0112-KDIL3.4012.58.2022.10.AK

Interpretacja indywidualna po wyroku sądu – stanowisko prawidłowe

Szanowni Państwo,

1.  ponownie rozpatruję sprawę Państwa wniosku z 7 lutego 2022 r. o wydanie interpretacji indywidualnej – uwzględniam przy tym wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z 20 października 2022 r. sygn. akt I SA/Kr 810/22 oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego z 27 stycznia 2026 r. sygn. akt I FSK 744/23; i

2.  stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego stanu faktycznego w podatku od towarów i usług jest prawidłowe.

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

10 lutego 2022 r. wpłynął Państwa wniosek z 7 lutego 2022 r. o wydanie interpretacji indywidualnej, który dotyczy podatku od towarów i usług w zakresie:

·      określenia, czy podstawę opodatkowania stanowi wynagrodzenie należne od Narodowego Funduszu Zdrowia pomniejszone o wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń;

·      obowiązku wystawiania faktur korygujących in minus;

·      odstąpienia od wystawiania faktur korygujących i dokumentowania zmiany kwoty należnego wynagrodzenia innym niż faktura dokumentem księgowym;

·      obowiązku pomniejszenia podstawy opodatkowania w ewidencji sprzedaży oraz składanej wraz z ewidencją deklaracji dla podatku od towarów i usług, jeżeli zmiana kwoty należnego wynagrodzenia zostanie udokumentowana innym niż faktura korygująca dokumentem księgowym.

Treść wniosku jest następująca:

Opis stanu faktycznego

Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej (…), zwany dalej Szpitalem lub Wnioskodawcą, posiada osobowość prawną. Wnioskodawca jest czynnym, zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług, którego podmiotem tworzącym jest uczelnia publiczna – (…). Szpital jest podmiotem leczniczym niebędącym przedsiębiorcą. Wnioskodawca działa, w szczególności, na podstawie:

1)  ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej oraz przepisów wydanych na jej podstawie,

2)  wpisu do właściwego rejestru podmiotów wykonujących działalność leczniczą (w przypadku Wnioskodawcy – odpowiedniego rejestru prowadzonego przez Wojewodę) oraz

3)  Statutu.

Wnioskodawca posiada także wpis do Krajowego Rejestru Sądowego (do rejestru stowarzyszeń, organizacji społecznych i zawodowych, fundacji oraz ZOZ).

Podstawowym zadaniem statutowym Szpitala jest wykonywanie działalności leczniczej polegającej na udzielaniu świadczeń zdrowotnych, ze szczególnym uwzględnieniem świadczeń wysokospecjalistycznych, w powiązaniu z realizacją zadań dydaktycznych i badawczych (…), w tym wdrażaniem nowych technologii medycznych oraz metod leczenia, a także promocją zdrowia.

Wnioskodawca świadczy (jako główny przedmiot działalności) usługi w zakresie opieki medycznej służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu i poprawie zdrowia, które korzystają ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na mocy art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT. Znaczna większość wskazanych świadczeń wykonywana jest na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia na podstawie zawieranych w tym celu umów. Na podstawie wskazanych umów Wnioskodawca rozlicza świadczone usługi medyczne w miesięcznych okresach rozliczeniowych. Kwoty należnego Wnioskodawcy wynagrodzenia z tytułu świadczonych usług medycznych ustalane są na podstawie zestawień potwierdzających ilość wykonanych usług. Po sporządzeniu zestawienia, Szpital, korzystając z Portalu Świadczeniodawcy (jest to system informatyczny Narodowego Funduszu Zdrowia, za pośrednictwem którego następuje komunikacja między Narodowym Funduszem Zdrowia a konkretnym Świadczeniodawcą – czyli np. Wnioskodawcą), wystawia fakturę na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia.

Jeżeli zaistnieje rozbieżność między danymi kwotowymi wykazanymi na fakturach Szpitala a danymi, jakie wg Narodowego Funduszu Zdrowia powinny się na nich znaleźć, wówczas Szpital, poprzez portal SZOI (System Zarządzania Obiegiem Informacji) Narodowego Funduszu Zdrowia, otrzymuje informację o konieczności dokonania korekt wystawionych uprzednio faktur dokumentujących sprzedaż usług medycznych. Korekty te Szpital jest zobowiązany wystawić bez zbędnej zwłoki (brak korekty powoduje blokadę wypłaty wynagrodzenia należnego Szpitalowi za wykonane usługi medyczne za dany miesiąc rozliczeniowy). Główną przyczyną wystawiania faktur korygujących przez Szpital są zmieniające się – regulowane przez Narodowy Fundusz Zdrowia – stawki za wykonywane przez Szpital usługi medyczne. Aktualizacja stawek wynika z kolejnych zarządzeń Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia zmieniających zarządzenie w sprawie warunków zawarcia i realizacji umów o udzielenie świadczeń opieki zdrowotnej w zakresie podstawowej opieki medycznej.

W związku z zaistniałą sytuacją epidemiologiczną, Wnioskodawca zaczął świadczyć (na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia) usługi polegające m.in. na prowadzeniu tzw. szpitali tymczasowych (tj. świadczeniu usług opieki medycznej, ale związanej konkretnie z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem Covid-19). Zasady sprawozdawania oraz warunków rozliczania tego typu świadczeń opieki zdrowotnej regulowały/regulują następujące zarządzenia Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia:

1)  Nr 187/2020/DSOZ z dnia 25 listopada 2020 r. w sprawie zasad sprawozdawania oraz warunków rozliczania świadczeń opieki zdrowotnej związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem, Covid-19,

2)  Nr 37/2021/DSOZ z dnia 26 lutego 2021 r. w sprawie zasad sprawozdawania oraz warunków rozliczania świadczeń opieki zdrowotnej związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem, Covid-19,

3)  Nr 42/2021/DSOZ z dnia 5 marca 2021 r. w sprawie zasad sprawozdawania oraz warunków rozliczania świadczeń opieki zdrowotnej związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem, Covid-19.

Jak wynika z przywołanych zarządzeń, kwoty wynagrodzeń należnych Wnioskodawcy za prowadzenie szpitala tymczasowego określane są w wartościach ryczałtowych – par. 2 ust. 1 wszystkich zarządzeń (kwoty te są określone w załącznikach do rozporządzeń). W celu rozliczenia świadczeń medycznych Wnioskodawca przekazuje do właściwego oddziału wojewódzkiego Narodowego Funduszu Zdrowia, do 10. dnia miesiąca następującego po miesiącu ich udzielenia, sprawozdanie i rachunek z tytułu udzielenia tych świadczeń (par. 3 ust. 1 każdego z ww. rozporządzeń). Należność z tytułu realizacji ww. świadczeń oddział wojewódzki Narodowego Funduszu Zdrowia wypłaca w terminie 7 dni od dnia otrzymania wskazanych dokumentów. Jak podaje par. 3 ust. 9 rozporządzenia z dnia 5 marca 2021 r. (uprzednio był to par. 3 ust. 8), należność z tytułu wskazanych świadczeń jest pomniejszana o środki otrzymane na pokrycie kosztów wynagrodzeń:

1)  osób wykonujących zawód medyczny w rozumieniu art. 2 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej (Dz. U. z 2020 r. poz. 295, 576 i 1493) sfinansowanych przez Fundusz na podstawie polecenia Ministra Zdrowia,

2)  osób, skierowanych do pracy w szpitalu tymczasowym na podstawie art. 47 ust. 1 ustawy z dnia 5 grudnia 2008 r. o zapobieganiu oraz zwalczaniu zakażeń i chorób zakaźnych u ludzi sfinansowanych przez właściwego wojewodę albo Ministra Zdrowia.

W myśl par. 3 ust. 9 rozporządzenia z dnia 5 marca 2021 r. (uprzednio był to par. 3 ust. 8), wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, o którą pomniejszana jest należność z tytułu realizacji świadczeń medycznych za dany miesiąc, jest równa wartości tych środków otrzymanych w tym miesiącu. W celu rozliczenia środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, o których mowa w ust. 8, podmiot wpisany do wykazu, o którym mowa w art. 7 ust. 1 ustawy (czyli Wnioskodawca), przekazuje do właściwego oddziału wojewódzkiego Funduszu dokument księgowy wraz z dokumentami, o których mowa w ust. 1.

W przypadku Wnioskodawcy miała miejsce sytuacja określona w par. 3 ust. 9 rozporządzenia. Szpital zatrudniał na podstawie umowy o pracę oraz umowy zlecenia osoby, których koszty wynagrodzeń były finalnie finansowane (na zasadzie tzw. zwrotu kosztów) ze środków finansowych pochodzących z Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia. Przy czym, nie istniała fizyczna możliwość skorelowania technicznego wyliczenia (matematycznego) należnego za dany miesiąc Szpitalowi od Narodowego Funduszu Zdrowia wynagrodzenia z kwotami, jakie wpływały/miały wpłynąć od Urzędu Wojewódzkiego, czy Ministerstwa Zdrowia z tytułu wynagrodzeń osób ujętych w par. 3 ust. 9 rozporządzenia.

Z uwagi na ilość wyliczeń (z tytułu należnego wynagrodzenia, podatków, ewentualnych diet przysługujących ww. osobom) proces ustalania kwot, jakie Wnioskodawca miał otrzymać od Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia, był bardzo czasochłonny i rozłożony w czasie. Wnioskodawca z własnych środków uiszczał te wynagrodzenia (i koszty pochodne z nimi związane – podatki, składki na ubezpieczenie społeczne, diety etc.), a kolejno (na podstawie dużej ilości danych) przygotowywał dokumenty do Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia celem uzyskania refundacji. Przywołane instytucje – przed dokonaniem refundacji – musiały sprawdzić dokumenty i wyliczenia. Proces był więc rozłożony w czasie. Jednocześnie, aby wypełnić wszystkie obowiązki względem Narodowego Funduszu Zdrowia (z tytułu realizacji świadczeń medycznych realizowanych na podstawie ustawy o działalności medycznej oraz wskazanych powyżej rozporządzeń), Wnioskodawca wystawiał na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia faktury bez pomniejszenia o wartość kwot określonych w par. 3 ust. 9 rozporządzenia z dnia 5 marca 2021 r. (uprzednio był to par. 3 ust. 8). Na moment wystawiania faktur na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia, Wnioskodawca nie miał obiektywnych możliwości, aby określić wysokość kwot, o których mowa w par. 3 ust. 9 rozporządzenia (czyli „wartości tych środków otrzymanych w tym miesiącu”). Dopiero w pewnej odległości czasowej względem wystawionych uprzednio na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia faktur, Szpital był w stanie obiektywnie określić, jaka wartość kosztów wynagrodzeń została otrzymana od Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia w miesiącu pierwotnego wystawienia faktury.

Czyli Wnioskodawca – nie mając możliwości obiektywnego ustalenia, jakie w danym miesiącu kwoty zostały uzyskane z Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia tytułem sfinansowania wynagrodzeń części zatrudnionych osób (oraz zleceniobiorców) – wystawiał na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia faktury za realizację świadczeń medycznych niejako w wyższej niż należna wysokości. Do takiego postępowania obligowały Szpital regulacje ustawy o VAT (określające moment wystawienia faktury oraz moment powstania obowiązku podatkowego) oraz § 3 ust. 1 wskazanych powyżej rozporządzeń.

W sytuacji natomiast, kiedy tylko powstała obiektywna możliwość wyliczenia wartości refundowanych kosztów wynagrodzeń (i obiektywnego ustalenia, że wpłynęły one w miesiącu, w którym została pierwotnie wystawiona na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia faktura) oraz skoro:

1)  należność z tytułu realizacji świadczeń medycznych realizowanych na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia ma być pomniejszana o środki otrzymane na pokrycie kosztów wynagrodzeń i

2)  wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, o którą pomniejszane jest wynagrodzenie należne od Narodowego Funduszu Zdrowie, ma pomniejszać wynagrodzenie za miesiąc otrzymania tych środków otrzymanych w tym miesiącu, Szpital wystawiał faktury korygujące in minus.

Wnioskodawca znał bowiem finalnie kwotę rzeczywistej wysokości wynagrodzenia z tytułu zrealizowanych usług medycznych. Dokument ten Szpital wystawiał na mocy art. 106j ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT, który podaje, że w przypadku gdy po wystawieniu faktury podstawa opodatkowania lub kwota podatku wskazana w fakturze uległa zmianie, podatnik wystawia fakturę korygującą. Skoro została poznana wysokość finalnego (niższego) wynagrodzenia, Szpital był zobligowany (każdorazowo) mocą ustawy o VAT wystawić fakturę korygującą in minus.

Powyższe jest zgodne również z brzmieniem par. 3 ust. 10 zarządzenia z dnia 5 marca 2021 r. w sprawie zasad sprawozdawania oraz warunków rozliczania świadczeń opieki zdrowotnej związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem, Covid-19. W myśl przywołanego przepisu, w celu rozliczenia środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, o których mowa w ust. 9, podmiot wpisany do wykazu (czyli Szpital) przekazuje do właściwego oddziału wojewódzkiego Funduszu dokument księgowy wraz z dokumentami, o których mowa w ust. 1 (czyli wraz z jednolitym plikiem sprawozdawczym albo sprawozdaniem dotyczącym świadczeń objętych rachunkiem).

Dokument księgowy to bardzo pojemne definicyjnie pojęcie. Dokumentem (inaczej dowodem) księgowym jest każdy dokument, który stanowi podstawę dokonania zapisu w księgach rachunkowych. Mogą być to zarówno faktury wystawiane zgodnie z przepisami ustawy o VAT, ale też rachunki czy druki (jak np. dowody kasowe). Rodzaj dokumentu księgowego, jaki należy wystawić w danej sytuacji, wyznaczają często przepisy materialnego prawa podatkowego. W przypadku Wnioskodawcy jest to ustawa o VAT.

Do udokumentowania usług wykonanych świadczeń na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia Szpital, jako podatnik podatku od towarów i usług, jest zobligowany wystawiać faktury. Zatem, każda zmiana wysokości należnego wynagrodzenia – jaka następuje po wystawienia pierwotnej faktury – zdaniem Szpitala, winna być udokumentowana fakturą korygującą (fakturami korygującymi). Pierwotnie (tj. za luty oraz marzec 2021 r.) postępowanie Wnioskodawcy nie było kwestionowane przez Narodowy Fundusz Zdrowia. W kolejnych okresach rozliczeniowych postępowanie Szpitala zostało przez Narodowy Fundusz Zdrowia zakwestionowane. Narodowy Fundusz Zdrowia stoi na stanowisku, że w miejsce faktur korygujących in minus Wnioskodawca winien wystawiać noty księgowe uznające (w wysokości przekazanych środków przez Urząd Wojewódzki oraz Ministra Zdrowia na pokrycie kosztów wynagrodzeń).

Pytania

1.  Czy w opisanym stanie faktycznym sprawy, zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, podstawę opodatkowania po stronie Wnioskodawcy stanowi wartość wynagrodzenia należnego od Narodowego Funduszu Zdrowia pomniejszona o wartość środków otrzymanych od na pokrycie kosztów wynagrodzeń?

2.  Czy w opisanym stanie faktycznym sprawy Wnioskodawca ma obowiązek wystawiania faktur korygujących in minus?

3.  Czy w opisanym stanie faktycznym sprawy Wnioskodawca może odstąpić od wystawiania faktur korygujących i dokumentować fakt zmiany kwoty należnego wynagrodzenia innym niż faktura korygująca dokumentem księgowym, np. notą księgową?

4.  Czy w opisanym stanie faktycznym sprawy, jeżeli fakt zmiany kwoty należnego wynagrodzenia, zostanie udokumentowany innym niż faktura korygująca dokumentem księgowym, np. notą księgową, Wnioskodawca jest obowiązany do pomniejszenia podstawy opodatkowania w ewidencji sprzedaży oraz składanej wraz z ewidencją deklaracji dla podatku od towarów i usług?

Państwa stanowisko w sprawie

Ad 1.

Zdaniem Wnioskodawcy, w opisanym stanie faktycznym sprawy, zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, podstawę opodatkowania po stronie Wnioskodawcy stanowi wartość wynagrodzenia należnego od Narodowego Funduszu Zdrowia pomniejszona o wartość środków otrzymanych od na pokrycie kosztów wynagrodzeń.

W myśl przywołanego art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, podstawą opodatkowania, z zastrzeżeniem ust. 2, 3 i 5, art. 30a-30c, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5, jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z otrzymanymi dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika.

Jak wynika z par. 2 ust. 1 wszystkich przywołanych w stanie faktycznym zarządzeń Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia (tj. nr 187/2020/DSOZ, nr 37/2021/DSOZ oraz nr 42/2021/DSOZ), kwoty wynagrodzeń należnych Wnioskodawcy za prowadzenie szpitala tymczasowego określane są w wartościach ryczałtowych. Kwoty te są określone w załącznikach do rozporządzeń. W celu rozliczenia świadczeń medycznych Wnioskodawca przekazuje do właściwego oddziału wojewódzkiego Narodowego Funduszu Zdrowia, do 10. dnia miesiąca następującego po miesiącu ich udzielenia, sprawozdanie i rachunek z tytułu udzielenia tych świadczeń (par. 3 ust. 1 każdego z ww. rozporządzeń). Należność z tytułu realizacji ww. świadczeń oddział wojewódzki Narodowego Funduszu Zdrowia wypłaca w terminie 7 dni od dnia otrzymania wskazanych dokumentów.

Co jednak istotne, jak podaje par. 3 ust. 9 rozporządzenia z dnia 5 marca 2021 r. (uprzednio był to par. 3 ust. 8), należność z tytułu wskazanych świadczeń jest pomniejszana o środki otrzymane na pokrycie kosztów wynagrodzeń:

1)  osób wykonujących zawód medyczny w rozumieniu art. 2 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej (Dz. U. z 2020 r. poz. 295, 576 i 1493), sfinansowanych przez Fundusz na podstawie polecenia Ministra Zdrowia,

2)  osób skierowanych do pracy w szpitalu tymczasowym na podstawie art. 47 ust. 1 ustawy z dnia 5 grudnia 2008 r. o zapobieganiu oraz zwalczaniu zakażeń i chorób zakaźnych u ludzi, sfinansowanych przez właściwego wojewodę albo Ministra Zdrowia.

Jednocześnie, w myśl par. 3 ust. 10 rozporządzenia z dnia 5 marca 2021 r. (uprzednio był to par. 3 ust. 9), wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, o którą pomniejszana jest należność z tytułu realizacji świadczeń medycznych za dany miesiąc, jest równa wartości tych środków otrzymanych w tym miesiącu. W celu rozliczenia środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, o których mowa w ust. 8, podmiot wpisany do wykazu, o którym mowa w art. 7 ust. 1 ustawy (czyli Wnioskodawca), przekazuje do właściwego oddziału wojewódzkiego Funduszu dokument księgowy wraz z dokumentami, o których mowa w ust. 1.

„Należność”, o której mowa w zarządzeniach Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia, to nic innego jak „wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży”. Jest to kwota wynagrodzenia należnego Wnioskodawcy z tytułu realizowanych usług medycznych (prowadzenia szpitala tymczasowego). Kwoty należnego wynagrodzenia są określane ryczałtowo (o czym podaje par. 2 ust. 1 wszystkich przywołanych w stanie faktycznym zarządzeń Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia). Jednocześnie, w kolejnych regulacjach zarządzenia (tj. par. 3) określono, że wynagrodzenie (należność) z tytułu ww. czynności pomniejszana jest o (...). Wskazano także techniczne rozwiązanie, w którym miesiącu należy obniżyć wynagrodzenie należne Szpitalowi o wartość ww. kosztów wynagrodzeń. Należy dokonać tego w miesiącu otrzymania środków na pokrycie kosztów wynagrodzeń.

Podstawą opodatkowania realizowanych na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia świadczeń, w opisanym stanie faktycznym jest zatem kwota wynagrodzenia należnego od Narodowego Funduszu Zdrowia pomniejszona o wartość środków otrzymanych od na pokrycie kosztów wynagrodzeń (czyli otrzymanych od Urzędu Wojewódzkiego oraz Ministra Zdrowia).

Powyższy tok rozumowania wynika wprost z literalnego brzmienia zapisów przywołanych rozporządzeń. Wynika z literalnej wykładni. Zamiarem Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia jest obniżenie należnego wynagrodzenia o wartość kwot otrzymanych tytułem refundacji kosztów wynagrodzeń osób ujętych par. 3 ust. 8 (lub 9) zarządzeń. To zaś tworzy zapłatę z tytułu sprzedaży – a więc także podstawę opodatkowania – o której mowa w art. 29a ust. 1 ustawy o VAT.

Ad 2.

Zdaniem Wnioskodawcy, w opisanym stanie faktycznym sprawy Szpital ma obowiązek wystawiania faktur korygujących in minus.

Zgodnie z art. 106j ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT, w przypadku gdy po wystawieniu faktury podstawa opodatkowania lub kwota podatku wskazana w fakturze uległa zmianie, podatnik wystawia fakturę korygującą.

Jak podano, w stanie faktycznym sprawy, w przypadku Wnioskodawcy miała miejsce sytuacja określona w par. 3 ust. 9 rozporządzenia. Szpital zatrudniał na podstawie umowy o pracę oraz umowy zlecenia osoby, których koszty wynagrodzeń były finalnie finansowane (na zasadzie tzw. zwrotu kosztów) ze środków finansowych pochodzących z Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia. Przy czym, nie istniała fizyczna możliwość skorelowania technicznego wyliczenia (matematycznego) należnego za dany miesiąc Szpitalowi od Narodowego Funduszu Zdrowia wynagrodzenia z kwotami, jakie wpływały/miały wpłynąć od Urzędu Wojewódzkiego, czy Ministerstwa Zdrowia z tytułu wynagrodzeń osób ujętych w par. 3 ust. 9 rozporządzenia.

Z uwagi na ilość wyliczeń (z tytułu należnego wynagrodzenia, podatków, ewentualnych diet przysługujących ww. osobom) proces ustalania kwot, jakie Wnioskodawca miał otrzymać od Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia, był bardzo czasochłonny i rozłożony w czasie. Wnioskodawca z własnych środków uiszczał te wynagrodzenia (i koszty pochodne z nimi związane – podatki, składki na ubezpieczenie społeczne, diety etc.), a kolejno (na podstawie dużej ilości danych) przygotowywał dokumenty do Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia celem uzyskania refundacji. Przywołane instytucje – przed dokonaniem refundacji – musiały sprawdzić dokumenty i wyliczenia. Proces był więc rozłożony w czasie.

Jednocześnie, aby wypełnić wszystkie obowiązki względem Narodowego Funduszu Zdrowia (z tytułu realizacji świadczeń medycznych realizowanych na podstawie ustawy o działalności medycznej oraz wskazanych powyżej rozporządzeń), Wnioskodawca wystawiał na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia faktury bez pomniejszenia o wartość kwot określonych w par. 3 ust. 9 rozporządzenia z dnia 5 marca 2021 r. (uprzednio był to par. 3 ust. 8). Na moment wystawiania faktur na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia Wnioskodawca nie miał obiektywnych możliwości, aby określić wysokość kwot, o których mowa w par. 3 ust. 9 rozporządzenia (czyli „wartości tych środków otrzymanych w tym miesiącu”). Dopiero, w pewnej odległości czasowej, względem wystawionych uprzednio na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia faktur, Szpital był w stanie obiektywnie określić, jaka wartość kosztów wynagrodzeń została otrzymana od Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia w miesiącu pierwotnego wystawienia faktury.

Czyli Wnioskodawca – nie mając możliwości obiektywnego ustalenia, jakie w danym miesiącu kwoty zostały uzyskane Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia tytułem sfinansowania wynagrodzeń części zatrudnionych osób (oraz zleceniobiorców) – wystawiał na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia faktury za realizację świadczeń medycznych niejako w wyższej niż należna wysokości. Do takiego postępowania obligowały (oraz obligują) Szpital regulacje ustawy o VAT (określające moment wystawienia faktury oraz moment powstania obowiązku podatkowego) oraz § 3 ust. 1 wskazanych powyżej rozporządzeń.

W sytuacji natomiast, kiedy tylko powstała obiektywna możliwość wyliczenia wartości refundowanych kosztów wynagrodzeń (i obiektywnego ustalenia, że wpłynęły one w miesiącu, w którym została pierwotnie wystawiona na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia faktura) oraz skoro:

1)  należność z tytułu realizacji świadczeń medycznych realizowanych na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia ma być pomniejszana o środki otrzymane na pokrycie kosztów wynagrodzeń i

2)  wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, o którą pomniejszane jest wynagrodzenie należne od Narodowego Funduszu Zdrowie, ma pomniejszać wynagrodzenie za miesiąc otrzymania tych środków otrzymanych w tym miesiącu, Szpital wystawiał faktury korygujące in minus.

Wnioskodawca znał bowiem finalnie kwotę rzeczywistej wysokości wynagrodzenia z tytułu zrealizowanych usług medycznych. Dokument ten Szpital wystawia na mocy art. 106j ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT, który podaje, że w przypadku gdy po wystawieniu faktury podstawa opodatkowania lub kwota podatku wskazana w fakturze uległa zmianie, podatnik wystawia fakturę korygującą. Skoro została poznana wysokość finalnego (niższego) wynagrodzenia, Szpital był zobligowany (każdorazowo) mocą ustawy o VAT wystawić fakturę korygującą in minus. Powyższe jest zgodne również z brzmieniem par. 3 ust. 10 z dnia 5 marca 2021 r. w sprawie zasad sprawozdawania oraz warunków rozliczania świadczeń opieki zdrowotnej związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem, Covid-19.

W myśl przywołanego przepisu, w celu rozliczenia środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, o których mowa w ust. 9, podmiot wpisany do wykazu (czyli Szpital) przekazuje do właściwego oddziału wojewódzkiego Funduszu dokument księgowy wraz z dokumentami, o których mowa w ust. 1 (czyli wraz z jednolitym plikiem sprawozdawczym albo sprawozdaniem dotyczącym świadczeń objętych rachunkiem).

Szpital jest czynnym podatnikiem podatku VAT. Wykonywane przez Szpital na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia usługi medyczne są dokumentowane fakturami. Zatem, jakakolwiek zmiana kwoty należnego wynagrodzenia (udokumentowana pierwotną fakturą) musi być udokumentowana fakturą korygującą. Do takiego postępowania obliguje Wnioskodawcę wprost art. 106j ust. 1 ustawy o VAT.

Jednocześnie w sprzeczności z ww. tezą nie stoją regulacje zarządzenia Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia. Co więcej, wskazanym zarządzeniem nie można zmienić wprost obowiązujących regulacji ustawy o VAT. W par. § 3 ust. 1 wszystkich zarządzeń podano, że w celu rozliczenia świadczeń, o których mowa w § 1 (usług medycznych), podmiot wpisany do wykazu określonego w art. 7 ust. 1 ustawy (czyli Szpital), przekazuje do właściwego oddziału wojewódzkiego Funduszu, do 10. dnia miesiąca następującego po miesiącu ich udzielenia, sprawozdanie za pomocą jednolitego pliku sprawozdawczego stosowanego do wymiany informacji między świadczeniodawcami a Funduszem, zgodnie ze wzorem i w formacie określonym przez Prezesa Funduszu, albo za pomocą sprawozdania i rachunku z tytułu udzielenia tych świadczeń, z zastrzeżeniem ust. 3 i 4.

Z uwagi na fakt, że Szpital jest czynnym podatnikiem podatku VAT – zobligowany jest wystawić nie rachunek, a fakturę.

W § 3 pkt 9 zarządzeń nr 187/2020/DSOZ, nr 37/2021/DSOZ i nr 42/2021/DSOZ podano, że Szpital dla rozliczenia środków ma wykorzystać dokument księgowy nie precyzując jego formy. Zgodnie z art. 77 ustawy Kodeks cywilny, dokument to nośnik informacji umożliwiający zapoznanie się z jej treścią z tym, że użyty przymiotnik „księgowy” sugeruje, że chodzi o dokument, który stanowi podstawę do wprowadzenia go do ksiąg rachunkowych Szpitala i NFZ oraz, że będzie on postawą do rozliczenia wzajemnych rozrachunków. Takie funkcje pełni m.in. faktura korygującą.

Pierwotne wystawione na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia faktury prawidłowo dokumentowały wykonane świadczenia medyczne. Z uwagi na brak obiektywnych możliwości wyliczenia kwot, jakie miały zostać otrzymane od Urzędu Wojewódzkiego oraz Ministra Zdrowia, Wnioskodawca stosował wynagrodzenie ryczałtowe określone na podstawie par. 2 ust. 1 zarządzeń (w oparciu o kwoty ujęte w załącznikach).

Z uwagi na fakt, że środki z Urzędu Wojewódzkiego oraz z Ministerstwa Zdrowia wpływały z opóźnieniem (i na moment pierwotnie wystawianych faktur nie było obiektywnej możliwości ich uwzględnienia), tzn. określenie (korygowanej) wysokości wynagrodzenia następowało po wystawieniu faktury pierwotnej, niezbędne stało się wystawianie faktur korygujących in minus. Następowało bowiem de facto ponowne obliczenie należnego Szpitalowi wynagrodzenia – zgodnie z par 3 ust. 10 (oraz ust. 9) zarządzeń było ono niższe niż wykazane na pierwotnych fakturach.

Ad 3.

Zdaniem Wnioskodawcy, w opisanym stanie faktycznym sprawy Szpital nie ma prawnej możliwości odstąpienia od wystawiania faktur korygujących i dokumentowania faktu zmiany kwoty należnego wynagrodzenia innym niż faktura korygująca dokumentem księgowym, np. notą księgową.

Z uwagi na fakt, że:

1)  Szpital jest czynnym podatnikiem podatku VAT,

2)  Zgodnie z art. 106b ust. 1 ustawy o VAT, jest obowiązany wystawiać faktury na udokumentowanie dokonywanej sprzedaży jedynym dokumentem, jaki może wystawić, gdy warunki pierwotnie udokumentowanej fakturą sprzedaży ulegają zmianie (np. zmianie ulega kwota należnego Szpitalowi wynagrodzenia), jest faktura korygująca.

Ustawa o VAT nie zawiera żadnych innych regulacji w tym zakresie. Noty księgowe są stosowane przez czynnych podatników podatku od towarów i usług na udokumentowanie przepływów pieniężnych, które nie dokumentują żadnej sprzedaży (np. na udokumentowanie kar umownych). Z taką sytuacją, w stanie faktycznym sprawy, nie mamy do czynienia.

Nie znajduje tutaj zastosowania także art. 29a ust. 7 ustawy o VAT, który podaje, że podstawa opodatkowania nie obejmuje kwot:

1)  stanowiących obniżkę cen w formie rabatu z tytułu wcześniejszej zapłaty;

2)  udzielonych nabywcy lub usługobiorcy opustów i obniżek cen, uwzględnionych w momencie sprzedaży;

3)  otrzymanych od nabywcy lub usługobiorcy jako zwrot udokumentowanych wydatków poniesionych w imieniu i na rzecz nabywcy lub usługobiorcy i ujmowanych przejściowo przez podatnika w prowadzonej przez niego ewidencji na potrzeby podatku.

Gdyby Szpital pierwotnie miał możliwość obiektywnego zastosowania regulacji par. 3 ust. 10 (oraz 9) zarządzeń, wówczas mielibyśmy do czynienia z art. 29a ust. 7 pkt 2 ustawy o VAT. Przypomnijmy, że w myśl par. 3 ust. 10 (oraz 9) zarządzeń, wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, o którą pomniejszana jest należność z tytułu realizacji świadczeń, o których mowa w § 1 ust. 3, za dany miesiąc, jest równa wartości tych środków otrzymanych w tym miesiącu. Wówczas bowiem kwota należna Szpitalowi za np. luty 2021 r. byłaby pomniejszona w wpływy otrzymane od Urzędu Wojewódzkiego oraz od Ministra Zdrowia w lutym (za koszty wynagrodzeń wypłaconych np. w styczniu 2021 r. czy grudniu 2020 r.).

Natomiast w związku z brakiem obiektywnej możliwości dokonania ww. wyliczeń Szpital wystawiał faktury w wysokości wynikającej z załączników do zarządzeń (tzw. opłata ryczałtowa). Kolejno zatem, nie ma możliwości wystawiania not księgowych na wykazanie Prezesowi Narodowego Funduszu Zdrowia wartości pomniejszenia należnego Szpitalowi (od Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia) wynagrodzenia. Art. 106j ust. 1 ustawy o VAT obliguje Szpital do wystawienia faktury korygującej in minus.

Ad 4.

Zdaniem Wnioskodawcy, w opisanym stanie faktycznym sprawy, jeżeli fakt zmiany kwoty należnego wynagrodzenia, zostanie udokumentowany innym niż faktura korygująca dokumentem księgowym, np. notą księgową, Szpital nie ma możliwości pomniejszenia podstawy opodatkowania w ewidencji sprzedaży oraz składanej wraz z ewidencją deklaracji dla podatku od towarów i usług.

Zgodnie z art. 106b ust. 1 ustawy o VAT, podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż. W przypadku zmiany np. ceny (wynagrodzenia) z tytułu zrealizowanej sprzedaży, na mocy art. 106j ust. 1 ustawy o VAT, podatnik (czyli Szpital) ma obowiązek wystawić fakturę korygującą (np. in minus).

W myśl art. 109 ust. 3 ustawy o VAT, podatnicy (...) są obowiązani prowadzić ewidencję zawierającą dane pozwalające na prawidłowe rozliczenie podatku i sporządzenie informacji podsumowującej, w szczególności dane dotyczące:

1)  rodzaju sprzedaży i podstawy opodatkowania, wysokości kwoty podatku należnego, w tym korekty podatku należnego, z podziałem na stawki podatku;

2)  kwoty podatku naliczonego obniżającego kwotę podatki należnego, w tym korekty podatku naliczonego;

3)  kontrahentów;

4)  dowodów sprzedaży i zakupów.

Dowodem sprzedaży – w przypadku podatnika VAT czynnego – jest faktura oraz faktura korygująca in minus (ewentualnie in plus). Są to dokumenty wynikające wprost z regulacji ustawy o VAT (które ujmuje się ewidencji podatku od towarów i usług i kolejno na ich podstawie wypełnia się dane w deklaracji). Nota księgowa takim dokumentem nie jest (nie została wymieniona ani w ustawie o VAT, ani w rozporządzeniach wykonawczych do ustawy wydanych).

W konsekwencji, brak wystawienia faktury korygującej in minus powoduje, że Wnioskodawca nie ma możliwości rozliczenia dokonywanej sprzedaży w prawidłowej wysokości (zawyża wykazywaną w deklaracji podatkowej i ewidencji podatku od towarów i usług sprzedaż usług medycznych). To zaś doprowadza do zniekształcenia (zawyżenia) wartości sprzedaży z tytułu wykonanych usług medycznych na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia.

Interpretacja indywidualna

Rozpatrzyłem Państwa wniosek – 17 maja 2022 r. wydałem interpretację indywidualną znak 0112-KDIL3.4012.58.2022.1.AK, w której uznałem Państwa stanowisko za nieprawidłowe.

Interpretację doręczono Państwu 17 maja 2022 r.

Skarga na interpretację indywidualną

14 czerwca 2022 r. wnieśli Państwo skargę na tę interpretację do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie.

Wnieśli Państwo o uchylenie zaskarżonej interpretacji w całości.

Postępowanie przed sądami administracyjnymi

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie uchylił skarżoną interpretację – wyrokiem z 20 października 2022 r. sygn. akt I SA/Kr 810/22.

Wniosłem skargę kasacyjną od tego wyroku do Naczelnego Sądu Administracyjnego.

Naczelny Sąd Administracyjny – wyrokiem z 27 stycznia 2026 r. sygn. akt I FSK 744/23 oddalił skargę kasacyjną.

Wyrok, który uchylił interpretację indywidualną, stał się prawomocny od 27 stycznia 2026 r. (wpływ do Organu 18 czerwca 2026 r.).

Ponowne rozpatrzenie wniosku – wykonanie wyroku

Zgodnie z art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.):

Wykonuję obowiązek, który wynika z tego przepisu, tj.:

·      uwzględniam ocenę prawną i wskazania dotyczące postępowania, które wyraził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie oraz Naczelny Sąd Administracyjny w ww. wyrokach;

·      ponownie rozpatruję Państwa wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej – stwierdzam, że stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku, jest prawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Na wstępie należy zaznaczyć, że niniejsza interpretacja została wydana w oparciu o stan prawny obowiązujący w dacie zaistnienia zdarzenia w przedstawionym stanie faktycznym, bowiem niniejsza interpretacja stanowi ponowne rozstrzygnięcie tej samej sprawy, tj. znak 0112-KDIL3.4012.58.2022.1.AK w wyniku orzeczenia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z 20 października 2022 r., sygn. akt I SA/Kr 810/22 oraz orzeczenia Naczelnego Sądu Administracyjnego z 27 stycznia 2026 r. sygn. akt I FSK 744/23.

Zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2022 r. poz. 931), zwanej dalej ustawą:

W rozumieniu art. 2 pkt 6 ustawy:

Jak stanowi art. 7 ust. 1 ustawy:

Stosownie do art. 8 ust. 1 ustawy:

Zauważyć należy, że pod pojęciem usługi (świadczenia) należy rozumieć każde zachowanie, na które składać się może zarówno działanie (uczynienie, wykonanie czegoś na rzecz innej osoby), jak i zaniechanie (nieczynienie bądź też tolerowanie). Przy ocenie charakteru świadczenia jako usługi należy mieć na względzie, że ustawa zalicza do grona usług każde świadczenie, które nie jest dostawą w rozumieniu art. 7 ustawy. Zauważyć również należy, że usługą będzie tylko takie świadczenie, w przypadku którego istnieje bezpośredni konsument, odbiorca świadczenia odnoszący korzyść o charakterze majątkowym.

W myśl art. 15 ust. 1 ustawy:

Na podstawie art. 15 ust. 2 ustawy:

Na mocy art. 29a ust. 1 ustawy:

Z powyższego wynika, że art. 29a ust. 1 ustawy odnosi się do wszystkiego, co stanowi zapłatę obejmując swym zakresem każdą formę zapłaty otrzymaną przez sprzedawcę z tytułu dostawy towarów lub wykonania usługi.

Przepis art. 29a ust. 1 ustawy jest odpowiednikiem art. 73 ww. Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, zgodnie z którym:

Katalog elementów dodatkowych wchodzących w skład podstawy opodatkowania określony został w art. 29a ust. 6 ustawy, w myśl którego:

W myśl art. 29a ust. 7 ustawy:

Stosownie do art. 29 ust. 10 ww. ustawy:

W pierwszej kolejności Państwa wątpliwości dotyczą ustalenia, czy podstawę opodatkowania po Państwa stronie stanowi wartość wynagrodzenia należnego od Narodowego Funduszu Zdrowia, pomniejszona o wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń.

Zgodnie z § 3 ust. 9 Zarządzenia nr 42/2021/DSOZ Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia z dnia 5 marca 2021 r. w sprawie zasad sprawozdawania oraz warunków rozliczania świadczeń opieki zdrowotnej związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, dalej Zarządzenie nr 42/2021/DSOZ:

W myśl § 3 ust. 10 Zarządzenia nr 42/2021/DSOZ:

Zgodnie z § 3 ust. 1 Zarządzenia nr 42/2021/DSOZ:

Stosownie do § 3 ust. 7 Zarządzenia nr 42/2021/DSOZ:

Z okoliczności sprawy wynika, że Szpital zaczął świadczyć na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia usługi polegające na prowadzeniu tzw. szpitali tymczasowych (tj. świadczeniu usług opieki medycznej, ale związanej konkretnie z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem Covid-19). Kwoty wynagrodzeń należnych Państwu za prowadzenie szpitala tymczasowego określane są w wartościach ryczałtowych. Należność z tytułu wskazanych świadczeń jest pomniejszana o środki otrzymane na pokrycie kosztów wynagrodzeń osób wykonujących zawód medyczny w rozumieniu art. 2 ust. 1 pkt 2 ustawy o działalności leczniczej, sfinansowanych przez Fundusz na podstawie polecenia Ministra Zdrowia oraz osób, skierowanych do pracy w szpitalu tymczasowym na podstawie art. 47 ust. 1 ustawy z dnia 5 grudnia 2008 r. o zapobieganiu oraz zwalczaniu zakażeń i chorób zakaźnych u ludzi, sfinansowanych przez właściwego wojewodę albo Ministra Zdrowia. Wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, o którą pomniejszana jest należność z tytułu realizacji świadczeń medycznych za dany miesiąc, jest równa wartości tych środków otrzymanych w tym miesiącu.

Dokonując rozstrzygnięcia kwestii będącej przedmiotem Państwa pytań, trzeba mieć na uwadze stanowisko Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, przedstawione w przedmiotowej sprawie w wyroku z 20 października 2022 r. sygn. akt I SA/Kr 810/22 oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażone w wyroku z 27 stycznia 2026 r. sygn. akt I FSK 744/23.

W zakresie rozstrzygnięcia zagadnienia będącego przedmiotem wniosku, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w ww. wyroku z 20 października 2022 r. stwierdził, że:

Zdaniem WSA w Krakowie:

WSA podkreślił, że:

Powyższe stanowisko potwierdził również Naczelny Sąd Administracyjny w zapadłym w niniejszej sprawie wyroku z 27 stycznia 2026 r. sygn. akt I FSK 744/23 wskazując, że:

NSA wyjaśnił również, że:

Tym samym, mając na względzie wyrok WSA z 20 października 2022 r. sygn. akt I SA/Kr 810/22 oraz wyrok NSA z 27 stycznia 2026 r. sygn. akt I FSK 744/23 w przedmiotowej sprawie należy wskazać, że skoro dofinansowanie przekazane przez Urząd Wojewódzki oraz Ministerstwo Zdrowia pokrywa koszty Państwa działalności (koszty wynagrodzeń Państwa pracowników) i nie stanowi ono dotacji, subwencji ani innej dopłaty o podobnym charakterze mającej bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez Państwa, to podstawę opodatkowania po Państwa stronie stanowi wartość wynagrodzenia należnego od NFZ pomniejszona o wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń.

Podsumowując, stwierdzam, że zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy, podstawę opodatkowania po Państwa stronie stanowi wartość wynagrodzenia należnego od Narodowego Funduszu Zdrowia, pomniejszona o wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń od Urzędu Wojewódzkiego oraz Ministra Zdrowia.

Mając zatem na uwadze zapadłe w niniejszej sprawie orzeczenia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z 20 października 2022 r. sygn. akt I SA/Kr 810/22 oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego z 27 stycznia 2026 r. sygn. akt I FSK 744/23, Państwa stanowisko w zakresie pytania nr 1 należało uznać za prawidłowe.

Rozpatrując kolejne Państwa wątpliwości należy w pierwszej kolejności zaznaczyć, że z wyroku WSA w Krakowie sygn. akt I SA/Kr 810/22 wynika, że:

W analizowanej sprawie Państwa wątpliwości dotyczą również obowiązku wystawiania faktur korygujących in minus w opisanym stanie faktycznym.

Zgodnie z art. 106b ust. 1 ustawy:

W myśl art. 106b ust. 2 ustawy:

Zgodnie z art. 106b ust. 3 ustawy:

Z wyżej przytoczonych przepisów wynika, że podatnik dokumentujący czynności zwolnione ma obowiązek wystawienia – na żądanie nabywcy – faktury na podstawie art. 106b ust. 3 pkt 2 ustawy. Przepisy ustawy o podatku od towarów i usług obowiązują również wtedy, gdy podatnik dobrowolnie (bez żądania nabywcy) zdecyduje się wystawić taką fakturę.

W myśl art. 106j ust. 1 ustawy:

W świetle art. 106j ust. 2 ustawy:

Zgodnie z art. 106j ust. 2a ustawy:

Z powołanych wyżej przepisów ustawy dotyczących faktur korygujących wynika, że jeżeli po wystawieniu faktury wystąpią zdarzenia mające wpływ na treść wystawionej faktury lub okaże się, że wystawiona faktura zawiera błędy, podatnik wystawia w takim przypadku fakturę korygującą.

Fakturę korygującą wystawia się m.in. w razie stwierdzenia pomyłki w cenie, stawce lub kwocie podatku bądź w jakiejkolwiek innej pozycji faktury, również gdy dokonano zwrotu podatnikowi towarów i opakowań, udzielono rabatu, bądź upustów i obniżek cen.

Zatem, co do zasady, korygowanie pierwotnie wystawionej faktury, z przyczyn wskazanych wyżej, powinno nastąpić przez wystawienie przez sprzedawcę faktury korygującej. Faktura korygująca wystawiana jest w celu podania właściwych, prawidłowych i zgodnych z rzeczywistością kwot i innych danych, decydujących o rzetelności wystawionego dokumentu.

Tym samym, istotą faktur korygujących jest korekta faktur pierwotnych, tak aby dokumentowały rzeczywisty przebieg zdarzeń gospodarczych.

Jak wynika z powołanych regulacji, fakturę korygującą wystawia się w przypadku udzielenia rabatów, obniżek cen, zwrotu sprzedawcy towarów oraz zwrotu nabywcy kwot nienależnych, a także zwrotu nabywcy zaliczek, przedpłat, zadatków lub rat, podlegających opodatkowaniu (zwrotu całości lub części należności) oraz w sytuacji, gdy podwyższono cenę po wystawieniu faktury lub w razie stwierdzenia pomyłki w cenie, stawce lub kwocie podatku bądź w jakiejkolwiek innej pozycji faktury.

Zatem, jeżeli po wystawieniu faktury wystąpią zdarzenia mające wpływ na treść wystawionej faktury lub okaże się, że wystawiona faktura zawiera błędy, podatnik wystawia w takim przypadku fakturę korygującą. Zatem, faktura korygująca wystawiana jest w celu podania właściwych, prawidłowych i zgodnych z rzeczywistością kwot i innych danych, decydujących o rzetelności wystawionego dokumentu.

Z brzmienia przedstawionych wyżej regulacji prawnych wynika, że kwoty, o które zmniejsza się lub zwiększa się podstawę opodatkowania oraz kwoty podatku należnego (w wyniku zdarzeń wymienionych w art. 106j ust. 1 ustawy), muszą zostać udokumentowane fakturą korygującą, stosownie do art. 106j ustawy.

Jak wynika z okoliczności sprawy, nie mając możliwości obiektywnego ustalenia, jakie w danym miesiącu kwoty zostały uzyskane z Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia tytułem sfinansowania wynagrodzeń części zatrudnionych osób (oraz zleceniobiorców) – wystawiali Państwo na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia faktury za realizację świadczeń medycznych niejako w wyższej niż należna wysokości, bez pomniejszenia o wartość kosztów wynagrodzeń podlegających refundacji od Urzędu Wojewódzkiego i Ministerstwa Zdrowia. W sytuacji natomiast, kiedy tylko powstała obiektywna możliwość wyliczenia wartości refundowanych kosztów wynagrodzeń (i obiektywnego ustalenia, że wpłynęły one w miesiącu, w którym została pierwotnie wystawiona na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia faktura) oraz skoro:

1)  należność z tytułu realizacji świadczeń medycznych realizowanych na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia ma być pomniejszana o środki otrzymane na pokrycie kosztów wynagrodzeń i

2)  wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń, o którą pomniejszane jest wynagrodzenie należne od Narodowego Funduszu Zdrowie, ma pomniejszać wynagrodzenie za miesiąc otrzymania tych środków otrzymanych w tym miesiącu, Szpital wystawiał faktury korygujące in minus.

Szpital znał bowiem finalnie kwotę rzeczywistej wysokości wynagrodzenia z tytułu zrealizowanych usług medycznych.

Ponadto, jak rozstrzygnięto w interpretacji, podstawę opodatkowania po Państwa stronie stanowi wartość wynagrodzenia należnego od Narodowego Funduszu Zdrowia pomniejszona o wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń od Urzędu Wojewódzkiego oraz Ministra Zdrowia.

Mając zatem na uwadze przedstawiony opis sprawy oraz powołane wyżej przepisy, należy stwierdzić, że mają Państwo obowiązek wystawienia faktur korygujących in minus w związku z faktem, że powstała obiektywna możliwość wyliczenia wartości refundowanych kosztów wynagrodzeń. Wartość wynagrodzeń należnych od NFZ pomniejszona o wartość środków otrzymanych na pokrycie kosztów wynagrodzeń stanowi podstawę opodatkowania zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy. Zatem skoro otrzymują Państwo informację o rzeczywistej wysokości wynagrodzeń, zachodzi konieczność pomniejszenia wysokości wynagrodzeń od NFZ wskazanych na fakturze pierwotnej, co powoduje zmniejszenie podstawy opodatkowania. Zgodnie z art. 106j ustawy, zmniejszenie podstawy opodatkowania musi zostać udokumentowane fakturą korygującą.

Należy bowiem wskazać, że w przedstawionej sytuacji prawidłowym działaniem jest wystawienie faktur korygujących różnicę między fakturą pierwotną a stanem rzeczywistym.

Tym samym, w analizowanej sprawie zachodzą przesłanki określone w art. 106j ust. 1 ustawy uzasadniające wystawienie faktury korygującej. W tym przypadku, mają Państwo obowiązek wystawienia faktur korygujących zmniejszających podstawę opodatkowania o wartość refundowanych kosztów wynagrodzeń.

Podsumowując, stwierdzam, że w opisanym stanie faktycznym mają Państwo obowiązek wystawienia faktur korygujących in minus na podstawie art. 106j ust. 1 ustawy.

Tym samym, Państwa stanowisko w zakresie pytania nr 2 jest prawidłowe.

Państwa wątpliwości dotyczą również ustalenia, czy mogą Państwo odstąpić od wystawiania faktur korygujących i dokumentować fakt zmiany kwoty należnego wynagrodzenia innym niż faktura korygująca dokumentem księgowym, np. notą księgową.

Wskazać należy, że ustawa oraz przepisy wykonawcze wydane na podstawie jej upoważnienia w żadnym zakresie nie regulują kwestii wystawiania not księgowych. Noty księgowe stanowią dokumenty księgowe na podstawie ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (t. j. Dz. U. z 2021 r., poz. 217 ze zm.), a nie przepisów dotyczących podatku VAT.

Nota księgowa jest dokumentem rozliczeniowym. Stosuje się ją przy dokumentowaniu transakcji, które nie podlegają przepisom ustawy o podatku VAT. Noty księgowe są dokumentami stosowanymi także w przypadku dokonywania wzajemnych rozliczeń pomiędzy powiązanymi jednostkami nieuprawnionymi do wystawiania faktur VAT.

Z opisu sprawy wynika, że są Państwo czynnym, zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług.

Natomiast jak wskazano wyżej, konieczne jest wystawienie faktur korygujących różnicę między fakturą pierwotną a stanem rzeczywistym (zmniejszających podstawę opodatkowania) w związku z refundacją kosztów wynagrodzeń.

W konsekwencji, nie mogą Państwo odstąpić od wystawiania faktur korygujących i dokumentować fakt zmiany kwoty należnego wynagrodzenia innym niż faktura korygująca dokumentem księgowym, np. notą księgową.

Tym samym, Państwa stanowisko w zakresie pytania nr 3 jest prawidłowe.

Państwa wątpliwości dotyczą również ustalenia, czy w sytuacji, w której fakt zmiany kwoty należnego wynagrodzenia zostanie udokumentowany innym niż faktura korygująca dokumentem księgowym, np. notą księgową, będą Państwo zobowiązani do pomniejszenia podstawy opodatkowania w ewidencji sprzedaży oraz składanej wraz z ewidencją deklaracji dla podatku od towarów i usług.

Jak już wskazano wyżej, kwoty, o które zmniejsza się lub zwiększa się podstawę opodatkowania oraz kwoty podatku należnego (w wyniku zdarzeń wymienionych w art. 106j ust. 1 ustawy), muszą zostać udokumentowane fakturą korygującą, stosownie do art. 106j ustawy.

Zgodnie z art. 109 ust. 1 ustawy:

W myśl art. 109 ust. 3 ustawy:

Zatem, skoro w przedstawionym stanie faktycznym wystawiali Państwo pierwotne faktury bez pomniejszenia o koszty wynagrodzeń i w związku z tym mają Państwo obwiązek wystawienia faktury korygującej zmniejszającej podstawę opodatkowania, i nie mogą Państwo udokumentować zmiany wysokości wynagrodzenia notą księgową, to w sytuacji, kiedy fakt zmiany kwoty należnego wynagrodzenia zostanie udokumentowany innym niż faktura korygująca dokumentem księgowym, np. notą księgową, nie będą Państwo mieli możliwości pomniejszenia podstawy opodatkowania w ewidencji sprzedaży oraz składanej wraz z ewidencją deklaracji dla podatku od towarów i usług w odniesieniu do wynagrodzenia pierwotnie udokumentowanego fakturami niezgodnymi ze stanem rzeczywistym.

Podsumowując, stwierdzam, że nie mogą Państwo pomniejszyć podstawy opodatkowania w ewidencji sprzedaży oraz składanej wraz z ewidencją deklaracji dla podatku od towarów i usług, jeżeli fakt zmiany kwoty należnego wynagrodzenia zostanie udokumentowany innym niż faktura korygująca dokumentem księgowym, np. notą księgową.

Tym samym, Państwa stanowisko w zakresie pytania nr 4 jest prawidłowe.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Interpretacja dotyczy stanu faktycznego, który Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązywał w dacie zaistnienia zdarzenia.

Zaznacza się także, że zgodnie z art. 14b § 3 ustawy Ordynacja podatkowa, składający wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej obowiązany jest do wyczerpującego przedstawienia zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego. Organ jest ściśle związany przedstawionym we wniosku stanem faktycznym (opisem zdarzenia przyszłego). Zainteresowany ponosi ryzyko związane z ewentualnym błędnym lub nieprecyzyjnym przedstawieniem we wniosku opisu stanu faktycznego (zdarzenia przyszłego).

Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, o ile rzeczywisty stan faktyczny sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie ze stanem faktycznym (opisem zdarzenia przyszłego) podanym przez Państwa w złożonym wniosku. W związku z powyższym, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego w opisie sprawy, udzielona odpowiedź traci swą aktualność.

Zwrócić należy uwagę, że wydana interpretacja dotyczy tylko sprawy będącej przedmiotem wniosku (zapytania) Wnioskodawcy. Inne kwestie wynikające z opisu sprawy, które nie zostały objęte pytaniem, nie mogą być – zgodnie z art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej – w wydanej interpretacji rozpatrzone.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

·      Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 622 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem stanu faktycznego i zastosują się Państwo do interpretacji.

·      Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

·      Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; dalej jako „PPSA”).

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

·      w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo

·      w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.