (...). Nie godząc się z tym stanowiskiem, złożyli Państwo do (...) wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy. Po rozpatrzeniu wniosku, (...) decyzją z dnia 19 września 2019 r., utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję („Decyzja”).

Na Decyzję (...) wnieśli Państwo skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (…). 17 lipca 2020 r. WSA (…) wydał wyrok, w którym oddalił Państwa skargę uznając, że zaskarżona Decyzja ani Decyzja ją poprzedzająca nie naruszają przepisów prawa w sposób uzasadniający ich uchylenie. Następnie złożyli Państwo skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który w wyroku wydanym w dniu 23 kwietnia 2024 r., oddalił przedmiotową skargę i utrzymał w mocy Decyzję.

16 grudnia 2024 r. Sąd Okręgowy wydał wyrok, w którym zasądził od Państwa kwotę (…) zł na rzecz Kontrahenta wraz z ustawowymi odsetkami za opóźnienie oraz zwrot kosztów procesowych w kwocie (…) zł za opóźnienie tytułem (...) w okresie od 10 grudnia 2017 r. do 12 grudnia 2020 r. bez zawartej umowy, (...). Przedmiotowy wyrok stanowi podstawę stwierdzenia zasadności wystawienia Faktur VAT.

6 marca 2025 r. Kontrahent zawarł z Państwem Porozumienie, którego celem była zapłata należności z Faktur VAT oraz zmniejszenie płatności na rzecz Kontrahenta zasądzonych przez Sąd Okręgowy (…) o 10% odsetek oraz koszty postępowania sądowego. Treść Porozumienia była podstawą do wystawienia duplikatów Faktur VAT przez Kontrahenta.

W związku z brakiem pierwotnie wystawionych Faktur VAT (egzemplarzami dla nabywcy, które zostały odesłane przez Państwa do Kontrahenta) w marcu 2025 r. Kontrahent wystawił i przesłał do Państwa duplikaty Faktur VAT (faktur VAT i faktur korygujących), które Państwo odebraliście.

Nie występowaliście Państwo o wydanie duplikatów. Nie mają Państwo wiedzy, czy Faktury VAT wystawione pierwotnie zaginęły. Działania Kontrahenta, w Państwa ocenie pozwalają przyjąć, że Faktury VAT wystawione pierwotnie zaginęły u Kontrahenta – w odmiennym przypadku otrzymaliby Państwo pierwotnie wystawione Faktury VAT.

Państwa wątpliwości dotyczą prawa do odliczenia podatku naliczonego z duplikatów Faktur VAT za okres, w którym je otrzymaliście lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych.

W sprawie podkreślić należy, że przepis art. 86 ust. 1 ustawy, tworzy istotne, kluczowe wręcz konsekwencje dla konstrukcji podatku naliczonego. Wynika z niego uprawnienie, a nie obowiązek odliczenia podatku naliczonego. Ponadto, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych lub importowanych przez podatnika towarów i usług powstał obowiązek podatkowy, w konsekwencji prawo do odliczenia podatku naliczonego skorelowane jest z momentem, w którym ten podatek VAT staje się wymagalny.

Aby odpowiedzieć na Państwa wątpliwości, koniecznym staje się ustalenie terminu otrzymania Faktur VAT dokumentujących usługi dostępu do infrastruktury usługowej, pod kątem stosowania regulacji art. 86 ust. 10 w związku z treścią art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy o VAT.

Należy podkreślić, że przepisy ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym nie regulują kwestii przedmiotu opodatkowania, powstania obowiązku podatkowego, podstawy opodatkowania, stawek podatkowych oraz nie regulują praw i obowiązków organów podatkowych, podatników, płatników i inkasentów, a także ich następców prawnych oraz osób trzecich, co oznacza, że wskazana ustawa nie dotyczy przepisów prawa podatkowego, w tym ustaw podatkowych, zdefiniowanego w przepisach art. 3 pkt 1 i 2 Ordynacji podatkowej.

Mając na uwadze okoliczności przedstawione we wniosku należy wskazać, że zmiana treści art. 36j ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym miała charakter deklaratoryjny (wyjaśniający), a nie konstytutywny (tworzący nowe prawo) i tym samym stanowiła jedynie doprecyzowanie obowiązków operatora, które ciążyły na nim od samego początku wejścia w życie rozdziału 6b. W efekcie ta deklaratoryjna nowelizacja, potwierdzając ciągłość i niezmienność celów ustawodawcy, ostatecznie eliminuje możliwość odmiennej interpretacji tego przepisu w odniesieniu do stanów faktycznych sprzed nowelizacji i obliguje do interpretowania zakresu udostępniania infrastruktury usługowej przed 2020 r. w sposób tożsamy z jej obecnym, doprecyzowanym brzmieniem.

W wyroku z 3 grudnia 2021 r. II GSK 209/21 NSA dokonał wykładni przepisów, które były przedmiotem sporu:

„Z uwagi na stanowisko wyrażone w projekcie ustawy, należało uznać, że zarówno zmiana treści art. 36j ust. 2, jak również ust. 1 omawianej ustawy stanowiła doprecyzowanie wcześniejszego brzmienia tych przepisów. Projektodawca wprost określił bowiem, że zmiana przepisów miała na celu li tylko wyjaśnienie rozbieżności, a nie wprowadzenie nowej treści normatywnej. W orzecznictwie sądów administracyjnych wyrażono stanowisko, że w takiej sytuacji prawidłowe jest rozumienie przepisu obowiązującego przed nowelizacją tak samo jak przepisu po zmianie (por. wyroki NSA z: 5 kwietnia 2018 r., sygn. akt II GSK 2526/17; 12 września 2019 r., sygn. akt II GSK 2298/17; 12 marca 2020 r., sygn. akt II GSK 4039/17; 10 marca 2015 r., sygn. akt I FSK 100/14, I FSK 101/14; wyrok WSA w Warszawie z 30 września 2021 r., sygn. akt V SA/Wa 1219/20). (…)

Skoro zaś skarżąca, przez działania swoich pasażerów, korzystała ze stacji kolejowych, to powinna była zawrzeć z operatorem umowę, o której mowa w art. 36aTrKolejU, a jeśli tej czynności nie dopełniła – korzystała ze stacji bezumownie, co słusznie stwierdził organ”.

Podobnie wskazał NSA w wyroku z 12 grudnia 2023 r. II GSK 1105/20.

Zgodnie z wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z 7 marca 2024 r. II GSK 901/20:

Porównując treść sprzed i po noweli kwietniowej, należy uznać, że nowela kwietniowa jedynie ją doprecyzowała. Świadczy o tym sposób w jaki ten przepis został zmieniony, tzn. że po zmianie zawiera on sformułowanie „obsługa” w miejsce „odprawa”, i jednocześnie używa zwrotu „w tym”, wymienia więc przykładowo powierzchnie przeznaczone do tej obsługi. Wskazany katalog powierzchni uznanych przez ustawodawcę za powierzchnię stacji pasażerskiej jest zatem jedynie przykładowy dowodząc, że celem zabiegów nowelizacyjnych było doprecyzowanie dotychczasowej regulacji, a nie wprowadzenie zupełnie nowej, modyfikującej treści normatywnej.

Wniosek ten potwierdza również treść uzasadnienia do projektu noweli kwietniowej (druk sejmowy Sejmu RP IX kadencji nr 43), w którym wskazano na cel w postaci wyeliminowania „rozbieżności i wątpliwości interpretacyjnych dotyczących finansowania przez przewoźników kolejowych, w ramach opłat za dostęp do obiektów infrastruktury usługowej stanowiących stacje pasażerskie, części tych obiektów wykorzystywanych przez pasażerów”. Chodziło zatem o bardziej precyzyjne sformułowanie przepisu art. 36j ust. 1 pkt 2 lit. a TrKolejU (dlatego przykładowo wymieniono rodzaje powierzchni objętych ustawowym pojęciem udostępniania stacji pasażerskiej), a nie o zmianę treści i zakresu normy prawnej wynikającej z tego przepisu.

Z tych względów należy zatem uznać, że nie doszło do zmiany normatywnej, a jedynie do doprecyzowania (uszczegółowienia) treści normy prawnej, która w tych przepisach już przed nowelizacją była uregulowana. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę w całości podziela w tej kwestii pogląd przyjęty w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego z 3 grudnia 2021 r., sygn. akt II GSK 209/21 oraz z 12 grudnia 2023 r., sygn. akt II GSK 1105/20.

Tym samym, nie sposób zgodzić się z Państwem, że w związku ze sporem na gruncie przepisów ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym, co do istnienia podlegającego VAT stosunku zobowiązaniowego, dopiero po wydaniu przez NSA wyroku z 23 kwietnia 2024 r. (sygn. (…)) możliwe było stwierdzenie, że usługi Kontrahenta zostały faktycznie przez niego wykonane na Państwa rzecz w związku z ich wykonaniem powstał obowiązek podatkowy oraz, że dopiero od tego momentu można mówić o możliwości skutecznego doręczenia Państwu faktur (co nastąpiło w marcu 2025 r., w którym Kontrahent przesłał Państwu duplikaty faktur).

W wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 12 kwietnia 2023 r. III SA/Wa 2934/22 wskazano, że:

„Sąd zauważa w tym kontekście, że w świetle orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości odliczenie podatku powinno być zasadniczo wykonywane bezzwłocznie, tj. co do zasady w tym samym okresie, w którym powstało (por. powołany przez organ wyrok w sprawie C-95/07 Ecotrade, pkt 40 i n.). Przy tym wykonanie prawa do odliczenia związane jest już samym wejściem podatnika w posiadanie faktury (wyrok w sprawie C-80/20 Wilo Salmson France SAS, pkt 71 i n.). Nie ma też przeszkód by prawo to było ograniczone przez państwo członkowskie terminem zawitym, o ile ten nie uniemożliwia ani nadmiernie nie utrudnia wykonywania prawa do odliczenia (wyrok w sprawie C-895/19 A. przeciwko Dyrektorowi Krajowej Informacji Skarbowej, pkt 51). Znaczenie upływu czasu dla wykonywania prawa do odliczenia, w tym w związku z terminem na przedstawienie dokumentów związanych z uprawnieniami podatnika, Trybunał Sprawiedliwości podkreślał notabene niejednokrotnie (por. np. wyrok w sprawie C-294/20 GE Auto Service Leasing GmbH, pkt 57 i n.).

Zatem jakkolwiek zasadę neutralności postrzegać należy jako centralną, „przekrojową” dla podatku od wartości dodanej, to jednak trudno ją traktować jako zasadę o charakterze absolutnym, tj. taką która w pewnych warunkach nie może ustąpić innym wartościom prawnym, w tym m.in. pewności prawa, tak jak to się przyjmuje niekiedy w odniesieniu do części postanowień natury konstytucyjnej (szerzej por. np. L. Garlicki, Normy konstytucyjne relatywnie niezmienialne, w: J. Trzciński (red.), Charakter i struktura norm konstytucji, Warszawa 1997, passim). Wskazówką jest zatem w rozpoznawanym przypadku klasyczny jurydyczny test proporcjonalności, tj. w szczególności by termin zawity ograniczający w czasie prawo do odliczenia „nie uniemożliwiał lub nadmiernie nie utrudniał wykonywania tego prawa” (por. np. powołany wyrok o sygn. C-895/19). Co do zasady nie nasuwa jednak wątpliwości sama możliwość obwarowania prawa do odliczenia takim, „rozsądnym” terminem. Tak też krajowa judykatura postrzega 5-letni termin wynikający z art. 86 ust. 13 VATU, tj. jako nienaruszający per se zasad neutralności oraz proporcjonalności (por. np. wyrok NSA o sygn. I FSK 106/17, CBOSA oraz powołane tam orzecznictwo).

Wspomniany test proporcjonalności wypada dla spółki niepomyślnie; nie jest bowiem tak, jak twierdzi się w skardze, że jej prawo do odliczenia uzależnione zostało od kryterium, na które nie miała wpływu, tj. od rozstrzygnięcia sporu przez sądem cywilnym co do faktury wystawionej przez kontrahenta (s. 8 skargi). Brak uregulowania należności na rzecz podwykonawcy oraz odliczenia podatku naliczonego wynikającego z wystawionej przez niego faktury stanowił autonomiczną (gospodarczą) decyzję spółki, związaną - jak wynika ze stanu faktycznego - z przekonaniem o zawyżonej wartości wykonanych usług. Okoliczność sporu co do wartości dostawy wykazanej na fakturze nie uniemożliwiała skorzystania przez podatnika z prawa do odliczenia podatku naliczonego w związku z otrzymaniem faktury w 2016 r., tzn. nie było przeszkód natury obiektywnej w tym zakresie (por. ww. wyrok NSA o sygn. I FSK 106/17). Wyrok sądu cywilnego nie stworzył zaś w tym względzie nowego stanu prawnego (nie miał charakteru konstytutywnego), lecz jedynie potwierdził roszczenie kontrahenta skarżącej (deklaratoryjnie). Jego związek z prawem do odliczenia podatku naliczonego postrzegać należy przede wszystkim w optyce wysokości odliczanej kwoty (podatku naliczonego), nie zaś powstania samego prawa do odliczenia i terminu na dokonanie tej czynności; jak bowiem zauważono, wykluczona jest na tym tle kwalifikacja przedstawionego stanu faktycznego z uwzględnieniem treści art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a VATU. Decyzja spółki o oczekiwaniu aż do prawomocnego zakończenia sporu cywilnoprawnego stanowi zatem okoliczność dla niej obciążającą. (…)”.

Należy zauważyć, że późniejsze (tj. w miesiącu marcu 2025 r.) otrzymanie duplikatów Faktur VAT, które zostały już uprzednio otrzymane przez Państwa, w żaden sposób nie pozwala na dokonanie kwalifikacji jakoby faktury te zostały otrzymane w marcu 2025 r. (tj. w miesiącu otrzymania duplikatu). Taka kwalifikacja byłaby zasadna w sytuacji, w której w ogóle uprzednio nie otrzymalibyście Państwo Faktur VAT „pierwotnych”. Z okoliczności sprawy wynika, że otrzymali Państwo Faktury VAT, a następnie kwestionując wykonanie na Państwa rzecz usług, odesłali je Państwo do wystawcy.

Fakt odesłania Faktur VAT do Kontrahenta i domniemania, że wystawione pierwotnie Faktury VAT zaginęły u Kontrahenta oraz nie uwzględnienie ich w ewidencji rachunkowej i podatkowej nie daje podstaw do uznania, że nie otrzymali i nie dysponowali Państwo ww. Fakturami VAT pierwotnymi. Ponadto dokonanie korekty faktury jest możliwe jedynie w przypadku, gdy pierwotna faktura została wprowadzona do obrotu prawnego. Tym samym, skoro zostały wystawione duplikat Faktur pierwotnych oraz faktury korygujące, to nie można podważyć istnienia i wprowadzenia do obrotu prawnego faktur pierwotnych.

Potwierdzeniem stanowiska Organu jest wyrok WSA w Poznaniu z 29 lipca 2010 r., I SA/Po 368/10, w którym sąd stwierdził:

(...) Mając na uwadze powyższe należy stwierdzić, że podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego, które powstaje z chwilą otrzymania dokumentu potwierdzającego dokonanie czynności nabycia towaru lub usługi. Dokumentem tym zaś, co do zasady, jest oryginał faktury. Jego ewentualne zaginięcie po otrzymaniu przez podatnika oryginału faktury i wystawienie w związku z tym duplikatu faktury nie zmienia określonego w ustawie terminu odliczenia podatku naliczonego, ponieważ prawo to już powstało – podatnik otrzymał oryginał faktury i winien zgodnie z przepisami co do terminów rozliczenia podatku naliczonego wynikającego z otrzymanej faktury obniżyć podatek należny (...).

Potwierdził to również NSA w Warszawie w wyroku z 6 marca 2007 r., I FSK 541/06, w którego uzasadnieniu skonstatowano, iż:

(...) Jeśli podmiot nie zakwestionuje skutecznie, że oryginały faktur zostały mu jednak doręczone, to fakt ten wywoła określone skutki prawne dla VAT, tj. ustanowi prawo do odliczenia z nich podatku naliczonego. Doręczenie kolejnych dokumentów faktur, tj. duplikatów, tego prawa już nie ustanowi. Wówczas rozliczenia VAT z otrzymanych duplikatów faktur należy dokonać wyłącznie w drodze korekty deklaracji. Uznanie, że podatnik zawsze ma prawo do dokonania odliczenia w momencie otrzymania duplikatu faktury, doprowadziłoby do destabilizacji obrotu gospodarczego. Wtedy to podatnik, a nie przepisy decydowałyby, kiedy powstaje prawo do odliczenia VAT: w momencie otrzymania oryginału czy otrzymania duplikatu (...).

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w prawomocnym wyroku z 16 listopada 2022 r. I SA/Kr 505/22 wskazał:

(…) Istota sporu, jaki zarysował się w sprawie dotyczy prawa do odliczenia podatku naliczonego, wykazanego na fakturze końcowej wystawionej przez X. w rozliczeniu za okres, w którym Spółka otrzymała duplikat faktury końcowej wraz z fakturą korygującą.

W celu odpowiedzi na wskazane pytanie istotnym jest ustalenie kiedy strona skarżąca otrzymała fakturę pierwotną.

W tym zakresie nie można zgodzić się ze stwierdzeniem strony skarżącej jakoby organ interpretacyjny błędnie przyjął, że pierwsze przesłanie faktury przez X. do Spółki oznaczało otrzymanie faktury w rozumieniu art. 86 ust. 10b pkt 1 VATU. W ocenie Sądu w opisanej sytuacji, wbrew stanowisku strony skarżącej, nie można uznać pierwotnej faktury, wystawionej w 2015 r., za niewprowadzoną do obrotu prawnego. Jak wskazała sama strona skarżąca w opisie stanu faktycznego - Spółka otrzymała fakturę pierwotną, a następnie odesłała ją do kontrahenta. W ostatecznym rozrachunku Spółka otrzymała jednak duplikat faktury pierwotnej oraz fakturę korygującą. Jak słusznie zauważył organ interpretacyjny duplikat faktury ma moc prawną równą fakturze pierwotnej (duplikat faktury stanowi powtórzenie danych zawartych w fakturze pierwotnej), dokumentuje w ten sam sposób to samo zdarzenie gospodarcze co faktura "pierwotna". Ponadto dokonanie korekty faktury jest możliwe jedynie w przypadku, gdy pierwotna faktura została wprowadzona do obrotu prawnego. Tym samym, skoro został wystawiony duplikat faktury pierwotnej oraz jej korekta, to nie można podważyć istnienia i wprowadzenia do obrotu prawnego faktury pierwotnej. Zatem w zaskarżonej interpretacji Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej słusznie więc uznał, że Spółka nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego udokumentowanego fakturą pierwotną, gdyż minęło już 5 lat od początku roku, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, na podstawie art. 86 ust. 13 w związku z art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a VATU. (…) Tym samym Sąd podzielił stanowisko organu interpretacyjnego, że pierwsze przesłanie faktury przez X. do strony skarżącej oznaczało otrzymanie faktury w rozumieniu art. 86 ust. 10b pkt 1 VATU i z tego powodu należy liczyć okres 5 lat od roku 2015, kiedy doszło do przekazania pierwotnej faktury skarżącej Spółce (…).

Skoro Faktury VAT pierwotnezostały otrzymane przez Państwa w okresie od stycznia 2019 r. do lutego 2021 r., to w okresach rozliczeniowych obejmujących te miesiące powstało uprawnienie do realizacji prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z otrzymanych Faktur VAT na podstawie art. 86 ust. 10 i ust. 11 ustawy.

Mając na uwadze powołane wyżej przepisy prawa podatkowego oraz przedstawiony opis sprawy należy stwierdzić, że nie mogą Państwo dokonać obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego/zwrotu ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego wynikającego z otrzymanych w marcu 2025 r. duplikatów Faktur VAT, w rozliczeniu za okres za okres, w którym je Państwo otrzymali lub za jeden z trzech następnych okresów rozliczeniowych, z uwagi jak wskazano wcześniej na fakt otrzymania „pierwotnych” Faktur VAT (wprowadzenie do obrotu).

Jeżeli nie zrealizowaliście Państwo tego prawa, możliwym staje się jego realizacja w trybie przewidzianym brzmieniem art. 86 ust. 13 ustawy, a zatem w drodze korekty deklaracji podatkowej za okres, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, nie później jednak niż w ciągu 5 lat licząc od początku roku, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku.

Zatem, mogli Państwo zrealizować prawo do odliczenia podatku naliczonego poprzez korektę deklaracji podatkowej za okres, w którym powstało prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z „pierwotnej” Faktury VAT wystawionej na Państwa rzecz, nie później niż w ciągu 5 lat licząc od początku roku, w którym to prawo powstało, zgodnie z art. 86 ust. 13 ustawy.

Natomiast nie mogą Państwo zrealizować prawa do odliczenia podatku naliczonego z otrzymanych w marcu 2025 r. Duplikatów Faktur VAT oraz dokonać korekty deklaracji za okres w którym powstało prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z „pierwotnych” Faktury VAT wystawionych na Państwa rzecz w sytuacji, w której zgodnie z art. 86 ust. 13 ustawy minął okres 5 lat od początku roku, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z „pierwotnych” faktur.

Tym samym, Państwa stanowisko uznaję za nieprawidłowe.

Wskazać należy, że wyroki, które powołaliście Państwo we wniosku nie mogą wpłynąć na rozstrzygnięcie w niniejszej sprawie, ponieważ zapadły one w odniesieniu do indywidualnej i właściwej tylko temu orzecznictwu opisie sprawy. W związku z powyższym należy zauważyć, że moc obowiązująca zaprezentowanych przez Państwa wyroków zamyka się w obrębie spraw, dla których zostały wydane.

Przywołany przez Państwa wyrok TSUE z 21 marca 2018 r. w sprawie C-533/16 Volkswagen AG v. Finančne riaditel’stvo Slovenskej republiky, dotyczył prawa ubiegania się o zwrot podatku z dokonanych korekt VAT przez niemieckiego podatnika, w sytuacji kiedy nie posiadał on bowiem ani faktur z podatkiem o którego zwrot mógłby się ubiegać ani świadomości, iż zapłacony przez niego podatek po drugiej stronie transakcji był podatkiem należnym. Zatem okoliczności sprawy są odmienne od sprawy będącej przedmiotem Państwa wątpliwości.

Niezależnie od powyższego, nie kwestionując i w żaden sposób nie podważając znaczenia orzecznictwa sądów administracyjnych jako zawierających istotne wskazówki co do interpretacji przepisów prawa oraz ich zastosowania należy zauważyć, że istnienie tego orzecznictwa nie odbiera organowi wydającemu interpretację prawa do samodzielnej oceny zdarzeń i wykładni przepisów w sprawach innych niż ta, w której konkretny wyrok zapadł. Organ wydający interpretację ma wręcz obowiązek dokonania samodzielnej oceny przedstawionego we wniosku zagadnienia.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Niniejsza interpretacja stanowi ponowne rozstrzygnięcie tej samej sprawy w wyniku prawomocnego orzeczenia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z 17 marca 2026 r. sygn. akt I SA/Bd 38/26.

Interpretacja dotyczy stanu faktycznego, który Państwo przedstawili, i stanu prawnego, który obowiązywał w dacie zaistnienia zdarzenia.

Zaznaczenia wymaga, że organ podatkowy jest ściśle związany przedstawionym we wniosku opisem zdarzenia przyszłego. Ponoszą Państwo ryzyko związane z ewentualnym błędnym lub nieprecyzyjnym przedstawieniem we wniosku opisu zdarzenia przyszłego. Podkreślenia wymaga, że interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, o ile rzeczywisty stan sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie z opisem podanym przez Państwa w złożonym wniosku. W związku z tym, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego we wniosku opisu sprawy, udzielona odpowiedź traci swą aktualność.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

·      Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 622 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli: Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego i zastosują się Państwo do interpretacji.

·      Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

Przepisów art. 14k-14n Ordynacji podatkowej nie stosuje się, jeśli stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe będące przedmiotem interpretacji indywidualnej jest elementem czynności, które są przedmiotem decyzji wydanej:

1) z zastosowaniem art. 119a;

2) w związku z wystąpieniem nadużycia prawa, o którym mowa w art. 5 ust. 5 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług;

3) z zastosowaniem środków ograniczających umowne korzyści.

·       Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Przepisów art. 14k-14n nie stosuje się, jeżeli korzyść podatkowa, stwierdzona w decyzjach wymienionych w § 1, jest skutkiem zastosowania się do utrwalonej praktyki interpretacyjnej, interpretacji ogólnej lub objaśnień podatkowych.

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w (…). Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; dalej jako „PPSA”).

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

·        w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo

·        w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Elektronicznej Skrzynki Podawczej Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.

Rozliczaj podatki zgodnie z przepisami — w programie TaxMachine

Interpretacje pomagają zrozumieć przepisy; TaxMachine pomaga je zastosować w praktyce — prowadzi księgi, liczy podatki i generuje deklaracje, a stawki, druki i przepisy aktualizuje na bieżąco.

  • ✓ Księga przychodów i rozchodów, ryczałt oraz pełna księgowość
  • ✓ Faktury i e-faktury KSeF, JPK_V7 i JPK_KR
  • ✓ PIT, CIT, VAT i inne deklaracje + wysyłka e-Deklaracje z pobraniem UPO
  • ✓ Środki trwałe i amortyzacja, płace i ZUS
  • ✓ Automatyczne aktualizacje stawek, druków i przepisów

Źródło: System Informacji Celno-Skarbowej EUREKA (MF/KIS). Dokument urzędowy — reprodukcja dozwolona (art. 4 ustawy o prawie autorskim).

Interpretacja indywidualna chroni wyłącznie jej adresata i tylko przy zgodności stanu faktycznego z wnioskiem. Cudza interpretacja ma charakter informacyjny.