0112-KDIL1-3.4012.533.2026.1.KM

Interpretacja indywidualna – stanowisko prawidłowe

Szanowni Państwo,

stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego stanu faktycznego w podatku od towarów i usług jest prawidłowe.

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

7 sierpnia 2026 r. wpłynął Państwa wniosek z 7 sierpnia 2026 r. o wydanie interpretacji indywidualnej, który dotyczy wskazania, czy Szpital jest zobowiązany do korygowania historycznych ewidencji VAT oraz plików JPK_V7 w związku z wystawieniem – za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur – faktur (faktury korygującej „in minus” i nowej faktury „in plus” z historyczną datą wykonania usługi wynikającą z szablonu wygenerowanego przez NFZ) dokumentujących świadczenia uprzednio zakwestionowane przez NFZ oraz czy okoliczność, że nowa faktura wystawiona po ponownej weryfikacji świadczenia (przesłana do KSeF) zawiera historyczną datę wykonania usługi wynikającą z automatycznie wygenerowanego szablonu NFZ, wpływa na moment jej ujęcia w ewidencji VAT i JPK_V7 (pytania oznaczone we wniosku nr 1 i nr 2). Uzupełnili go Państwo pismem z 29 września 2026 r. (wpływ 1 października 2026 r.).

Treść wniosku jest następująca:

Opis stanu faktycznego (ostatecznie przedstawiony w piśmie z 29 września 2026 r.)

(…) jest Samodzielnym Publicznym Zakładem Opieki Zdrowotnej, szpitalem klinicznym działającym w oparciu o ustawę z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 156). Centrum jest zarejestrowanym, czynnym podatnikiem VAT i rozlicza się składając comiesięczne deklaracje podatkowe. Szpital zgodnie ze statutem prowadzi działalność o charakterze medycznym (w 98% realizuje kontrakt na świadczenia medyczne z Narodowym Funduszem Zdrowia) oraz działalność w zakresie udzielania usług m.in. hotelarskich, utylizacji odpadów medycznych oraz rekreacji i sportu.

W celu udzielania świadczeń medycznych pacjentom, (...) podpisuje z Oddziałem Wojewódzkim Narodowego Funduszu Zdrowia kontrakty medyczne. W umowach określa się maksymalne roczne limity punktowe, wskazuje maksymalne ilości i kwoty, jakie Fundusz gwarantuje za wykonane usługi medyczne w danym zakresie. Szpital co miesiąc przekazuje do NFZ informację dotyczącą wykazu wykonanych usług medycznych, która podlega w Funduszu weryfikacji.

Na podstawie informacji zwrotnej, zgodnie z szablonem otrzymanym od NFZ, Centrum wystawia fakturę, która jest podstawą do wypłaty należnego Szpitalowi wynagrodzenia. Świadczenia opieki zdrowotnej wykonywane przez Centrum (...) na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług korzystają ze zwolnienia od podatku od towarów i usług, jako „usługi w zakresie opieki medycznej, służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia…”.

Specyfika rozliczeń z NFZ: Rozliczenia świadczeń objętych umowami zawartymi z Narodowym Funduszem Zdrowia odbywają się z wykorzystaniem systemów teleinformatycznych NFZ, w szczególności Systemu Zarządzania Obiegiem Informacji (SZOI). Po zakończeniu miesiąca Centrum (...) przekazuje do NFZ raporty statystyczne dotyczące wykonanych świadczeń. Wszystkie zaimportowane do systemu SZOI zestawy świadczeń podlegają weryfikacji. Po zakończeniu procesu weryfikacyjnego i zatwierdzeniu danych generowane jest żądanie rozliczenia, na podstawie którego system NFZ generuje szablon rozliczeniowy. Szablon stanowi jedyną podstawę do wystawienia faktury przez Szpital. Wszelkie dane zawarte w fakturze, w tym data wykonania świadczenia/sprzedaży, zakres świadczeń oraz ich wartość wynikają z szablonu wygenerowanego przez Fundusz.

W przypadku, gdyby świadczeniodawca wystawił na wykonane świadczenia fakturę odbiegającą od danych wygenerowanych przez system NFZ w postaci szablonu, to taka faktura jest automatycznie przez system odrzucana. Następnie faktura jest weryfikowana i przekazywana do Krajowego Systemu e-Faktur.

Istnieją również sytuacje, najczęściej ściśle powiązane z aneksami do umów, kiedy to korekty generowane są automatycznie przez NFZ, bez raportów czy żądania rozliczenia ze strony Szpitala. W przypadku świadczeń wykonanych w latach ubiegłych (zamknięte okresy rozliczeniowe) NFZ dokonuje ponownej weryfikacji uprzednio zaraportowanych świadczeń. Szpital otrzymuje informację o zakwestionowanych świadczeniach zdrowotnych, weryfikuje zasadność i po dokonaniu analizy ponownie przesyła do NFZ raporty statystyczne, które stanowią podstawę rozliczenia. Po zatwierdzeniu raportów statystycznych przez NFZ, automatycznie, bez ingerencji pracownika, generowane jest na portalu SZOI żądanie rozliczenia. Na podstawie żądania rozliczenia zostaje zaczytany szablon, który stanowi podstawę do wystawienia faktury, która po weryfikacji zgodnie z obowiązującymi przepisami zostaje wysłana do KSeF.

W trakcie roku podatkowego Narodowy Fundusz Zdrowia w sposób ciągły, cykliczny:

-     weryfikuje i waliduje na bieżąco świadczenia, w następstwie czego powstaje konieczność wystawiania korekt z tytułu błędów,

-     kilkukrotnie dokonuje nowych weryfikacji, które powodują konieczność poprawy, np. wystawienia korekt na minus i ponownego rozliczenia świadczeń po poprawie błędu,

-     po zakończeniu roku NFZ zamyka system i nie pozwala na dalsze rozliczenie świadczeń za dany okres rozliczeniowy.

Po pewnym czasie NFZ dodatkowo uruchamia weryfikację wsteczną za dany okres lub wzywa świadczeniodawców do skorygowania świadczeń z zamkniętego okresu z lat ubiegłych. Do przyczyn kwestionowania rozliczeń/wystawiania faktur korygujących zaliczyć można m.in. konieczność poprawienia części świadczeń; kwestionowanie świadczeń przez NFZ; brak ubezpieczenia pacjenta; koincydencja świadczeń – inny podmiot np. w trakcie hospitalizacji wykazuje świadczenie. NFZ nie rozstrzyga, które było udzielone prawidłowo i kwestionuje oba wchodzące w koincydencje świadczenia. Na wniosek podmiotu świadczenie to, po jego sprawdzeniu i uznaniu przez NFZ za poprawne jest przywracane do rozliczenia z Funduszem; błędy w taryfie – w wyniku weryfikacji NFZ stwierdza brak np. wymaganej procedury diagnostycznej, co powoduje zakwestionowanie procedury i całego rozliczenia. Czasem jest to błędna procedura, a czasem jej brak w ogóle.

W praktyce rozliczeń zdarzają się sytuacje, w których po pierwotnym rozliczeniu świadczeń NFZ dokonuje ponownej weryfikacji danych i kwestionuje część uprzednio rozliczonych świadczeń.

W takim przypadku Centrum jest zobowiązane wystawić fakturę korygującą zmniejszającą wartość uprzednio rozliczonych świadczeń. Po usunięciu wskazanych przez NFZ nieprawidłowości świadczenia są ponownie przekazywane do weryfikacji. Jeżeli NFZ ponownie zaakceptuje świadczenia, system udostępnia nowy szablon faktury. Zgodnie z zasadami funkcjonowania systemu informatycznego NFZ ponowne rozliczenie świadczeń nie następuje poprzez wystawienie faktury korygującej zwiększającej wartość pierwotnej faktury.

System nie przewiduje możliwości wystawienia korekty zwiększającej. Świadczeniodawca jest zobowiązany wystawić nową fakturę dokumentującą rozliczenie tych świadczeń. W konsekwencji ponowne rozliczenie świadczeń następuje poprzez dwa dokumenty: fakturę korygującą zmniejszającą wartość uprzednio rozliczonych świadczeń, nową fakturę dokumentującą świadczenia zaakceptowane po ponownej weryfikacji. Dochodzi wówczas do sytuacji, w której nowo wystawiane faktury (z nowo wygenerowanego przez NFZ szablonu) zawierają historyczną datę wykonania świadczenia, mimo że faktura jest wystawiana znacznie później, po zakończeniu procedury weryfikacyjnej prowadzonej przez NFZ, często po wielu miesiącach, a nawet latach od wykonania świadczenia. Data wykonania świadczenia jest automatycznie przenoszona z danych systemowych NFZ i nie może zostać zmieniona przez Szpital. Dodatkowo faktury dokumentujące ponownie rozliczone świadczenia są wystawiane przy wykorzystaniu Krajowego Systemu e-Faktur.

W konsekwencji, do KSeF trafiają faktury wystawione w bieżącym okresie rozliczeniowym, zawierające jednocześnie historyczną datę wykonania świadczenia wynikającą z danych udostępnionych przez NFZ. Wnioskodawca nie ma możliwości zmiany tej daty.

Podsumowując proces rozliczeniowy z Narodowym Funduszem Zdrowia:

-     fakturowanie wykonanych usług medycznych jest konsekwencją narzuconego mechanizmu rozliczeń z NFZ;

-     Szpital nie ma możliwości samodzielnego wystawienia faktury;

-     dokumentem, na podstawie którego Centrum może wystawić fakturę, jest szablon wygenerowany przez system NFZ;

-     NFZ może wielokrotnie kwestionować świadczenia i ponownie je weryfikować;

-     po zamknięciu okresu rozliczeniowego możliwe są kolejne weryfikacje dotyczące lat ubiegłych;

-     dopiero po zakończeniu całej procedury weryfikacyjnej powstaje możliwość udokumentowania należności.

Pytania (ostatecznie sformułowane w piśmie z 29 września 2026 r.)

1. Czy w przedstawionym stanie faktycznym Centrum (...) jest zobowiązane do korygowania historycznych ewidencji VAT oraz plików JPK_V7 w związku z wystawieniem – za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur – faktur (faktury korygującej „in minus” i nowej faktury „in plus” z historyczną datą wykonania usługi wynikającą z szablonu wygenerowanego przez NFZ) dokumentujących świadczenia uprzednio zakwestionowane przez NFZ, mimo że w tamtym okresie Szpital nie miał możliwości ich rozliczenia?

2. Czy okoliczność, że nowa faktura wystawiona po ponownej weryfikacji świadczenia (przesłana do KSEF) zawiera historyczną datę wykonania usługi wynikającą z automatycznie wygenerowanego szablonu NFZ, wpływa na moment jej ujęcia w ewidencji VAT i JPK_V7?

Państwa stanowisko w sprawie (ostatecznie wyrażone w piśmie z 29 września 2026 r.)

Centrum (...) jest zdania, że w opisanym stanie faktycznym nie jest ono zobowiązane do korygowania historycznych ewidencji VAT oraz plików JPK_V7 wyłącznie z tego powodu, że faktury wystawione po zakończeniu procedury weryfikacyjnej zawierają historyczne daty wykonania świadczeń zdrowotnych.

Świadczenia opieki zdrowotnej wykonywane przez Centrum (...) na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług korzystają ze zwolnienia od podatku od towarów i usług, jako „usługi w zakresie opieki medycznej, służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia…”.

Zgodnie z art. 19a ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, obowiązek podatkowy powstaje co do zasady z chwilą wykonania usługi. Ponadto obowiązek podatkowy powinien pozostawać w ścisłym związku z rzeczywistym przebiegiem zdarzeń gospodarczych, powinien uwzględniać charakter wykonywanego świadczenia, jego zakres, sposób realizacji, postanowienia łączące strony stosunku prawnego oraz zasady ustalania należnego wynagrodzenia.

W ocenie Centrum, w przypadku świadczeń opieki zdrowotnej finansowanych przez Narodowy Fundusz Zdrowia wykonanie świadczenia medycznego nie oznacza jeszcze ostatecznego ustalenia należnego wynagrodzenia. Wynagrodzenie, które ma otrzymać Szpital, podlega bowiem obowiązkowej wieloetapowej weryfikacji prowadzonej przez NFZ zgodnie z zasadami rozliczania świadczeń wynikającymi z zawartych umów oraz przepisów regulujących finansowanie świadczeń opieki zdrowotnej ze środków publicznych. W toku procesu rozliczeniowego NFZ może zakwestionować uprzednio wykazane świadczenia, odmówić ich finansowania, zobowiązać świadczeniodawcę do poprawienia danych rozliczeniowych, a następnie ponownie ocenić zasadność ich sfinansowania.

W konsekwencji, do czasu zakończenia procesu weryfikacji Wnioskodawca nie dysponuje ostatecznie skonkretyzowanym i bezspornym roszczeniem o zapłatę za dane świadczenie. Znajduje to odzwierciedlenie również w art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, zgodnie z którym podstawą opodatkowania jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą podatnik otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży.

W przedstawionym stanie faktycznym do czasu zakończenia procedury weryfikacyjnej nie jest możliwe ustalenie, jaka kwota stanowi wynagrodzenie należne Wnioskodawcy za dane świadczenie, ponieważ wysokość tego wynagrodzenia pozostaje uzależniona od wyniku czynności podejmowanych przez NFZ. Istotne znaczenie ma również fakt, że system rozliczania świadczeń przez NFZ jest narzucony świadczeniodawcy.

Wnioskodawca nie posiada swobody ani w zakresie momentu wystawienia faktury, ani jej treści. Faktura dokumentująca rozliczenie świadczeń może zostać wystawiona wyłącznie na podstawie szablonu udostępnionego przez system informatyczny NFZ po zakończeniu procesu weryfikacyjnego. Wnioskodawca nie ma możliwości zmiany danych zawartych w tym szablonie, w szczególności daty wykonania świadczenia. Wystawienie faktury niezgodnej z danymi wygenerowanymi przez NFZ skutkuje jej odrzuceniem przez system rozliczeniowy.

Ponadto sposób dokumentowania ponownie zaakceptowanych świadczeń nie zależy od decyzji Wnioskodawcy, lecz jest determinowany obowiązującymi procedurami systemowymi. Zgodnie z procedurami obowiązującymi w systemie NFZ ponowne rozliczenie takich świadczeń następuje poprzez obowiązkowe wystawienie faktury korygującej zmniejszającej wartość uprzednio rozliczonych świadczeń, a następnie wystawienie nowej faktury dokumentującej świadczenia ponownie zaakceptowane do rozliczenia. System NFZ nie przewiduje możliwości wystawienia faktury korygującej zwiększającej wartość pierwotnego rozliczenia.

W konsekwencji, jedyną dopuszczalną formą udokumentowania należnego wynagrodzenia jest wystawienie nowej faktury. Nowa faktura jest wystawiana w bieżącym okresie rozliczeniowym, jednak zawiera historyczną datę wykonania świadczenia, która jest automatycznie przenoszona z danych systemowych NFZ i nie podlega modyfikacji przez Wnioskodawcę. Faktura ta jest następnie przekazywana do Krajowego Systemu e-Faktur. Przyczyną wystawienia nowej faktury są nowe okoliczności, które ujawniły się po uprzednim skorygowaniu rozliczenia świadczeń oraz przeprowadzeniu ponownej procedury weryfikacyjnej przez NFZ. Dopiero zakończenie tej procedury skutkuje ponowną akceptacją świadczeń i umożliwia ich skuteczne udokumentowanie zgodnie z obowiązującymi zasadami rozliczeń.

W ocenie Szpitala, sam fakt wskazania na nowo wystawionej fakturze historycznej daty wykonania świadczenia nie może stanowić samodzielnej podstawy do przyjęcia, że podatnik jest zobowiązany do skorygowania historycznych ewidencji VAT. Wnioskodawca nie miał bowiem wcześniej możliwości skutecznego udokumentowania sprzedaży i należnego wynagrodzenia. Przyjęcie odmiennego stanowiska prowadziłoby do sytuacji, w której podatnik byłby zobowiązany do wielokrotnego korygowania zamkniętych okresów rozliczeniowych wyłącznie z uwagi na kolejne etapy obowiązkowej procedury weryfikacyjnej prowadzonej przez NFZ, mimo że przebieg tej procedury pozostaje całkowicie niezależny od jego woli oraz działań. W momencie wykonania świadczenia zdrowotnego nie dochodzi jeszcze do definitywnego ustalenia zakresu zobowiązania NFZ wobec świadczeniodawcy.

Zobowiązanie to podlega obowiązkowej procedurze weryfikacyjnej, której wynik może prowadzić zarówno do odmowy finansowania świadczenia, jak i do jego ponownego rozliczenia po usunięciu stwierdzonych nieprawidłowości. Dopiero zakończenie tej procedury prowadzi do ostatecznego skonkretyzowania wierzytelności Centrum wobec NFZ. Centrum (...) nie kwestionuje, że świadczenia zdrowotne zostały wykonane we wcześniejszych okresach rozliczeniowych.

Okoliczność ta znajduje odzwierciedlenie w dacie wykonania świadczenia wskazywanej na fakturze zgodnie z wymogami NFZ. Przedmiotem wątpliwości Wnioskodawcy nie jest zatem prawidłowość oznaczenia daty wykonania świadczenia, lecz ustalenie, czy fakt ten skutkuje obowiązkiem historycznego ujmowania dokumentów w ewidencji VAT oraz składania korekt plików JPK_V7, pomimo, że w okresie przeszłym Szpital nie miał możliwości rozliczenia tych świadczeń. W ocenie Centrum, nowe faktury wystawiane po ponownej pozytywnej weryfikacji świadczeń przez NFZ powinny być ujmowane dla celów podatku od towarów i usług w okresie, w którym powstała możliwość ich wystawienia (pojawiły się okoliczności umożliwiające i uzasadniające rozliczenie i udokumentowanie świadczeń), bez obowiązku korygowania historycznych ewidencji wyłącznie z uwagi na historyczną datę wykonania świadczenia wykazaną w treści faktury, bowiem dopiero wówczas, dokumentują one rzeczywisty przebieg zdarzeń gospodarczych, za które zapłaci NFZ.

Stanowisko Centrum (...) znajduje potwierdzenie w indywidualnej interpretacji podatkowej Dyrektora KIS z 28 października 2024 r. (0114-KDIP1-3.4012.484.2024.2.KF), dotyczącej okresów rozliczeniowych faktur korygujących oraz faktur sprzedaży w kontekście współpracy z NFZ.

Ocena stanowiska

Stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku jest prawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Zgodnie z przepisem art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), zwanej dalej „ustawą”:

W myśl art. 7 ust. 1 ustawy:

W świetle art. 8 ust. 1 ustawy:

W myśl art. 2 pkt 22 ustawy:

Natomiast na podstawie art. 19a ust. 1 ustawy:

Powyższy przepis formułuje zasadę ogólną, zgodnie z którą obowiązek podatkowy powstaje z chwilą dokonania dostawy towaru bądź wykonania usługi, co oznacza, że podatek staje się wymagalny w rozliczeniu za okres, w którym dokonana została dostawa towarów bądź świadczenie usług i powinien być rozliczony za ten okres.

Dla celów powstania obowiązku podatkowego dokonanie czynności np. świadczenia usług następuje więc z chwilą faktycznego ich dokonania, za wyjątkiem przypadków, w których przepisy ustawy określają wprost ten moment.

Zgodnie z zasadą ogólną określoną w art. 19a ust. 1 ustawy, generalnie brak jest powiązania momentu powstania obowiązku podatkowego z datą wystawienia faktury.

Przepis art. 2 pkt 31 ustawy stanowi, że:

Na podstawie art. 2 pkt 32 ustawy:

Według art. 2 pkt 32a ustawy:

Zasady dotyczące wystawiania faktur ustrukturyzowanych oraz faktur korygujących te faktury zostały określone w przepisach ustawy o podatku od towarów i usług.

Zgodnie z art. 106b ust. 1 pkt 1 ustawy:

W myśl art. 106ba ustawy:

Ustawą z dnia 16 czerwca 2023 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2023 r. poz. 1598), wprowadzono zmiany w zakresie KSeF, które miały wejść w życie 1 lipca 2024 r. Jednak, zgodnie z ustawą z dnia 9 maja 2024 r. zmieniającą ustawę o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2024 r. poz. 852), zwanej dalej „ustawą zmieniającą” – termin wejścia w życie obowiązkowego KSeF został przesunięty na 1 lutego 2026 r.

Zgodnie z art. 106ga ust. 1 ustawy:

Jak stanowi art. 106ga ust. 2 ustawy:

Stosownie do art. 106gb ust. 1 ustawy:

W myśl art. 106gb ust. 8 ustawy:

W świetle przepisów dotyczących podatku od towarów i usług, faktury są dokumentami potwierdzającymi rzeczywiste transakcje gospodarcze dokonywane przez podatnika. Faktura pełni szczególną rolę dowodową w prawidłowym wymiarze podatku VAT, dlatego też niezwykle istotne jest prawidłowe oznaczenie wszystkich elementów faktury.

Faktura jest dokumentem potwierdzającym zaistnienie zdarzenia gospodarczego (np. potwierdzeniem nabycia określonych usług). Wystawienie faktury należy rozumieć jako sporządzenie ww. dokumentu oraz jego przekazanie innemu podmiotowi (nabywcy), a przez to wprowadzenie faktury do obrotu prawnego.

Elementy, jakie powinna zawierać faktura, zostały wymienione w art. 106e ustawy.

Zgodnie z art. 106e ust. 1 pkt 1-15 i pkt 26 ustawy:

Stosownie do art. 106i ust. 1 ustawy:

W praktyce zdarzają się również sytuacje, gdy po wystawieniu faktury następują zdarzenia gospodarcze mające wpływ na treść pierwotnej faktury lub faktura zawiera błędy. W takiej sytuacji, ustawodawca wskazuje na możliwość skorygowania tej faktury przez wystawienie faktury korygującej.

W myśl art. 106j ust. 1 ustawy:

W świetle art. 106j ust. 2 ustawy:

Zgodnie z art. 106j ust. 2a ustawy:

Z powołanych wyżej przepisów ustawy dotyczących faktur korygujących wynika, że jeżeli po wystawieniu faktury wystąpią zdarzenia mające wpływ na treść wystawionej faktury lub okaże się, że wystawiona faktura zawiera błędy, podatnik wystawia w takim przypadku fakturę korygującą. Fakturę korygującą wystawia się m.in. w razie stwierdzenia pomyłki w cenie, stawce lub kwocie podatku bądź w jakiejkolwiek innej pozycji faktury, również gdy dokonano zwrotu podatnikowi towarów i opakowań, udzielono rabatu, bądź upustów i obniżek cen.

Zatem, co do zasady, korygowanie pierwotnie wystawionej faktury, z przyczyn wskazanych wyżej, powinno nastąpić przez wystawienie przez sprzedawcę faktury korygującej. Faktura korygująca wystawiana jest w celu podania właściwych, prawidłowych i zgodnych z rzeczywistością kwot i innych danych, decydujących o rzetelności wystawionego dokumentu.

Tym samym, istotą faktur korygujących jest korekta faktur pierwotnych, tak aby dokumentowały rzeczywisty przebieg zdarzeń gospodarczych.

Wskazać należy, że faktury korygujące można generalnie podzielić na te, które powodują zmniejszenie podstawy opodatkowania (tzw. faktury korygujące „in minus”) oraz te, które wywołują skutki odwrotne, tj. w wyniku ich wystawienia wartość podstawy opodatkowania ulega podwyższeniu (tzw. faktury korygujące „in plus”). W ramach powyższego rozróżnienia można również dokonać podziału tychże faktur ze względu na powód ich wystawienia:

-   jeżeli korekta spowodowana jest przyczynami powstałymi już w momencie wystawienia faktury pierwotnej, to powinna ona zostać rozliczona w deklaracji podatkowej za okres, w którym została wykazana faktura pierwotna;

-   w sytuacji gdy korekta jest spowodowana przyczynami zaistniałymi po dokonaniu sprzedaży (przykładowo zaistniały nowe okoliczności transakcji skutkujące zwiększeniem podstawy opodatkowania), korekta powinna być dokonana w deklaracji podatkowej za miesiąc, w którym wystawiono fakturę korygującą. Taki przypadek będzie miał miejsce, gdy w fakturze pierwotnej podatek należny został wykazany w prawidłowej wysokości, natomiast przyczyna korekty powstała później i nie była możliwa do przewidzenia w momencie wystawienia faktury pierwotnej.

Zatem, późniejsze wykrycie błędu w fakturze pierwotnej stanowi przyczynę zwiększenia podstawy opodatkowania rozliczanej w deklaracji podatkowej za okres, w którym została wykazana faktura pierwotna.

Jednocześnie należy wskazać, że obowiązek składania deklaracji podatkowych reguluje art. 99 ust. 1 ustawy, w myśl którego:

Zgodnie z art. 99 ust. 7c ustawy:

Na podstawie art. 99 ust. 11b ustawy:

Z kolei art. 99 ust. 11c ustawy wskazuje, że:

Na podstawie art. 99 ust. 13a ustawy:

Natomiast w myśl art. 99 ust. 13b ustawy:

Stosownie do art. 99 ust. 12 ustawy:

Z treści art. 109 ust. 3 ustawy wynika, że:

Przytoczona regulacja wskazuje zatem, na konieczność prowadzenia przez podatnika ewidencji, służącej prawidłowemu sporządzeniu JPK_VAT z deklaracją.

Prowadząc ewidencje VAT podatnik powinien mieć przede wszystkim na uwadze cel, wyraźnie określony w ustawie, któremu ma służyć nałożenie na podatnika obowiązków ewidencyjnych. Należy również zauważyć, że art. 109 ust. 3 ustawy nie przewiduje ustalenia powszechnie obowiązującej formy ewidencji, wskazuje jedynie na elementy, które powinna zawierać ewidencja.

Elementy nowego JPK_VAT określa rozporządzenie Ministra Finansów, Inwestycji i Rozwoju z 15 października 2019 r. w sprawie szczegółowego zakresu danych zawartych w deklaracjach podatkowych i w ewidencji w zakresie podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2019 r. poz. 1988 ze zm.), zwane dalej rozporządzeniem oraz opracowane na jego podstawie wzory struktury logicznej JPK_VAT, w formie JPK_V7M i JPK_V7K.

Stosownie do § 9 rozporządzenia:

W myśl § 10 ust. 1 pkt 1 rozporządzenia:

Na podstawie § 10 ust. 2 pkt 1 rozporządzenia:

Z ogólnych założeń dotyczących wypełniania części ewidencyjnej w strukturze JPK_V7M i JPK_V7K wynika, że korektę błędnego wpisu niewpływającego na wysokość podatku należnego lub naliczonego dokonuje się co do zasady poprzez jego wystornowanie, tj. wpisanie ze znakiem przeciwnym całego wpisu oraz ponowne dodanie prawidłowego wpisu z podaniem pierwotnego numeru dokumentu (np. DowodSprzedazy, NrKontrahenta lub NazwaKontrahenta).

Zgodnie z art. 109 ust. 3b ustawy:

Według art. 109 ust. 14 ustawy:

Ponadto, zgodnie z art. 81 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 622 ze zm.), zwanej dalej „Ordynacją podatkową”:

Stosownie do art. 81 § 2 Ordynacji podatkowej:

Wskazane wyżej przepisy statuują ogólną zasadę, prawo podatnika do korygowania uprzednio złożonych plików JPK_VAT z deklaracją podatkową. Złożony przez podatnika korygujący plik JPK_VAT z deklaracją podatkową zastępuje pierwotny (korygowany) plik JPK_VAT z deklaracją podatkową i pociąga za sobą skutki prawne, pozbawiając jednocześnie pierwotny plik JPK_VAT z deklaracją podatkową mocy prawnej.

Korekta JPK_VAT z deklaracją podatkową ma na celu poprawienie błędu, który został popełniony przy jego sporządzeniu. Może on dotyczyć określenia wysokości zobowiązania podatkowego, wysokości nadpłaty lub zwrotu podatku oraz innych danych zawartych w treści tego pliku. Należy zauważyć, że skorygowanie pliku JPK_VAT z deklaracją podatkową polega na ponownym, poprawnym jego wypełnieniu.

Z opisu sprawy wynika, że Wnioskodawca – Szpital jest czynnym podatnikiem VAT. Szpital zgodnie ze statutem prowadzi działalność o charakterze medycznym (w 98% realizuje kontrakt na świadczenia medyczne z Narodowym Funduszem Zdrowia) oraz działalność w zakresie udzielania usług m.in. hotelarskich, utylizacji odpadów medycznych oraz rekreacji i sportu. Świadczenia opieki zdrowotnej wykonywane przez Szpital na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług korzystają ze zwolnienia od podatku od towarów i usług. W trakcie roku podatkowego Narodowy Fundusz Zdrowia w sposób ciągły, cykliczny:

-     weryfikuje i waliduje na bieżąco świadczenia, w następstwie czego powstaje konieczność wystawiania korekt z tytułu błędów,

-     kilkukrotnie dokonuje nowych weryfikacji, które powodują konieczność poprawy, np. wystawienia korekt na minus i ponownego rozliczenia świadczeń po poprawie błędu,

-     po zakończeniu roku NFZ zamyka system i nie pozwala na dalsze rozliczenie świadczeń za dany okres rozliczeniowy.

Po pewnym czasie NFZ dodatkowo uruchamia weryfikację wsteczną za dany okres lub wzywa świadczeniodawców do skorygowania świadczeń z zamkniętego okresu z lat ubiegłych. Do przyczyn kwestionowania rozliczeń/wystawiania faktur korygujących zaliczyć można m.in. konieczność poprawienia części świadczeń; kwestionowanie świadczeń przez NFZ; brak ubezpieczenia pacjenta; koincydencja świadczeń inny podmiot np. w trakcie hospitalizacji wykazuje świadczenie. NFZ nie rozstrzyga, które było udzielone prawidłowo i kwestionuje oba wchodzące w koincydencje świadczenia. Na wniosek podmiotu świadczenie to, po jego sprawdzeniu i uznaniu przez NFZ za poprawne jest przywracane do rozliczenia z Funduszem; błędy w taryfie – w wyniku weryfikacji NFZ stwierdza brak np. wymaganej procedury diagnostycznej, co powoduje zakwestionowanie procedury i całego rozliczenia. Czasem jest to błędna procedura, a czasem jej brak w ogóle. W praktyce rozliczeń zdarzają się sytuacje, w których po pierwotnym rozliczeniu świadczeń NFZ dokonuje ponownej weryfikacji danych i kwestionuje część uprzednio rozliczonych świadczeń.

Państwa wątpliwości dotyczą wskazania, czy Szpital jest zobowiązany do korygowania historycznych ewidencji VAT oraz plików JPK_V7 w związku z wystawieniem – za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur – faktur (faktury korygującej „in minus” i nowej faktury „in plus” z historyczną datą wykonania usługi wynikającą z szablonu wygenerowanego przez NFZ) dokumentujących świadczenia uprzednio zakwestionowane przez NFZ oraz czy okoliczność, że nowa faktura wystawiona po ponownej weryfikacji świadczenia (przesłana do KSeF) zawiera historyczną datę wykonania usługi wynikającą z automatycznie wygenerowanego szablonu NFZ, wpływa na moment jej ujęcia w ewidencji VAT i JPK_V7.

Wskazali Państwo, że faktury korygujące in minus oraz nowe faktury, dotyczą świadczeń zwolnionych od podatku VAT.

W oparciu o art. 29a ust. 1 ustawy:

Na podstawie art. 29a ust. 10 ustawy:

W myśl art. 29a ust. 13 ustawy:

Według art. 29a ust. 13a ustawy:

Stosownie do art. 29a ust. 13b ustawy:

Na mocy art. 29a ust. 13c ustawy:

Stosownie do art. 29a ust. 14 ustawy:

Wskazać należy, że jeżeli korekta sprzedaży zwolnionej od podatku skutkuje zmniejszeniem podstawy opodatkowania, to w celu właściwego jej ujęcia w JPK_VAT z deklaracją nie stosuje się regulacji określonych w art. 29a ust. 13 i 14 ustawy. Regulacje te dotyczą bowiem faktur korygujących „in minus” powodujących obniżenie podstawy opodatkowania, w stosunku do podstawy określonej w wystawionej fakturze z wykazanym podatkiem, a więc skutkujących zmniejszeniem podatku należnego w stosunku do faktury pierwotnej. Natomiast w przypadku faktury dokumentującej sprzedaż zwolnioną podatek ten nie występuje. Wobec tego podatnicy dokonujący korekty faktury dotyczącej transakcji zwolnionych od podatku VAT, którym przysługuje prawo do pomniejszenia podstawy opodatkowania, dokonują obniżenia za okres rozliczeniowy, w którym wystawili fakturę korygującą.

Jak wynika z wniosku, przyczyny wystawienia korekt są różne. Wynikają one z prowadzonych zarówno w trakcie roku kalendarzowego, jak i lat poprzednich weryfikacji prowadzonych przez NFZ. Faktury korygujące wystawiane są do poszczególnych świadczeń odrzuconych w procesie weryfikacji przez NFZ.

Przykładowe przyczyny korekt:

·   konieczność poprawiania części świadczeń – (kwestionowanie świadczeń przez NFZ, brak ubezpieczenia pacjenta),

·   koincydencja świadczeń – inny podmiot np. w trakcie hospitalizacji wykazuje świadczenie. NFZ nie rozstrzyga, które było udzielone prawidłowo i kwestionuje oba wchodzące w koincydencje świadczenia. Na wniosek podmiotu świadczenie to, po jego sprawdzeniu i uznaniu przez NFZ za poprawne, jest przywracane do rozliczenia z Funduszem,

·   błędy w taryfie – w wyniku weryfikacji NFZ stwierdza brak np. wymaganej procedury diagnostycznej, co powoduje zakwestionowanie procedury i całego rozliczenia. Czasem jest to błędna procedura, a czasem jej brak w ogóle.

Uwzględniając ww. wyjaśnienia należy zatem przyjąć, że przyczynami korekt są błędy formalne i proceduralne.

Jak wskazano wyżej w zakresie faktur zmniejszających podstawę opodatkowania sprzedaży zwolnionej nie znajduje zastosowania przepis w art. 29a ust. 13 i 14 ustawy, a podatnicy dokonują jej obniżenia za okres rozliczeniowy, w którym wystawili fakturę korygującą niezależnie od przyczyn korekty. Tym samym, w przypadku faktur korygujących z przyczyn zawartych w treści wniosku, Szpital powinien uwzględnić ww. faktury w okresie rozliczeniowym, w którym zostały one wystawione.

W przypadku opisanym we wniosku zarówno faktury korygujące, jak również „nowe” faktury wystawione z datą bieżącą, ale dotyczące świadczeń wykonywanych w okresach wcześniejszych danego roku, generowane są poprzez szablony narzucone przez NFZ, po weryfikacji danych świadczeń. Szpital nie może ingerować w treść faktury przygotowanej w szablonie przez NFZ.

W tym konkretnym przypadku, odnosząc się do kwestii dotyczącej sposobu rozliczenia dwóch dokumentów, tj. faktury korygującej „in minus” oraz drugiej faktury wystawionej z datą bieżącą, z uwagi na okoliczność, w której sposób korekty faktur za pomocą szablonów jest narzucony przez odbiorcę usług, tj. NFZ, należy uznać, że Szpital powinien uwzględnić obie ww. faktury (tj. korygującą „in minus” oraz drugą fakturę z datą bieżącą) w jednym okresie rozliczeniowym łącznie jako rozliczenie zmniejszenia podstawy opodatkowania świadczonych usług. W tym konkretnym przypadku zasadnym jest bowiem potraktowanie obu ww. dokumentów jako narzędzia, którego rola sprowadza się w istocie do skorygowania faktur pierwotnych, tak aby dokumentowały one rzeczywisty przebieg zdarzeń gospodarczych. Oba dokumenty łącznie pełnią zatem w tym konkretnym przypadku taką funkcję jak faktura korygująca różnicę między fakturą pierwotną a stanem rzeczywistym.

Zatem, w przypadku wystawienia faktury korygującej „in minus”, jak również faktur po weryfikacji wstecznej dokonanej przez NFZ, Szpital, z przyczyn wyżej opisanych, dla celów JPK_VAT z deklaracją powinien je ująć na bieżąco, tj. w okresie, w którym poszczególna faktura została wystawiona. W związku z tym Szpital jest zobowiązany do skorygowania uprzednio złożonych deklaracji (plików JPK_VAT z deklaracją).

Podsumowując, w odpowiedzi na zadane pytania należy stwierdzić, że w przedstawionym stanie faktycznym Centrum (...) nie jest zobowiązane do korygowania historycznych ewidencji VAT oraz plików JPK_V7 w związku z wystawieniem – za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur – faktur (faktury korygującej „in minus” i nowej faktury „in plus” z historyczną datą wykonania usługi wynikającą z szablonu wygenerowanego przez NFZ) dokumentujących świadczenia uprzednio zakwestionowane przez NFZ, a okoliczność, że nowa faktura wystawiona po ponownej weryfikacji świadczenia (przesłana do KSeF) zawiera historyczną datę wykonania usługi wynikającą z automatycznie wygenerowanego szablonu NFZ, nie wpływa na moment jej ujęcia w ewidencji VAT i JPK_V7.

Tym samym, Państwa stanowisko zakresie pytań oznaczonych we wniosku nr 1 i 2 jest prawidłowe.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Interpretacja dotyczy stanu faktycznego, który Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązywał w dacie zaistnienia zdarzenia.

Zgodnie z art. 14b § 3 Ordynacji podatkowej:

Jestem ściśle związany przedstawionym we wniosku stanem faktycznym (opisem zdarzenia przyszłego). Państwo ponoszą ryzyko związane z ewentualnym błędnym lub nieprecyzyjnym przedstawieniem we wniosku opisu stanu faktycznego (zdarzenia przyszłego). Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, gdy rzeczywisty stan faktyczny sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie z opisem stanu faktycznego (zdarzenia przyszłego) podanym przez Państwa w złożonym wniosku. Zatem, wydając przedmiotową interpretację oparłem się na wynikającym z treści wniosku opisie stanu faktycznego. W przypadku, gdy w toku postępowania podatkowego, kontroli podatkowej, bądź celno-skarbowej zostanie określony odmienny stan sprawy, interpretacja nie wywoła w tym zakresie skutków prawnych. Ponadto, w sytuacji zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego w opisie sprawy, udzielona odpowiedź traci swoją aktualność.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

·   Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 622 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego i zastosują się Państwo do interpretacji.

·   Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

·   Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; dalej jako „PPSA”).

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

·   w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo

·   w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.