0111-KDIB3-1.4012.613.2026.5.KO

Interpretacja indywidualna
– stanowisko w części prawidłowe, w części nieprawidłowe

 

Szanowni Państwo,

stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego zdarzenia przyszłego w podatku od towarów i usług jest prawidłowe z zakresie pytań 1, 2, 4, 5, 6 i 8 oraz nieprawidłowe w zakresie pytania nr 7.

 

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

 

2 sierpnia 2026 r. wpłynął Państwa wniosek wspólny o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie m.in. podatku od towarów i usług 1, 2, 3B, 4, 5, 6, 7 i 8.

Wniosek został uzupełniony pismem z 9 września 2026 r. będącym odpowiedzią na wezwanie.

Treść wniosku jest następująca:

 

Zainteresowani, którzy wystąpili z wnioskiem

 

- Zainteresowany będący stroną postępowania:

A S.A. (dawniej: A S.A.)

- Zainteresowany niebędący stroną postępowania:

B

 

Opis zdarzenia przyszłego

A S.A. z siedzibą w (...) (dalej: „A” lub „Spółka”) jest spółką akcyjną, mającą siedzibę oraz zarząd na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. Spółka jest zarejestrowanym podatnikiem VAT czynnym, niebędącym małym podatnikiem w rozumieniu art. 2 pkt 25 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tj. Dz. U. 2025 r. poz 775 ze zm.) (dalej: „ustawa o VAT”).

B (dalej: „B” lub „Instytut”), jest instytutem badawczym, działającym na podstawie:

1) ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o instytutach badawczych (Dz. U. z 2024 r. poz. 534, ze zm.),

2)  ustawy z dnia 9 czerwca 2011 r. - Prawo geologiczne i górnicze (Dz. U. z 2026 r. poz. 69.),

3) statutu nadanego decyzją Ministra Klimatu i Środowiska z dnia (…)

Instytutem badawczym w rozumieniu ustawy o instytutach badawczych jest państwowa jednostka organizacyjna, wyodrębniona pod względem prawnym, organizacyjnym i ekonomiczno-finansowym, która prowadzi badania naukowe i prace rozwojowe ukierunkowane na ich wdrożenie i zastosowanie w praktyce.

Przedmiotem działania B zgodnie z ww. aktami prawnymi jest m.in. (…).

B poza zadaniami wymienionymi powyżej prowadzi również kształcenie w szkole doktorskiej związane z prowadzonymi badaniami naukowymi i pracami rozwojowymi.

B posiada osobowość prawną oraz siedzibę na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. B jest zarejestrowanym podatnikiem VAT czynnym w rozumieniu ustawy o VAT. W ramach prowadzonej działalności wykonuje zarówno działalność statutową o charakterze publicznym, jak i działalność gospodarczą w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o VAT.

Przedmiot działalności Instytutu mieści się w zakresie zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie zapisów w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 554 ze zm., dalej: „ustawa o CIT.”) Dochód, który powstanie z tytułu dostawy nieruchomości w ramach Transakcji Zamiany, o której mowa poniżej, zostanie przeznaczony na cele statutowe objęte zwolnieniem.

A oraz B łącznie zwani będą dalej: “Wnioskodawcy” lub “Strony”.

A oraz B planują dokonanie zamiany nieruchomości (dalej: „Transakcja Zamiany”, „Transakcja”, „Umowa Zamiany” lub „Zamiana”) w rozumieniu art. 603 ustawy z dnia 23 kwietnia 1964 r. Kodeks cywilny (Dz. U. z 2026 r., poz. 795, ze zm.) (dalej: „kc” lub „kodeks cywilny”), zgodnie z którą każda ze stron przeniesie na drugą stronę prawo do określonych składników majątkowych w postaci prawa użytkowania wieczystego gruntów oraz prawa własności budynków i budowli posadowionych na tych gruntach. Transakcja zostanie dokonana w formie aktu notarialnego. Jednocześnie na żadnej ze Stron nie będzie ciążył obowiązek dopłaty z tytułu dokonanej Zamiany.

W celu realizacji Zamiany Strony zawarły umowę przedwstępną (dalej: „Umowa Przedwstępna”), zawierającą określone warunki, po spełnieniu których zawarta zostanie umowa przyrzeczona (dalej: „Umowa Przyrzeczona”). Warunki te związane są z wymogami formalnoprawnymi (takie jak np. dokonanie wpisu do księgi wieczystej, uzyskanie zgody na dokonanie Zamiany przez odpowiednie instytucje), a także dotyczą przeprowadzenia prac adaptacyjnych przez A przed zamianą nieruchomości. Na podstawie Umowy Przyrzeczonej dojdzie do wzajemnego przeniesienia praw do określonych poniżej nieruchomości.

Przedmiotem Transakcji Zamiany będzie odpowiednio:

    - Po stronie A: Prawo użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej położonej (…), dla której Sąd Rejonowy (…) prowadzi księgę wieczystą nr (…), obejmującej działki ewidencyjne nr 1, 2, 3 oraz 4 o łącznej powierzchni 17 553 m², wraz z prawem własności posadowionych na nich budynków i budowli stanowiących odrębny od gruntu przedmiot własności, tj. budynku biurowego trzykondygnacyjnego (Budynek 1), budynku niemieszkalnego jednokondygnacyjnego (Budynek 2), budynku przemysłowego dwukondygnacyjnego (Budynek 3), dwóch budynków magazynowych jednokondygnacyjnych (Budynek 4 i Budynek 5), a także budowli w postaci przepompowni ścieków wraz z uzbrojeniem oraz infrastruktury towarzyszącej (w tym ogrodzenia, słupów oświetleniowych oraz utwardzonych placów manewrowych i postojowych) (dalej łącznie jako: „Nieruchomość C”).

    - Po stronie B: Prawo użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowych położonych w (…), dla których Sąd Rejonowy (…) Ksiąg Wieczystych, prowadzi księgi wieczyste nr (…), obejmujące działki ewidencyjne nr 5 o powierzchni 4.324,00 m², nr 6 o powierzchni 238,00 m² oraz nr 7 o powierzchni 2.146,00 m², wraz z prawem własności posadowionych na nich budynków i budowli stanowiących odrębny od gruntu przedmiot własności, w tym w szczególności:

    - na działce nr 5 - jednokondygnacyjnego budynku handlowo-usługowego (pow. zabudowy 1.455,00 m²), kilku jednokondygnacyjnych budynków niemieszkalnych (o pow. zabudowy odpowiednio 201,00 m², 2,00 m², 9,00 m², 17,00 m² i 53,00 m²) oraz stacji transformatorowej,3

    - na działce nr 6 - budowli w postaci fragmentu ogrodzenia oraz szlabanu wjazdowego (nieruchomość wykorzystywana jako droga dojazdowa),

    - na działce nr 7 - czterech budynków o powierzchni zabudowy odpowiednio 588,00 m² (budynek biurowy), 149,00 m² (łącznik), 24,00 m² (zewnętrzna klatka schodowa), 18,00 m² (magazyn) oraz pięciokondygnacyjnego budynku magazynowo-biurowego (cztery kondygnacje naziemne i jedna podziemna) o powierzchni użytkowej 2.639,87 m², a także infrastruktury towarzyszącej, w tym parkingów oraz drogi dojazdowej (dalej łącznie jako: „Nieruchomość B”).

Zarówno Nieruchomość C, jak i Nieruchomość B nie są formalnie wyodrębnione w przedsiębiorstwie Wnioskodawców jako dział, wydział, oddział itp. ani nie jest możliwe sporządzenie przez danego Wnioskodawcę odrębnego bilansu lub rachunku zysków i strat w odniesieniu do danej Nieruchomości czy też nie jest prowadzona odrębna księgowość pozwalająca na przyporządkowanie do niego przychodów, kosztów, aktywów, zobowiązań.

W ramach Zamiany, zarówno A, jak i B nie przeniosą na siebie nawzajem praw i obowiązków wynikających z umów cywilnoprawnych zawartych z personelem zajmującym się m.in. zarządzaniem nieruchomościami, umów o dostawę mediów, umów w zakresie obsługi technicznej Nieruchomości B czy Nieruchomości C, umów na obsługę serwisową związaną z ich funkcjonowaniem, takich jak np. umowa o świadczenie usług ochrony, utrzymania czystości, monitoringu przeciwpożarowego itp.

W odniesieniu do każdej z Nieruchomości, Strona Transakcji nie przejmie jakichkolwiek zobowiązań, chyba że byłyby one przenoszone z mocy prawa.

Jeżeli sprzedaż objęta Transakcją, choćby w części, zwolniona będzie od VAT na podstawie art. 43 ust. 1 ustawy VAT, zarówno A, jak i B wystawią faktury dokumentujące dostawę poszczególnych Nieruchomości niezależnie od zastosowanego zwolnienia od VAT.

[Nabycie Nieruchomości C przez A]

Spółka nabyła Nieruchomość C za kwotę (…) PLN dnia 28 stycznia 2026 r. na mocy umowy przenoszącej od osoby fizycznej prowadzącej działalność gospodarczą i będącej podatnikiem VAT. Transakcja ta była przedmiotem wniosku wspólnego o wydanie interpretacji indywidualnej, zakończonego interpretacjami indywidualnymi Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 27 sierpnia 2025 r.:

    - sygn. 0111-KDIB3-2.4012.394.2025.3.AR - w zakresie ustawy o VAT, w której potwierdzono w szczególności, że w przedmiotowej sprawie, transakcja sprzedaży prawa użytkowania wieczystego Działki 2, 4 oraz 3 wraz z prawem własności znajdujących się na nich budynków i budowli będzie korzystać ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT z możliwością rezygnacji z tego zwolnienia na podstawie art 43 ust. 10-11 ww. ustawy. Jednocześnie tut. Organ potwierdził, że w zakresie sprzedaży niezabudowanej Działki 1 zastosowanie znajdzie zwolnienie z VAT przewidziane w art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy o VAT, o ile nie zostanie wydana w stosunku do tej działki nowa decyzja WZ (co po złożeniu wniosku nie miało miejsca);

    - sygn. 0111-KDIB2-3.4014.275.2025.4.JS - w zakresie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, w której wskazano, że w zakresie, w którym sprzedaż obejmuje prawo użytkowania wieczystego i nieruchomości (budynki i ich części składowe) dostawa będzie opodatkowana PCC, podczas gdy dostawa ruchomości (tj. tego, co nie stanowi budynku lub jego części składowej) nie będzie objęta PCC.

Stosując się do powołanej powyżej interpretacji indywidualnej w zakresie podatku VAT, Strony zdecydowały się nie skorzystać z prawa do opodatkowania 23% VAT dostawy budynków i budowli posadowionych na Działkach 4, 2 oraz 3 na podstawie art. 43 ust. 10 ustawy o VAT, w zakresie w jakim dostawa podlegała zwolnieniu z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT. Jednocześnie, w odniesieniu do Działki 1 zastosowane zostało zwolnienie z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 9 ww. ustawy.

Teren, na którym położone są Działka 4, Działka 2, Działka 3 oraz Działka 1, nie był na moment nabycia Nieruchomości C przez A objęty miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego.

Niemniej, dnia 29 stycznia 2026 r. została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym Województwa uchwała rady Miasta w sprawie miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego (…), która obejmuje Działki wchodzące w skład Nieruchomości C. Uchwała weszła w życie po upływie 14 dni od dnia jej ogłoszenia. Uchwała przewiduje, że literowe oznaczenie tych Działek to 67 U/P/Ps, które w przedmiotowej uchwale zostało ustalone jako:

1) przeznaczenie: teren usług lub produkcji lub składów i magazynów;

2) warunki zabudowy i zagospodarowania terenu oraz zasady ochrony i kształtowania ładu przestrzennego:

   a) zakazuje się lokalizacji szpitali i innych placówek udzielających stacjonarnych i całodobowych świadczeń zdrowotnych, domów opieki społecznej oraz zabudowy związanej ze stałym lub czasowym pobytem dzieci i młodzieży, w szczególności szkół, przedszkoli, żłobków, klubów dziecięcych i ośrodków opiekuńczo-wychowawczych,

  b) ustala się maksymalną powierzchnię zabudowy - 60%

  c) ustala się minimalny udział procentowy powierzchni biologicznie czynnej - 15%,

  d) ustala się minimalną intensywność zabudowy - 0,3,

  e) ustala się maksymalną intensywność zabudowy - 2,0 w tym 1,5 dla części nadziemnej,

  f) ustala się maksymalną wysokość zabudowy - 12 m, z zastrzeżeniem lit. g, h,

  g) ustala się, zgodnie z rysunkiem planu, strefę, w której dopuszcza się przekroczenie maksymalnej wysokości zabudowy,

  h) dopuszcza się, w strefie wymienionej w lit. g, przekroczenie maksymalnej wysokości zabudowy o nie więcej niż 5 m i na powierzchni zabudowy obejmującej nie więcej niż 70% powierzchni strefy,

  i) ustala się linie zabudowy - zgodnie z rysunkiem planu,

  j) zakazuje się lokalizacji produkcji w odległości mniejszej niż 20 m od linii zabudowy wyznaczonej na rysunku planu od strony ul. (…),

  k) wskazuje się na rysunku planu granice obszaru, na którym prawdopodobieństwo wystąpienia powodzi jest niskie i wynosi 0,2% lub na którym istnieje prawdopodobieństwo wystąpienia zdarzenia ekstremalnego;

2) obsługa komunikacyjna z ul. (…) lub z drogi publicznej 9 KDD - projektowanej.

Poprzedni właściciel Nieruchomości C, w ramach prowadzonej działalności gospodarczej i pozostając w związku z nią podatnikiem VAT czynnym, wybudował na Nieruchomości C w szczególności opisane niżej budynki wraz z określonymi budowlami, instalacjami i urządzeniami technicznymi:

1)  trzykondygnacyjny budynek o przeznaczeniu biurowym (Budynek 1),

2) jednokondygnacyjny budynek o przeznaczeniu niemieszkalnym (Budynek 2),

3) dwukondygnacyjny budynek o przeznaczeniu przemysłowym (Budynek 3), oraz

4) jednokondygnacyjny budynek o przeznaczeniu: zbiorniki, silosy i budynki magazynowe (Budynek 4), oraz

5) jednokondygnacyjny budynek o przeznaczeniu: zbiorniki, silosy i budynki magazynowe Budynek 5).

Budynek 1 i Budynek 2 zostały oddane do użytkowania w roku 2013, zaś Budynek 3, Budynek 4 i Budynek 5 zostały oddane do użytkowania w roku 2015. W wymienionych latach zostały wydane i stały się ostateczne odpowiednie decyzje administracyjne udzielające pozwolenia na użytkowanie tych Budynków, przy czym decyzja wydana w roku 2013 obejmowała również instalacje i urządzenia techniczne związane z obiektem). Opisane wyżej Budynki zostały wzniesione na Działce 4, przy czym Budynek 5 położony jest zarówno na Działce 4 jak i na Działce 2.

Ponadto na Działce 3 zlokalizowana jest budowla w postaci urządzeń kanalizacyjnych przepompowni ścieków wraz z uzbrojeniem („Budowla” lub „Przepompownia”).

Na Działce 1 nie zostały wzniesione żadne budynki ani budowle.

Okres, jaki upłynął od rozpoczęcia wykorzystywania ww. Budynków i budowli na potrzeby działalności gospodarczej przez poprzedniego właściciela, przekroczył w sposób znaczący okres 2 lat.

W ciągu ostatnich dwóch lat zarówno poprzedni właściciel, jak i Spółka jako nowy nabywca nie ponieśli wydatków na ulepszenie, w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, któregokolwiek z ww. Budynków, ani też jakiejkolwiek budowli lub jej części, wybudowanych na Nieruchomości C, które stanowiłyby co najmniej 30% ich wartości początkowej. W związku z Transakcją planowane jest przeprowadzenie przez Spółkę prac adaptacyjnych stanowiących jeden z warunków dokonania Zamiany (szczegóły przedstawiono poniżej), niemniej Strony nie przewidują, aby ich wartość na moment dokonania Transakcji przekroczyła 30% wartości początkowej któregokolwiek z Budynków, ani też jakiejkolwiek budowli lub jej części, wybudowanych na Nieruchomości C.

[Nabycie Nieruchomości B przez Instytut]

Instytut nabył Nieruchomość B dnia 15.06.2007 roku na mocy umowy sprzedaży (rep. A nr ….) od P.

Nabycie Nieruchomości B przez Instytut od poprzedniego właściciela było zwolnione z VAT.

Na moment nabycia, na Nieruchomości B znajdowały się budynki i budowle wskazane powyżej, które mają być przedmiotem Zamiany, tj.

    - na działce nr 5 - jednokondygnacyjny budynek handlowo-usługowy (pow. zabudowy 1.455,00 m²), kilka jednokondygnacyjnych budynków niemieszkalnych (o pow. zabudowy odpowiednio 201,00 m², 2,00 m², 9,00 m², 17,00 m² i 53,00 m²) oraz stacja transformatorowa,

   -  na działce nr 6 - budowla w postaci fragmentu ogrodzenia oraz szlabanu wjazdowego (nieruchomość wykorzystywana jako droga dojazdowa),

    - na działce nr 7 - cztery budynki o powierzchni zabudowy odpowiednio 588,00 m² (budynek biurowy), 149,00 m² (łącznik), 24,00 m² (zewnętrzna klatka schodowa), 18,00 m² (magazyn) oraz pięciokondygnacyjny budynek magazynowo-biurowego (cztery kondygnacje naziemne i jedna podziemna) o powierzchni użytkowej 2.639,87 m².

Budynki i budowle były przedmiotem pierwszego zasiedlenia jeszcze przez poprzedniego właściciela Nieruchomości B i nie zostały w ciągu ostatnich dwóch lat ulepszone przez Instytut, tj. wydatki poniesione na ulepszenie, w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, nie stanowiły co najmniej 30% wartości początkowej któregokolwiek z budynków czy budowli posadowionych na tej Nieruchomości.

[Prace Adaptacyjne]

Jako jeden z warunków pozwalających na zawarcie Umowy Przyrzeczonej, Umowa Przedwstępna przewiduje wykonanie na Nieruchomości C przez A przed zawarciem Umowy Przyrzeczonej prac projektowych, robót budowlanych, prac remontowych oraz innych prac adaptacyjnych, na własny koszt i ryzyko (dalej: “Prace Adaptacyjne” lub “Prace”). Planowane jest, aby Prace Adaptacyjne rozpoczęły się niezwłocznie po podpisaniu Umowy Przedwstępnej oraz uzyskaniu zgód wymaganych od organów państwowych i zostały zakończone w możliwie najszybszym terminie. Zakres Prac Adaptacyjnych będzie obejmować w szczególności prace według wytycznych Instytutu nad pomieszczeniami o funkcjach takich jak serwerownia, pomieszczenia laboratoryjne, warsztaty, garaże, magazyny, które są konieczne do prawidłowego funkcjonowania Instytutu, a także prace o charakterze remontowym, mające na celu odświeżenie Nieruchomości C.

Po ustaleniu przez Strony ostatecznego planu w zakresie ww. Prac, sporządzony zostanie ich plan kosztów, oparty o przewidywane przez strony wydatki zw. z przeprowadzeniem Prac, w tym wykonanie projektu, uzyskanie wymaganych przepisami prawa pozwoleń czy koszty usług generalnego wykonawcy, którego A planuje zatrudnić do ich wykonania. Po zakończeniu Prac Adaptacyjnych Strony dokonają ich odbioru technicznego. Wraz z wydaniem Nieruchomości C Spółka przekaże Instytutowi dokumentację powykonawczą, instrukcję użytkowania obiektu oraz dokumenty gwarancyjne.

Całkowity koszt Prac Adaptacyjnych, w ramach których poniesione zostaną wydatki na wynagrodzenie z tytułu usług projektowych (w tym wykonanie projektu budowlanego i projektu wykonawczego), koszty uzyskania pozwoleń, wynagrodzenie generalnego wykonawcy, koszty nadzoru inwestorskiego, koszty materiałów, nie powinien przekroczyć wartości ok. (…) PLN brutto.

Równolegle z Pracami Adaptacyjnymi, Instytut wykona w Nieruchomości C na własny koszt i ryzyko dodatkowe roboty budowlane. Jeżeli po zawarciu Umowy Przyrzeczonej i przeniesieniu własności poszczególnych Nieruchomości w ramach Zamiany zajdzie w ocenie Instytutu potrzeba wykonania dalszych prac na Nieruchomości, prace te Instytut wykona we własnym zakresie i na własny koszt.

[Najmy]

Zgodnie z posiadanymi przez Spółkę informacjami, po oddaniu poszczególnych Budynków do użytkowania poprzedni właściciel Nieruchomości C rozpoczął ich użytkowanie na potrzeby własnej działalności gospodarczej opodatkowanej VAT, w tym również poprzez oddanie określonej części Budynków do użytkowania osobom trzecim w najem świadczony w ramach tej działalności gospodarczej. Przy czym opisany najem stanowił usługi opodatkowane VAT i niekorzystające ze zwolnienia od tego podatku.

Po zawarciu umowy przedwstępnej nabycia Nieruchomości C przez A, a jeszcze przed zawarciem ostatecznej umowy przenoszącej własność Nieruchomości na ten podmiot, większość umów najmu została rozwiązana (nastąpiło to z dniem 31.12.2025 r.).

Na Nieruchomości jako najemca pozostał podmiot, z którym jeszcze przez poprzedniego właściciela została zawarta umowa najmu na czas określony (tj. do 1 lutego 2028 r.), niemożliwa do rozwiązania przed czasem z perspektywy prawnej.

Dodatkowo, na Nieruchomości jako najemca pozostał dotychczasowy właściciel Nieruchomości C, w przypadku którego chodziło o zapewnienie krótkiego okresu przejściowego, który pozwoliłby na znalezienie nowego odpowiedniego zaplecza biurowego dla celów prowadzonej działalności gospodarczej (najem ten ma jednak jedynie charakter tymczasowy i zostanie wkrótce zakończony). Powierzchnię na Nieruchomości wynajmują na moment składania niniejszego wniosku także 3 inne podmioty, które zwróciły się o pozostanie w charakterze najemcy na Nieruchomości C. Ponieważ rozwiązanie to nie kolidowało z planami A i Instytutu (do czasu rozpoczęcia Prac Adaptacyjnych Nieruchomość i tak pozostawałaby nieużytkowana przez A), a dodatkowo, A widzi szansę na nawiązanie współpracy z jednym z tych podmiotów w ramach Prac Adaptacyjnych, Strony postanowiły się przychylić do tej prośby - podmioty te zostaną jednak na tej Nieruchomości jedynie tymczasowo. A nie zawierało nowych, długoterminowych umów najmu z innymi podmiotami dotyczących Nieruchomości C w celu prowadzenia działalności polegającej na komercyjnym wynajmie tej nieruchomości i nie planuje takich umów zawierać, ani też poszukiwać nowych najemców. Utrzymanie obowiązujących umów najmu wynikało z treści zawartych wcześniej umów oraz z braku możliwości ich natychmiastowego rozwiązania, a także z uwarunkowań organizacyjnych związanych z planowaną realizacją Umowy Zamiany.

Głównym celem nabycia Nieruchomości C nie było i nie jest ani jej użytkowanie przez A na potrzeby związane z działalnością gospodarczą, ani czerpanie pożytków z umów najmu, lecz jej jak najszybsze zbycie w ramach Zamiany. Nieruchomość C została bowiem nabyta przez A wyłącznie w celu dokonania Zamiany na Nieruchomość B, tj. po to, aby pozyskać nieruchomość przyległą do pozostałych posiadanych nieruchomości i w ten sposób powiększyć posiadany obszar kampusu przy ul. J., co jest potrzebne w związku z dynamicznym rozwojem podstawowej działalności gospodarczej Spółki. Sama Nieruchomość C nie jest natomiast potrzebna A do jakiegokolwiek innego celu (gdyby nie doszło do Zamiany, wówczas A dążyłoby do sprzedaży tej nieruchomości na rzecz innego podmiotu).

Na dzień sporządzenia niniejszego Wniosku Spółka nie jest w stanie precyzyjnie określić przewidywanego okresu posiadania Nieruchomości C. Okres ten uzależniony będzie w szczególności od przebiegu postępowań administracyjnych, uzyskania wymaganych decyzji, zgód i pozwoleń związanych z planowanymi Pracami Adaptacyjnymi, a także od szeregu czynników formalnych, technicznych, organizacyjnych oraz biznesowych, w tym pozostających poza bezpośrednią kontrolą Spółki. Jednocześnie nabycie przedmiotowej Nieruchomości C było podyktowane wyłącznie chęcią jej późniejszej zamiany na Nieruchomość B.

[Operaty]

W związku z pracami związanymi z przygotowaniem projektu Umowy Przedwstępnej, a także docelowo Umowy Przyrzeczonej, Strony sporządziły operaty szacunkowe, zlecając te prace niezależnym podmiotom będącym rzeczoznawcami majątkowymi, przy czym część z nich została sporządzona na zlecenie A, a część na zlecenie B, dodatkowo operaty zlecone przez A wykonane zostały przez innego rzeczoznawcę majątkowego niż operaty zlecone przez B. Na zlecenie A dla Nieruchomości B sporządzony został operat szacunkowy przez rzeczoznawcę majątkowego, datowany na dzień 1 października 2025 r. (z późniejszymi zmianami), w którym określono wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego gruntu oraz własności posadowionych na nim budynków w podejściu dochodowym (metodą inwestycyjną, techniką kapitalizacji prostej), a także - pomocniczo - w podejściu porównawczym dla określenia wartości gruntu jako niezabudowanego (alternatywny sposób użytkowania). Datą określenia wartości był dzień 18 września 2025 r. Operaty wykonano zgodnie z obowiązującymi przepisami oraz Powszechnymi Krajowymi Zasadami Wyceny.

W operacie wskazano dwie wartości:

    - wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego nieruchomości zabudowanej w wysokości (…) zł,

    - wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego nieruchomości zabudowanej przy założeniu alternatywnego sposobu użytkowania (wartość gruntu pomniejszona o koszty rozbiórki istniejących naniesień) w wysokości (…) zł.

Operat zawiera szczegółową analizę stanu prawnego nieruchomości, przeznaczenia w planie miejscowym, charakterystyki technicznej budynków, analizy rynku lokalnego (w tym rynku powierzchni biurowych i magazynowych), przyjętych stawek czynszów, poziomu pustostanów, kosztów operacyjnych oraz przyjętej stopy kapitalizacji.

Jednocześnie na zlecenie B sporządzony został odrębny operat szacunkowy sporządzony przez rzeczoznawcę majątkowego, w którym wartość rynkowa prawa użytkowania wieczystego gruntu oraz własności budynków na Nieruchomości B została określona na kwotę (…) zł. Wycena ta została sporządzona w podejściu dochodowym, przy zastosowaniu metody inwestycyjnej, zgodnie z obowiązującymi przepisami oraz Powszechnymi Krajowymi Zasadami Wyceny.

Dla Nieruchomości C sporządzony został operat szacunkowy przez rzeczoznawcę majątkowego, datowany na dzień 26 września 2025 r., w którym określono wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego gruntu oraz własności posadowionych na nim budynków w podejściu dochodowym (metodą inwestycyjną, techniką kapitalizacji prostej). W operacie przyjęto datę określenia wartości na 17 września 2025 r. Wartość rynkowa nieruchomości została określona na kwotę (…) zł.

Następnie, w związku z koniecznością skorygowania wyniku wyceny, sporządzony został aneks do operatu z dnia 21 października 2025 r., w którym wskazano skorygowaną wartość rynkową Nieruchomości C w wysokości (…) zł. Aneks stanowi integralną część operatu szacunkowego i został sporządzony zgodnie z przepisami prawa oraz Powszechnymi Krajowymi Zasadami Wyceny (PKZW).

Na zlecenie B przygotowano odrębny operat szacunkowy sporządzony przez rzeczoznawcę majątkowego, w którym określono wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego gruntu oraz własności posadowionych na nim budynków na Nieruchomości C w podejściu dochodowym (metodą inwestycyjną, techniką kapitalizacji prostej). W operacie tym wartość rynkowa nieruchomości została określona na kwotę (…) zł.

Jednocześnie na podstawie ustaleń umownych Strony przyjmują, za operatami, dla potrzeb Zamiany wartość dla:

- Nieruchomości C w kwocie (…) zł

- Nieruchomości B w kwocie (…) zł.

Pismem z 9 września 2026 r. uzupełniono opis sprawy następująco.

Proszę, żeby doprecyzowali Państwo opis zdarzenia przyszłego w podatku od towarów i usług, tj. jednoznacznie wskazali:

a) do wykonywania jakich czynności:

- opodatkowanych podatkiem od towarów i usług,

- zwolnionych od podatku od towarów i usług,

- niepodlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług

A wykorzystywało Nieruchomość C?

Jak wskazano w opisie zdarzenia przyszłego, większość umów najmu została bowiem rozwiązana w związku z nabyciem Nieruchomości przez A. Nieruchomość C w przeważającej części nie jest obecnie użytkowana przez A. A nabyło Nieruchomość C z zamiarem przeniesienia jej własności w ramach Transakcji Zamiany. Nieruchomość użytkuje obecnie jedynie kilku najemców, w stosunku do których umów nie można było rozwiązać przed czasem z perspektywy prawnej lub też A zgodziło się na tymczasowe najmowanie przez nich Nieruchomości z innych względów szerzej zostało to opisane w opisie zdarzenia przyszłego). Przedmiotowe najmy podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

Pytania

  1) Czy na gruncie ustawy o VAT Transakcję Zamiany należy traktować jako dwie niezależne transakcje dostawy nieruchomości?

  2) Czy sprzedaż przez A na rzecz B w drodze Zamiany odrębnej własności budynków oraz budowli wzniesionych na Działce 2, Działce 4 oraz Działce 3, a także prawa wieczystego użytkowania gruntów stanowiących te działki ewidencyjne będzie korzystać ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy VAT?

3B) Jeżeli stanowisko Wnioskodawców na pytanie nr 3A zostanie uznane za prawidłowe, czy w związku z faktem, że Nieruchomość C nie stanowi środka trwałego A, czy nie dojdzie do pierwszego zasiedlenia Nieruchomości C wg ustawy o VAT, a w konsekwencji zastosowanie znajdzie zwolnienie od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, nawet jeżeli Prace Adaptacyjne przewidziane w ramach Transakcji Zamiany przekroczyłyby 30% wartości początkowej Budynków lub budowli, wybudowanych na tej Nieruchomości?

  4) Czy sprzedaż przez A na rzecz B w drodze Zamiany prawa wieczystego użytkowania gruntu stanowiącego Działkę 1 będzie korzystać ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy VAT?

  5) Czy sprzedaż przez B na rzecz A w drodze Zamiany Nieruchomości B będzie korzystać ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy VAT?

  6) Czy podstawą opodatkowania dla A z tytułu dostawy Nieruchomości C dokonywanej na rzecz B w ramach Transakcji Zamiany będzie określona w pieniądzu wartość otrzymanej przez A od Instytutu Nieruchomości B, tj. wartość tej Nieruchomości ustalona przez strony transakcji pomniejszona o kwotę podatku należnego?

  7) Czy podstawą opodatkowania dla Instytutu z tytułu dostawy Nieruchomości B dokonywanej na rzecz A w ramach Transakcji Zamiany będzie określona w pieniądzu wartość otrzymanej przez Instytut od A Nieruchomości C, tj. wartość tej Nieruchomości ustalona przez strony transakcji pomniejszona o kwotę podatku należnego?

 8) Czy A będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT w związku z nabywanymi usługami i towarami potrzebnymi do wykonania Prac Adaptacyjnych?

Państwa stanowisko w sprawie

Ad. 1

Na wstępie należy wskazać, że jak wskazano w opisie zdarzenia przyszłego zarówno Instytut, jak i A są czynnymi podatnikami VAT w rozumieniu art. 15 ust. 1 ustawy o VAT w związku z Transakcją Zamiany.

W myśl art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy VAT opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlegają m.in. odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju.

Stosownie zaś do art. 7 ust. 1 tej ustawy, „przez dostawę towarów, o której mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1, rozumie się przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel (...), w tym również: (...) 6) oddanie gruntów w użytkowanie wieczyste; 7) zbycie praw, o których mowa w pkt 5 i 6”.

Przez sprzedaż w myśl art. 2 pkt 22 ustawy VAT rozumie się odpłatną dostawę towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju, eksport towarów oraz wewnątrzwspólnotową dostawę towarów. Z kolei przez towary rozumie się rzeczy oraz ich części, a także wszelkie postacie energii (art. 2 pkt 6 ustawy VAT).

Zarówno więc budynek jak i grunt spełnia definicję towaru określoną w art. 2 pkt 6 ustawy VAT, a jego sprzedaż traktowana jest jako dostawa towarów. Podobnie, w powołanych przepisach ustawy o VAT zostało wskazane wprost, że zbycie prawa wieczystego użytkowania stanowi dostawę towaru.

Podsumowując, zdaniem Wnioskodawców nie ulega wątpliwości, że zbycie nieruchomości, w tym prawa wieczystego do jej użytkowania, stanowi dostawę towarów w rozumieniu ustawy o VAT.

Odnosząc się natomiast do kwestii zamiany nieruchomości, ze względu na fakt, że ustawa o VAT nie zawiera definicji pojęcia „zamiana”, zdaniem Wnioskodawców, zasadne jest odwołanie się do regulacji zawartych w innych aktach prawnych, w szczególności w przepisach prawa cywilnego. W tym kontekście należy wskazać art. 603 kc, zgodnie z którym „przez umowę zamiany każda ze stron zobowiązuje się przenieść na drugą stronę własność rzeczy w zamian za zobowiązanie się do przeniesienia własności innej rzeczy”.

Dodatkowo należy zwrócić także uwagę na art. 604 kc, zgodnie z którym „do zamiany stosuje się odpowiednio przepisy o sprzedaży”.

Zatem należy stwierdzić, że umowa zamiany to umowa konstrukcyjnie zbliżona do umowy sprzedaży, w ramach której należy stosować, zgodnie z kc, przepisy jak do sprzedaży. Różnica polega na tym, że ekwiwalentem świadczenia jednej strony nie jest zapłata ceny, lecz zobowiązanie drugiej strony do przeniesienia własności innej rzeczy. Innymi słowy, w przypadku zamiany każda ze stron jednocześnie dokonuje przeniesienia własności rzeczy oraz nabywa własność rzeczy drugiej strony, występując zarówno w charakterze dostawcy, jak i w charakterze nabywcy.

Co więcej, zauważyć należy, że z przywołanego art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT nie wynika definicja pojęcia “odpłatność”, w szczególności powyższy przepis nie ogranicza jej wyłącznie do świadczenia pieniężnego. Odpłatność, rozumiana jako istnienie świadczenia wzajemnego, może mieć zatem charakter zarówno pieniężny, jak i niepieniężny (rzeczowy lub usługowy), a także mieszany tj. obejmować zapłatę w części pieniężną, a w części rzeczową.

W związku z powyższym, zdaniem Wnioskodawców należy uznać, że umowa zamiany towarów mieści się w zakresie przedmiotowym opodatkowania podatkiem od towarów i usług, albowiem prowadzi do przeniesienia prawa do rozporządzania towarami jak właściciel w rozumieniu art. 7 ust. 1 ustawy o VAT. W konsekwencji, przeniesienie (sprzedaż) prawa użytkowania wieczystego, w ramach transakcji zamiany bez dokonywania dopłat, stanowić będzie odpłatną dostawę towaru w świetle ustawy o VAT. Jednocześnie, wobec braku szczególnych regulacji w ustawie o VAT dotyczących umowy zamiany, należy przyjąć, że na gruncie tej ustawy czynność powinna być kwalifikowana jako dwie odrębne odpłatne dostawy towarów, dokonywane przez każdą ze stron transakcji.

Podejście to znajduje potwierdzenie dla przykładu w interpretacji indywidualnej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej („Dyrektor KIS”) sygn. 0114-KDIP4-3.4012.739.2020.1 .KM z 12.02.2021 r.:

„Dostawa towarów jest - zgodnie z art. 7 ust. 1 ustawy - przeniesieniem prawa do rozporządzania towarami jak właściciel, co również ma miejsce w przypadku umowy zamiany w odniesieniu do obu stron transakcji. Dokonanie zatem zamiany nieruchomości jest zamianą towarów, czyli odpłatną dostawą towarów podlegającą opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, jeżeli jest realizowana przez podatnika w ramach jego działalności gospodarczej. Na gruncie przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, w sytuacji zamiany nieruchomości dochodzi do dwóch odrębnych odpłatnych dostaw spełniających definicję zawartą w art. 7 ust. 1 ustawy, podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług - zgodnie z art. 5 ust. 1 ustawy. Przy czym odpłatność za nieruchomość w obu tych przypadkach stanowi inna nieruchomość. Zatem dostawa nieruchomości niezabudowanej opisanej we wniosku będzie podlegać opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.”

W konsekwencji, w opinii Wnioskodawców należy z perspektywy ustawy o VAT uznać, że w ramach Transakcji Zamiany:

   1. Instytut dokona odpłatnej dostawy Nieruchomości B na rzecz A

   2. A dokona odpłatnej dostawy Nieruchomości C na rzecz Instytutu.

Ad. 2

W myśl art. 29a ust. 8 tej ustawy VAT, w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli z podstawy opodatkowania nie wyodrębnia się wartości gruntu.

W związku z tym, grunt czy też prawo użytkowania wieczystego gruntu, będący przedmiotem sprzedaży podlega opodatkowaniu według takiej stawki podatku od towarów i usług, jaką opodatkowane są budynki i budowle na nim posadowione.

Oznacza to, że grunt (bądź prawo użytkowania wieczystego gruntu) podlega takiemu samemu reżimowi opodatkowania VAT jak budynki, budowle lub ich części posadowione na tym gruncie, a do jego dostawy stosuje się analogiczną stawkę podatku jak w przypadku dostawy tych obiektów.

Jeżeli dostawa budynków albo budowli lub ich części korzysta ze zwolnienia od podatku, ze zwolnienia takiego korzysta również dostawa gruntu, na którym obiekt jest posadowiony. Wskazany przepis obejmuje swoim zakresem także grunty będące w użytkowaniu wieczystym. Analogiczny pogląd zaprezentował Dyrektor KIS m.in. w interpretacji indywidualnej z dnia 6 kwietnia 2017 r. nr 1462-IPPP2.4512.99.2017.1 .DG. Wnioskodawcy wskazują tutaj, że analogiczny pogląd został wyrażony przez Dyrektora KIS w wydanej na rzecz A interpretacji indywidualnej z dnia 27 sierpnia 2025 r, sygn. 0111-KDIB3-2.4012.394.2025.3.AR, w której wskazał, że „budynki, budowle oraz grunt spełniają definicję towaru wynikającą z art. 2 pkt 6 ustawy, a ich sprzedaż stanowi dostawę towarów, o której mowa w art. 7 ust. 1 ustawy o VAT”.

W pierwszej kolejności wskazać należy, że przedmiotem odpłatnej dostawy towaru w ramach Transakcji Zamiany ze strony A na rzecz Instytutu będą cztery wyodrębnione geodezyjnie działki gruntu, przy czym opodatkowanie dostawy prawa wieczystego użytkowania gruntu stanowiącego Działkę 1 ze względu na jej inny charakter jest przedmiotem odrębnego pytania w ramach niniejszego Wniosku.

W konsekwencji, niniejsze pytanie dotyczy przeniesienia prawa użytkowania wieczystego gruntów obejmujących Działkę 2, Działkę 4 oraz Działkę 3 wraz z budynkami i budowlami na nich wzniesionymi.

Należy wyjaśnić, że zgodnie z art. 24 ust. 1 ustawy z dnia 6 lipca 1982 r. o księgach wieczystych i hipotece (tekst jedn.: Dz. U. z 2023 r. poz. 1984): „Dla każdej nieruchomości prowadzi się odrębną księgę wieczystą, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej. Dotyczy to także nieruchomości lokalowych oraz nieruchomości, w których nieruchomości lokalowe zostały wyodrębnione. Każda działka gruntu wchodząca w skład nieruchomości stanowi samodzielnie wyodrębnioną całość, która może być przedmiotem odrębnej dostawy, opodatkowanej właściwą stawką podatkową. Tym samym w sytuacji sprzedaży działek, nawet w przypadku, gdy są one objęte jedną księgą wieczystą, zbycie to na gruncie przepisów podatkowych należy rozpatrywać oddzielnie w odniesieniu do każdej z tych działek. Zatem określenie zwolnienia nie może być rozszerzane na całą nieruchomość, lecz winno być przyporządkowane do działki lub części działki, która spełnia warunki wynikające z przepisów uprawniające do stosowania preferencji.

Zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 10 ww. ustawy, zwalnia się od podatku dostawę budynków, budowli lub ich części, z wyjątkiem gdy:

a)  dostawa jest dokonywana w ramach pierwszego zasiedlenia lub przed nim,

b)  pomiędzy pierwszym zasiedleniem a dostawą budynku, budowli lub ich części upłynął okres krótszy niż 2 lata.

Z kolei przez „pierwsze zasiedlenie” rozumie się oddanie do użytkowania pierwszemu nabywcy lub użytkownikowi lub rozpoczęcie użytkowania na potrzeby własne budynków, budowli lub ich części, po ich:

a) wybudowaniu lub

b) ulepszeniu, jeżeli wydatki poniesione na ulepszenie, w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, stanowiły co najmniej 30% wartości początkowej (art. 2 pkt 14 ustawy VAT).

Jak wynika z powyższej definicji, „pierwsze zasiedlenie” budynku (budowli lub ich części) po jego wybudowaniu oznacza w szczególności jego pierwsze zajęcie lub rozpoczęcie użytkowania, w tym również na potrzeby własnej działalności gospodarczej. Zastrzeżenie dotyczy jedynie przypadku ulepszenia, o którym mowa w powołanym wyżej przepisie szczególnym, co jednak w niniejszej sprawie nie znajduje zastosowania.

Zatem z powyższych przepisów wynika, że dostawa nieruchomości (prawa użytkowania wieczystego), spełniających określone w tych przepisach warunki, może korzystać ze zwolnienia od podatku VAT. Wykluczenie z tego zwolnienia następuje, jeżeli dostawa jest dokonywana w ramach pierwszego zasiedlenia lub przed nim oraz w sytuacji, gdy od momentu pierwszego zasiedlenia upłynął okres krótszy niż dwa lata.

Jak wskazano powyżej, każda działka ewidencyjna gruntu wchodząca w skład nieruchomości stanowi wyodrębniony przedmiot obrotu, który może być przedmiotem odrębnej dostawy, opodatkowanej właściwą stawką podatkową. W konsekwencji, w przypadku sprzedaży kilku działek - nawet jeżeli są one objęte jedną księgą wieczystą - skutki podatkowe tej czynności należy analizować odrębnie w odniesieniu do każdej z tych działek.

Oznacza to, że ewentualne zwolnienie od podatku nie może być odnoszone do całej nieruchomości jako całości, lecz powinno być przyporządkowane wyłącznie do tej działki (bądź jej części), która spełnia przesłanki warunkujące jego zastosowanie.

Ponadto, jak wskazano powyżej, grunt czy też prawo użytkowania wieczystego gruntu, dzieli byt prawny budynków lub budowli w zakresie opodatkowania VAT (tj. podlega opodatkowaniu albo korzysta ze zwolnienia od podatku na takich samym zasadach jakie dotyczą tych obiektów).

W analizowanym przypadku na Działkach nr 2 oraz 4 wzniesiono budynki i budowle, natomiast na Działce nr 3 wybudowano Przepompownię stanowiącą budowlę. Obiekty te zostały oddane do użytkowania odpowiednio w latach 2013 oraz 2015, przy czym okres pomiędzy ich pierwszym zasiedleniem a planowaną dostawą przekroczy znacząco 2 lata. Jednocześnie wartość Prac Adaptacyjnych w odniesieniu do któregokolwiek z tych Budynków i budowli nie przekroczy 30% ich wartości początkowej.

W konsekwencji dostawa wskazanych budynków i budowli wraz z prawem użytkowania wieczystego gruntów, na których zostały posadowione, będzie korzystać ze zwolnienia od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT.

Podejście to znajduje także odzwierciedlenie w otrzymanej przez A interpretacji indywidualnej w zakresie VAT wskazanej w opisie zdarzenia przyszłego.

Ad. 3B

Zdaniem Wnioskodawców, w związku z faktem, że Nieruchomość C nie może stanowić środka trwałego A co zostało wskazane w uzasadnieniu stanowiska Wnioskodawców do pytania 3A), nie dojdzie do pierwszego zasiedlenia Nieruchomości C wg ustawy o VAT, a w konsekwencji zastosowanie znajdzie zwolnienie od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, nawet jeżeli Prace Adaptacyjne przewidziane w ramach Transakcji Zamiany przekroczyłyby 30% wartości początkowej Budynków lub budowli wybudowanych na tej Nieruchomości.

Jak Wnioskodawcy wskazali w opisie zdarzenia przyszłego, wydatki związane z Pracami Adaptacyjnymi poniesione przez A nie powinny przekroczyć 30% wartości początkowej w odniesieniu do każdego budynku i budowli wchodzących w skład Nieruchomości C i takie założenie należy przyjąć na potrzeby pozostałych pytań będących przedmiotem niniejszego Wniosku. Niemniej, na potrzeby tego pytania należy jednak przyjąć hipotetycznie, że Prace Adaptacyjne mogłyby przekroczyć 30% wartości danego budynku lub budowli.

Na gruncie art. 2 pkt 14 ustawy o VAT, przez pierwsze zasiedlenie rozumie się przez to oddanie do użytkowania pierwszemu nabywcy lub użytkownikowi lub rozpoczęcie użytkowania na potrzeby własne budynków, budowli lub ich części, po ich:

a) wybudowaniu lub

b) ulepszeniu, jeżeli wydatki poniesione na ulepszenie, w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, stanowiły co najmniej 30% wartości początkowej.

Ustawa o VAT w kontekście definicji pierwszego zasiedlenia odnosi się zatem do pojęcia “ulepszenia” zgodnie z ustawą o podatku dochodowym, tj. ustawą o CIT w odniesieniu do spółek będących osobami prawnymi.

Ulepszenie zostało określone w art. 16g ust. 13 ustawy o CIT, tj. Jeżeli środki trwałe uległy ulepszeniu w wyniku przebudowy, rozbudowy, rekonstrukcji, adaptacji lub modernizacji, wartość początkową tych środków, ustaloną zgodnie z ust. 1 i 3-11, powiększa się o sumę wydatków na ich ulepszenie, w tym także o wydatki na nabycie części składowych lub peryferyjnych, których jednostkowa cena nabycia przekracza 10 000 zł. Środki trwałe uważa się za ulepszone, gdy suma wydatków poniesionych na ich przebudowę, rozbudowę, rekonstrukcję, adaptację lub modernizację w danym roku podatkowym przekracza 10 000 zł i wydatki te powodują wzrost wartości użytkowej w stosunku do wartości z dnia przyjęcia środków trwałych do używania, mierzonej w szczególności okresem używania, zdolnością wytwórczą, jakością produktów uzyskiwanych za pomocą ulepszonych środków trwałych i kosztami ich eksploatacji.

Powołany powyżej przepis wprost wskazuje, że „ulepszenie” w rozumieniu ustawy o CIT jest pojęciem, które dotyczy wyłącznie składników majątku będących środkami trwałymi. Ulepszeniu nie może zatem ulec inny składnik majątku niż środek trwały. Jeżeli zatem dana nieruchomość nie stanowi środka trwałego u podatnika, nie może dojść do jej ulepszenia w rozumieniu przepisów ustawy o CIT.

Podejście to znajduje potwierdzenie w interpretacji indywidualnej Dyrektora KIS sygn. 0112-KDIL1- 1.4012.471.2025.1.DS z 20.08.2025 r.:

Jak wskazano powyżej, pierwsze zasiedlenie to zajęcie nieruchomości do używania po jej wybudowaniu lub ulepszeniu, jakie nastąpi w wyniku sprzedaży lub przekazania nieruchomości do prowadzenia własnej działalności. Natomiast ulepszenie – zgodnie z art. 16g ust. 13 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych – jest pojęciem, które dotyczy wyłącznie składników majątku będących środkami trwałymi.

(...) Sprzedaż wyremontowanych i wyodrębnionych lokali mieszkalnych nie będących środkiem trwałym) będzie zwolniona od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy, nawet gdy poniesione wydatki dotyczące materiałów i usług przekroczą 30% wartości początkowej.

Analogiczne podejście wynika z interpretacji indywidualnej sygn. 0114-KDIP1-1.4012.598.2025.1.MM z 8.08.2025 r.

Zatem nieruchomości (np. budynki, lokale mieszkalne lub usługowe), które nie będą stanowić u podatnika środka trwałego, nie mogą ulec ulepszeniu w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, ponieważ pojęcie ulepszenia, do którego odwołuje się ustawodawca w art. 2 pkt 14 ustawy, odsyłając do przepisów o podatku dochodowym, dotyczy wyłącznie ulepszenia środków trwałych.

(…)

W przedmiotowej sprawie nie ma znaczenia, czy wydatki poniesione na remont Budynków przekroczą, czy nie 30% ich wartości początkowej. Nie można bowiem mówić o dokonywaniu w tych Budynkach ulepszeń wskazanych w art. 2 pkt 14 ustawy, gdyż nie stanowią one u Państwa środków trwałych.

W świetle powyższego, zdaniem Wnioskodawców, jeżeli dany składnik majątku nie może zostać uznany za środek trwały, wówczas nie może dojść do jego pierwszego zasiedlenia. Skoro zatem Nieruchomość C powinna stanowić towar handlowy, a nie środek trwały A co zostało uzasadnione powyżej w ramach pytania 3A), jej dostawa na rzecz B w ramach Zamiany nie będzie dokonywana w ramach pierwszego zasiedlenia. W konsekwencji, zostaną spełnione przesłanki do zastosowania zwolnienia od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, nawet jeżeli wydatki na Prace Adaptacyjne przekroczyłyby 30% wartości początkowej Budynków oraz budowli wchodzących w skład Nieruchomości C.

Ad. 4

W myśl art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy VAT, zwalnia się od podatku dostawę terenów niezabudowanych innych niż tereny budowlane. Przez tereny budowlane rozumie się grunty przeznaczone pod zabudowę zgodnie z miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego, a w przypadku braku takiego planu - zgodnie z decyzją o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu, o których mowa w przepisach o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym (art. 2 pkt 33 ustawy VAT). Powyższy przepis przewiduje zatem opodatkowanie VAT dostaw niezabudowanych terenów budowlanych, podczas gdy pozostałe dostawy gruntów niezabudowanych (niebędących terenami budowlanymi) są zwolnione z VAT. Ustawa o VAT wskazuje przy tym wprost, że kluczowe znaczenie przy klasyfikacji gruntu jako terenu budowlanego ma miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego, a jeśli takiego planu nie ma, wówczas istotny jest fakt wydania dla danej działki decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu.

Jak wskazano w opisie zdarzenia przyszłego, dnia 29 stycznia 2026 r. ogłoszono w Dzienniku Urzędowym Województwa uchwałę rady Miasta w sprawie miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego, która obejmuje Działki wchodzące w skład Nieruchomości C. Uchwała przewiduje, że literowe oznaczenie tych Działek to 67 U/P/Ps, tj. grunt został określony jako teren usług lub produkcji lub składów i magazynów.

Jednocześnie, Działka 1 jest niezabudowana i pozostanie taka także na moment dostawy prawa użytkowania wieczystego tej Działki na rzecz Instytutu w ramach Transakcji Zamiany.

W świetle powyższego, zdaniem Wnioskodawców, dostawa Działki 1 (prawa użytkowania wieczystego tego gruntu) przez A na rzecz B w ramach Transakcji winna być traktowana jako dostawa terenu budowlanego, a zatem przewidziane w art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy o VAT zwolnienie nie będzie miało zastosowania. W konsekwencji, zdaniem Wnioskodawców dostawa Działki 1 w ramach Zamiany powinna być opodatkowana 23% VAT.

Ad. 5

W myśl art. 29a ust. 8 tej ustawy VAT, w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli z podstawy opodatkowania nie wyodrębnia się wartości gruntu.

W związku z tym, grunt czy też prawo użytkowania wieczystego gruntu, będący przedmiotem sprzedaży podlega opodatkowaniu według takiej stawki podatku od towarów i usług, jaką opodatkowane są budynki i budowle na nim posadowione.

Oznacza to, że grunt (bądź prawo użytkowania wieczystego gruntu) podlega takiemu samemu reżimowi opodatkowania VAT jak budynki, budowle lub ich części posadowione na tym gruncie, a do jego dostawy stosuje się analogiczną stawkę podatku jak w przypadku dostawy tych obiektów.

Jeżeli dostawa budynków albo budowli lub ich części korzysta ze zwolnienia od podatku, ze zwolnienia takiego korzysta również dostawa gruntu, na którym obiekt jest posadowiony. Wskazany przepis obejmuje swoim zakresem także grunty będące w użytkowaniu wieczystym. Analogiczny pogląd zaprezentował Dyrektor KIS m.in. w interpretacji indywidualnej z dnia 6 kwietnia 2017 r. nr 1462-IPPP2.4512.99.2017.1. DG.

Wnioskodawcy wskazują tutaj, że analogiczny pogląd został wyrażony przez Dyrektora KIS w wydanej na rzecz A interpretacji indywidualnej z dnia 27 sierpnia 2025 r, sygn. 0111-KDIB3-2.4012.394.2025.3.AR, w której wskazał, że „budynki, budowle oraz grunt spełniają definicję towaru wynikającą z art. 2 pkt 6 ustawy, a ich sprzedaż stanowi dostawę towarów, o której mowa w art. 7 ust. 1 ustawy o VAT”.

W pierwszej kolejności wskazać należy, że przedmiotem odpłatnej dostawy towaru w ramach Umowy Zamiany ze strony Instytutu na rzecz A będzie Nieruchomość B, tj. prawo użytkowania wieczystego gruntów wraz z prawem własności posadowionych na nich budynków i budowli. Należy wyjaśnić, że zgodnie z art. 24 ust. 1 ustawy z dnia 6 lipca 1982 r. o księgach wieczystych i hipotece (tekst jedn.: Dz. U. z 2023 r. poz. 1984): „Dla każdej nieruchomości prowadzi się odrębną księgę wieczystą, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej. Dotyczy to także nieruchomości lokalowych oraz nieruchomości, w których nieruchomości lokalowe zostały wyodrębnione. Każda działka gruntu wchodząca w skład nieruchomości stanowi samodzielnie wyodrębnioną całość, która może być przedmiotem odrębnej dostawy, opodatkowanej właściwą stawką podatkową. Tym samym w sytuacji sprzedaży działek, nawet w przypadku, gdy są one objęte jedną księgą wieczystą, zbycie to na gruncie przepisów podatkowych należy rozpatrywać oddzielnie w odniesieniu do każdej z tych działek. Zatem określenie zwolnienia nie może być rozszerzane na całą nieruchomość, lecz winno być przyporządkowane do działki lub części działki, która spełnia warunki wynikające z przepisów uprawniające do stosowania preferencji”.

Zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 10 ww. ustawy, zwalnia się od podatku dostawę budynków, budowli lub ich części, z wyjątkiem gdy:

a) dostawa jest dokonywana w ramach pierwszego zasiedlenia lub przed nim,

b) pomiędzy pierwszym zasiedleniem a dostawą budynku, budowli lub ich części upłynął okres krótszy niż 2 lata.

Z kolei przez „pierwsze zasiedlenie” rozumie się oddanie do użytkowania pierwszemu nabywcy lub użytkownikowi lub rozpoczęcie użytkowania na potrzeby własne budynków, budowli lub ich części, po ich:

a) wybudowaniu lub

b) ulepszeniu, jeżeli wydatki poniesione na ulepszenie, w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, stanowiły co najmniej 30% wartości początkowej (art. 2 pkt 14 ustawy VAT).

Jak wynika z powyższej definicji, „pierwsze zasiedlenie” budynku (budowli lub ich części) po jego wybudowaniu oznacza w szczególności jego pierwsze zajęcie lub rozpoczęcie użytkowania, w tym również na potrzeby własnej działalności gospodarczej. Zastrzeżenie dotyczy jedynie przypadku ulepszenia, o którym mowa w powołanym wyżej przepisie szczególnym, co jednak w niniejszej sprawie nie znajduje zastosowania.

Zatem z powyższych przepisów wynika, że dostawa nieruchomości (prawa użytkowania wieczystego), spełniających określone w tych przepisach warunki, może korzystać ze zwolnienia od podatku VAT. Wykluczenie z tego zwolnienia następuje, jeżeli dostawa jest dokonywana w ramach pierwszego zasiedlenia lub przed nim oraz w sytuacji, gdy od momentu pierwszego zasiedlenia upłynął okres krótszy niż dwa lata.

Jak wskazano powyżej, każda działka ewidencyjna gruntu wchodząca w skład nieruchomości stanowi wyodrębniony przedmiot obrotu, który może być przedmiotem odrębnej dostawy, opodatkowanej właściwą stawką podatkową. W konsekwencji, w przypadku sprzedaży kilku działek - nawet jeżeli są one objęte jedną księgą wieczystą - skutki podatkowe tej czynności należy analizować odrębnie w odniesieniu do każdej z tych działek. Oznacza to, że ewentualne zwolnienie od podatku nie może być odnoszone do całej nieruchomości jako całości, lecz powinno być przyporządkowane wyłącznie do tej działki (bądź jej części), która spełnia przesłanki warunkujące jego zastosowanie.

Ponadto, jak wskazano powyżej, grunt czy też prawo użytkowania wieczystego gruntu, dzieli byt prawny budynków lub budowli w zakresie opodatkowania VAT (tj. podlega opodatkowaniu albo korzysta ze zwolnienia od podatku na takich samym zasadach jakie dotyczą tych obiektów).

W analizowanym przypadku budynki i budowle wchodzące w skład Nieruchomości B znajdowały się na nieruchomości już w momencie jej nabycia przez Instytut w 2007 r. oraz były przedmiotem pierwszego zasiedlenia jeszcze przez poprzedniego właściciela. Tym samym ich pierwsze zasiedlenie nastąpiło najpóźniej przed 2007 r., a zatem okres pomiędzy pierwszym zasiedleniem a planowaną dostawą w ramach Zamiany przekracza znacząco 2 lata.

Jednocześnie w ciągu ostatnich 2 lat Instytut nie poniósł wydatków na ulepszenie - w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym - któregokolwiek z budynków lub budowli posadowionych na tej Nieruchomości, które stanowiłyby co najmniej 30% ich wartości początkowej.

W konsekwencji dostawa wskazanych budynków i budowli wraz z prawem użytkowania wieczystego gruntów, na których zostały posadowione, będzie korzystać ze zwolnienia od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT.

Ad. 6 oraz Ad. 7

Zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, podstawą opodatkowania, z zastrzeżeniem ust. 2, 3 i 5, art. 30a-30c, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5, jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z otrzymanymi dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika.

Z powołanego przepisu wynika wprost, że z perspektywy ustawy o VAT podstawa opodatkowania powinna zostać ustalona w oparciu o wszystko to, co sprzedający otrzymuje lub powinien otrzymać od kupującego.

Jednocześnie ustawa o VAT nie zawiera żadnych regulacji obejmujących wytyczne w zakresie sposobu ustalenia ceny sprzedaży.

Wobec tego, biorąc pod uwagę zasadę swobody umów, zgodnie z którą strony mogą dowolnie kształtować treść umowy w granicach wyznaczonych przez prawo, zdaniem Wnioskodawców sposób określenia ceny leży w ich gestii, jako że nie został w żaden sposób narzucony przez przepisy ustawy o VAT. Określona w Umowie Zamiany należność (cena) powinna zatem być przede wszystkim wynikiem negocjacji pomiędzy stronami - może to zatem być wartość subiektywna, nawet jeżeli odbiegałaby ona od wartości rynkowej zamienianych nieruchomości.

Dyrektor KIS w wydawanych interpretacjach indywidualnych, dla przykładu sygn. 0114-KDIP4-3.4012.574.2025.1.IG z 28.11.2025 r.:

„Jak wynika z utrwalonego orzecznictwa TSUE, podstawą opodatkowania dostawy towarów lub świadczenia usług jest wynagrodzenie rzeczywiście otrzymane z tego tytułu. Owo wynagrodzenie jest zatem wartością subiektywną, czyli rzeczywiście otrzymaną, a nie wartością oszacowaną według kryteriów obiektywnych. Ponadto wynagrodzenie musi być wyrażalne w pieniądzu (zob. wyrok z 19 grudnia 2012 r. w sprawie C-549/11, z 29 lipca 2010 r. w sprawie C-40/09).

Jeżeli wartość ta nie jest kwotą pieniędzy uzgodnioną między stronami, powinna ona, jako wartość subiektywna, odpowiadać wartości, jaką dla odbiorcy ma usługa będąca wynagrodzeniem za dostawę towarów, oraz kwocie, jaką byłby on skłonny za tę usługę zapłacić (wyrok z 2 czerwca 1994 r. w sprawie C-33/93).”

 

Analogiczne podejście zostało wskazane w następujących przykładowych interpretacjach indywidualnych wydanych przez Dyrektora KIS:

   - sygn. 0113-KDIPT1-2.4012.960.2025.2.MC z 12.12.2025 r.:

„Podstawą opodatkowania przy przeniesieniu prawa własności nieruchomości dokonywanego w ramach umowy zamiany zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy pomniejszone o kwotę podatku. (...) W związku z powyższym skoro jedynym wynagrodzeniem otrzymanym przez Państwa od Gminy ... za działki nr 1 i 2 o łącznej wartości .... zł będą - jak Państwo wskazali - otrzymane działki o łącznej wartości .... zł i zamiana ww. nieruchomości gruntowych będzie dokonywana bez dopłat to wskazać należy, że podstawą opodatkowania, w przypadku gdy zamiana ww. nieruchomości nie będzie korzystała ze zwolnienia z podatku VAT, będzie wartość wynagrodzenia jaką otrzymają Państwo od Gminy ... pomniejszona o podatek należny.”

   - sygn. 0114-KDIP4-3.4012.154.2025.2.IG z 17.06.2025 r.:

„Zatem podstawą opodatkowania w przypadku zamiany działek gruntu będzie wartość wynagrodzenia, jaką otrzymają Państwo od Miasta B. Wartością subiektywną stanowiącą odzwierciedlenie wartości jest zatem wartość działek Miasta B. wyceniona w operacie szacunkowym na kwotę (...) zł.”

   - sygn. 0114-KDIP4-3.4012.157.2025.2.AAR z 4.06.2025 r.:

„Zatem, skoro - jak wskazano we wniosku - Państwa jedynym wynagrodzeniem od nabywcy (Y. Sp. z o.o.) działek nr 1/1, 2/2, 5/5, 6/6, 7/7, 8/8, 9/9 będą działki nr 10/10, 11/11, 12/12 (nie są Państwo w stanie wskazać konkretnie jakie działki zostaną zamienione w odniesieniu odpowiednio do każdej działki odrębnie), to wartość nabytych działek nr 10/10, 11/11, 12/12 pomniejszona o kwotę należnego podatku, będzie stanowić, zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy, podstawę opodatkowania.”

   - sygn. 0111-KDIB3-1.4012.580.2024.1.KO z 29.11.2024 r.:

„Odnosząc powyższe do analizowanej sprawy, należy zauważyć, że z przedstawionego we wniosku opisu zdarzenia przyszłego wynika, iż:

    - Osoby fizyczne są właścicielami działek nr 5 i 6 o wartości 31.700,00 zł (wartość netto = wartości brutto)

    - Państwo są właścicielami działek nr 1 i 2 o wartości 39.790,50 zł (32.350,00 zł wartość netto +7.440,50 zł podatek VAT 23%)

    - Osoby fizyczne powinny iścić na Państwa rzecz dopłatę w wysokości: 8.090,50 zł (39.790,50 zł - 31.700,00 zł)

W związku z powyższym podstawą opodatkowania dla Państwa będzie wartość otrzymanej działki od Osób fizycznych w kwocie 31.700,00 zł plus dopłata, którą otrzymają Państwo od Osób fizycznych w kwocie 8.090,50 zł = 39.790,50 zł, pomniejszone o kwotę należnego podatku.”

   - sygn. 0114-KDIP4-3.4012.502.2024.1.JG z 4.10.2024 r.:

„Jak wynika z opisu sprawy wartość zbywanego przez Państwa udziału 13/100 części w działkach 1 i 2 wyceniono zgodnie z operatem szacunkowym na kwotę (...), natomiast wartość nieruchomości Gminy - tj. działek nr 3 i 4 - wyceniono w operacie szacunkowym na kwotę (...). Jednocześnie ustalili Państwo, że zamiana ww. nieruchomości będzie dokonana bez obowiązku dokonania dopłat.

Tym samym, mając na względzie powyższą analizę, skoro - jak wskazano we wniosku - jedynym Państwa wynagrodzeniem od Gminy będą otrzymane w wyniku zamiany działki nr 3 i 4 o wartości (...), to ta wartość pomniejszona o kwotę należnego podatku, będzie stanowiła - zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy - podstawę opodatkowania. Ta kwota stanowi zatem Państwa wynagrodzenie (zapłatę) ustalone z Gminą.”

Tym samym, mając na względzie powyższą analizę, skoro - jak wskazano we wniosku - jedynym Państwa wynagrodzeniem od Gminy będą otrzymane w wyniku zamiany działki nr 3 i 4 o wartości (...), to ta wartość pomniejszona o kwotę należnego podatku, będzie stanowiła - zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy - podstawę opodatkowania. Ta kwota stanowi zatem Państwa wynagrodzenie (zapłatę) ustalone z Gminą.”

W świetle powyższych rozważań, w opinii Wnioskodawców, skoro w ramach Zamiany jedynym wynagrodzeniem od drugiej strony Transakcji będzie otrzymana w wyniku Zamiany nieruchomość, to określona w umowie wartość otrzymanej nieruchomości, pomniejszona o kwotę należnego podatku, powinna stanowić podstawę opodatkowania z tytułu zamiany Nieruchomości.

Podsumowując, w związku z powyższym, zdaniem Wnioskodawców, podstawą opodatkowania wykazaną na fakturze wystawionej przez A powinna być określona w Umowie Zamiany wartość Nieruchomości B, otrzymanej przez A w ramach tej umowy.

Analogicznie, podstawą opodatkowania wykazaną na fakturze wystawionej przez B będzie określona w Umowie Zamiany wartość Nieruchomości A otrzymanej przez B.

Ad. 8

Zdaniem Wnioskodawców, A nie będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego w związku z nabywanymi towarami i usługami służącymi wykonaniu Prac Adaptacyjnych.

Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Z treści przywołanego przepisu wynika, że warunkiem skorzystania z prawa do odliczenia jest istnienie bezpośredniego i rzeczywistego związku pomiędzy nabywanymi towarami i usługami a czynnościami opodatkowanymi podatnika.

W analizowanym zdarzeniu przyszłym dostawa Nieruchomości C przez A na rzecz B w ramach Transakcji Zamiany będzie korzystała ze zwolnienia od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, z wyjątkiem Działki 1, której dostawa zdaniem Wnioskodawców będzie podlegała 23% VAT (kwestia opodatkowania niezabudowanej Działki 1 nie powinna mieć jednak wpływu w tym przypadku, ponieważ Prace Adaptacyjne dotyczą jedynie budynków czy budowli posadowionych na pozostałych Działkach). Prace Adaptacyjne wykonywane przez A stanowią warunek zawarcia Umowy Przyrzeczonej i są bezpośrednio związane z planowaną dostawą tej Nieruchomości. Ich celem nie jest wykorzystanie nieruchomości przez A do prowadzenia własnej działalności opodatkowanej VAT, lecz przygotowanie jej do przeniesienia własności w ramach czynności zwolnionej od podatku.

W konsekwencji należy uznać, że nabywane przez A towary i usługi związane z realizacją Prac Adaptacyjnych będą wykorzystywane wyłącznie do czynności zwolnionej od podatku VAT. Skoro brak jest związku tych wydatków z czynnościami opodatkowanymi, nie zostaje spełniona podstawowa przesłanka z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, warunkująca możliwość odliczenia podatku naliczonego. Dodatkowo zastosowanie znajduje art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT, zgodnie z którym nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku faktury dokumentujące transakcję niepodlegającą opodatkowaniu albo zwolnioną od podatku. Przepis ten wprost wyłącza możliwość odliczenia podatku naliczonego w sytuacji, gdy nabywane towary i usługi są wykorzystywane do czynności zwolnionych z opodatkowania. W niniejszej sprawie wydatki na Prace Adaptacyjne pozostają w bezpośrednim i wyłącznym związku z dostawą nieruchomości korzystającą ze zwolnienia z VAT, a zatem prawo do odliczenia nie przysługuje również z uwagi na wskazaną negatywną przesłankę ustawową.

Stanowisko to znajduje potwierdzenie w interpretacjach organów podatkowych, przykładowo w interpretacji indywidualnej Dyrektora KIS z 7 kwietnia 2025 r., sygn. 0111-KDIB3-1.4012.92.2025.1.AB, w której organ analizował sytuację podatnika ponoszącego wydatki inwestycyjne na remont lokali mieszkalnych przeznaczonych wyłącznie do najmu zwolnionego z VAT. Organ stwierdził wprost, że: „Przedstawiona powyżej zasada wyklucza zatem możliwość dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z usługami i towarami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku VAT”

Mając na uwadze powyższe, należy stwierdzić, że w sytuacji gdy dostawa przez A budynków i budowli posadowionych na Działkach 2, 3 oraz 4 wchodzących w skład Nieruchomości C będzie czynnością zwolnioną z VAT, a Prace Adaptacyjne będą pozostawały w bezpośrednim i wyłącznym związku z tą czynnością, A nie będzie przysługiwało prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług związanych z realizacją tych prac.

Ocena stanowiska

Stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku jest w zakresie podatku od towarów i usług w części prawidłowe i w części nieprawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 1263 ze zm.), zwanej dalej „ustawą”:

Na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 6 i pkt 7 ustawy:

Stosownie do art. 2 pkt 6 ustawy:

W myśl art. 2 pkt 22 ustawy:

Zatem zgodnie z powołanymi przepisami, grunt spełnia definicję towaru wynikającą z art. 2 pkt 6 ustawy, a jego sprzedaż jest traktowana jako czynność odpłatnej dostawy towarów na terytorium kraju.

Wobec powyższego należy stwierdzić, że w sytuacji, gdy przedmiotem dostawy są towary w rozumieniu powołanego wyżej przepisu i gdy czynność ta prowadzi do przeniesienia prawa do rozporządzania tymi towarami jak właściciel, mamy do czynienia z dostawą w ujęciu art. 7 ust. 1 ustawy, co do zasady, podlegającą opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

Z przytoczonych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług wynika, że – co do zasady – opodatkowaniu podlegają czynności odpłatne, przy czym nie wynika z nich, że odpłatność za czynności dostawy towarów lub świadczenia usług musi mieć postać pieniężną. Odpłatność jako świadczenie wzajemne może również przybrać postać rzeczową – zapłata w innym towarze lub usłudze albo mieszana – zapłata w części pieniężna i w części rzeczowa. Innymi słowy, dla uznania czynności za odpłatną, wystarczające jest, by istniała możliwość określenia ceny wyrażonej w pieniądzu w stosunku do świadczenia wzajemnego stanowiącego wynagrodzenie za tę czynność.

Z przedstawionego opisu sprawy wynika, że A oraz B planują dokonanie zamiany nieruchomości w rozumieniu art. 603 ustawy Kodeks cywilny, zgodnie z którą każda ze stron przeniesie na drugą stronę prawo do określonych składników majątkowych w postaci prawa użytkowania wieczystego gruntów oraz prawa własności budynków i budowli posadowionych na tych gruntach.

Wątpliwości Państwa dotyczą kwestii czy Transakcję Zamiany należy traktować jako dwie niezależne transakcje dostawy nieruchomości.

Na podstawie art. 45 ustawy z dnia 23 kwietnia 1964 r. Kodeks cywilny (Dz. U. z 2026 r., poz. 795 ze zm.):

Stosownie do art. 46 § 1 ustawy Kodeks cywilny:

Zgodnie z art. 603 Kodeksu cywilnego:

Na gruncie regulacji ustawy Kodeks cywilny, w wyniku umowy zamiany następuje zatem przeniesienie własności rzeczy o charakterze odpłatnym, bowiem w wyniku rozporządzenia prawem własności na rzecz drugiej strony następuje wzajemne rozporządzenie prawem własności innej rzeczy stanowiące o odpłatnym charakterze zawartej umowy. Zatem w przypadku zamiany obie strony przenoszą na siebie wzajemnie własność rzeczy, występując zarówno w charakterze dostawcy, jak i w charakterze nabywcy.

Przepis art. 604 Kodeksu cywilnego stanowi, że:

Umowa zamiany jest umową wzajemną, bardzo zbliżoną do umowy sprzedaży. Różnica w stosunku do umowy sprzedaży polega na tym, że w miejsce świadczenia ceny pojawia się obowiązek drugiej strony przeniesienia własności rzeczy. Ze względu na wzajemny charakter umowy, wartość świadczonych rzeczy powinna być ekwiwalentna. Przy czym zamiana nieruchomości skutkuje przeniesieniem prawa do rozporządzania zamienianymi nieruchomościami jak właściciel.

W świetle art. 158 Kodeksu cywilnego:

Zatem umowa przeniesienia własności nieruchomości (również w drodze zamiany) jest czynnością cywilnoprawną. Z uwagi na powyższe przepisy należy stwierdzić, że umowa zamiany towarów na gruncie podatku od towarów i usług jest niczym innym jak dwiema odpłatnymi dostawami towarów.

W konsekwencji powyższego przeniesienie własności nieruchomości na podstawie umowy zamiany stanowi odpłatną dostawę towaru i podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

W związku z powyższym w ramach Transakcji Zamiany:

- Instytut dokona odpłatnej dostawy Nieruchomości B na rzecz A,

- A dokona odpłatnej dostawy Nieruchomości C na rzecz Instytutu.

Stanowisko Państwa w zakresie pytania nr 1 jest prawidłowe.

Kolejne wątpliwości dotyczą kwestii czy sprzedaż przez A na rzecz B w drodze Zamiany odrębnej własności budynków oraz budowli wzniesionych na Działce 2, Działce 4 oraz Działce 3, a także prawa wieczystego użytkowania gruntów stanowiących te działki ewidencyjne będzie korzystać ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy.

Zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy:

Z powyższego uregulowania wynika, że dostawa budynków, budowli lub ich części jest – co do zasady – zwolniona od podatku od towarów i usług. Wyjątek stanowi dostawa w ramach pierwszego zasiedlenia lub przed nim oraz jeżeli pomiędzy pierwszym zasiedleniem a dostawą budynku, budowli lub ich części upłynął okres krótszy niż 2 lata.

Zatem dla ustalenia zasad opodatkowania dostawy budynków, budowli lub ich części, kluczowym jest ustalenie, kiedy nastąpiło pierwsze zasiedlenie i jaki upłynął okres od tego momentu.

Zgodnie z treścią art. 2 pkt 14 ustawy:

Z przepisu tego wynika, że pierwszym zasiedleniem jest pierwsze zajęcie budynku/budowli lub ich części do używania. Pierwsze zasiedlenie budynku/budowli lub ich części ma więc miejsce zarówno w sytuacji, w której po wybudowaniu budynku/budowli lub ich części oddano je w najem, jak i w przypadku wykorzystywania budynku/budowli lub ich części na potrzeby własnej działalności gospodarczej podatnika – bowiem w obydwu przypadkach doszło do korzystania z budynku/budowli.

W przypadku nieruchomości zabudowanych niespełniających przesłanek do zwolnienia od podatku na podstawie powołanego wyżej przepisu art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy, ustawodawca umożliwia podatnikom – po spełnieniu określonych warunków – skorzystanie ze zwolnienia wskazanego w pkt 10a tego przepisu.

 

Według art. 43 ust. 1 pkt 10a ustawy:

Zwalnia się od podatku dostawę budynków, budowli lub ich części nieobjętą zwolnieniem, o którym mowa w pkt 10, pod warunkiem że:

   a) w stosunku do tych obiektów nie przysługiwało dokonującemu ich dostawy prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego,

   b) dokonujący ich dostawy nie ponosił wydatków na ich ulepszenie, w stosunku do których miał prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, a jeżeli ponosił takie wydatki, to były one niższe niż 30% wartości początkowej tych obiektów.

Powyższy przepis wskazuje, jakie muszą zostać spełnione warunki, aby sprzedaż budynków, budowli lub ich części mogła korzystać ze zwolnienia od podatku VAT na jego podstawie. Z przepisu tego wynika, że prawo do zwolnienia przysługuje wówczas, gdy w stosunku do budynków, budowli lub ich części będących przedmiotem sprzedaży nie przysługiwało dokonującemu ich dostawy prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, oraz dokonujący ich dostawy nie ponosił wydatków na ulepszenie tych obiektów, w stosunku do których miał prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, a jeżeli ponosił takie wydatki, to były one niższe niż 30% wartości początkowej tych obiektów.

Analiza powołanych wyżej przepisów prowadzi do stwierdzenia, że jeżeli dostawa budynków, budowli lub ich części będzie mogła korzystać ze zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy, wówczas badanie przesłanek wynikających z przepisu art. 43 ust. 1 pkt 10a stanie się bezzasadne.

Jeżeli nie zostaną spełnione przesłanki zastosowania zwolnienia od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 i pkt 10a ustawy, należy przeanalizować możliwość skorzystania ze zwolnienia od podatku w oparciu o przepis art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy.

Zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy:

Zwolnienie od podatku określone w art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy, dotyczy wszystkich towarów – zarówno nieruchomości, jak i ruchomości – przy nabyciu (imporcie lub wytworzeniu) których nie przysługiwało podatnikowi prawo do odliczenia podatku VAT i wykorzystywanych – niezależnie od okresu ich używania przez podatnika – wyłącznie na cele działalności zwolnionej od podatku VAT.

Jak wskazano wyżej, aby zastosować zwolnienie od podatku, o którym mowa w art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy, dla dostawy towarów, spełnione muszą być łącznie dwa warunki wskazane w tym przepisie, tj.:

   - towary od momentu ich nabycia do momentu ich zbycia muszą służyć wyłącznie działalności zwolnionej, w żadnym momencie ich posiadania nie można zmienić ich przeznaczenia oraz sposobu wykorzystywania,

   - przy nabyciu (imporcie, wytworzeniu) tych towarów nie przysługiwało dokonującemu ich dostawy prawo do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Niespełnienie jednego z powyższych warunków daje podstawę do wyłączenia dostawy towarów ze zwolnienia od podatku VAT przewidzianego w ww. art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy.

Analiza przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, regulujących wyżej wskazane prawo do zwolnienia od podatku dostawy budynków, budowli lub ich części, prowadzi do wniosku, że w odniesieniu do tych towarów może wystąpić jedna z ww. podstaw do zastosowania zwolnienia od tego podatku. Istotne jest wobec tego każdorazowe kompleksowe zbadanie okoliczności towarzyszących dostawie danego obiektu. Bowiem stosowanie zwolnień od podatku ma charakter wyjątkowy i nie podlega ani wykładni rozszerzającej, ani zawężającej, natomiast możliwość wychodzenia poza wykładnię literalną jest niedopuszczalna. W efekcie, podatnik uprawniony jest do zastosowania ww. preferencji, gdy charakter dokonywanych przez niego czynności, w sposób jednoznaczny i niebudzący wątpliwości, wyczerpuje znamiona ujęte w treści przepisu statuującego jego prawo do zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług.

Kwestię opodatkowania dostawy gruntu, na którym posadowione zostały budynki lub budowle rozstrzyga natomiast art. 29a ust. 8 ustawy, w myśl którego:

Co do zasady zatem, grunt będący przedmiotem sprzedaży podlega opodatkowaniu według takiej stawki podatku od towarów i usług, jaką opodatkowane są budynki/budowle na nim posadowione. Oznacza to, że w sytuacji, gdy budynki, budowle lub ich części korzystają ze zwolnienia od podatku VAT, również sprzedaż gruntu korzysta ze zwolnienia od podatku. Dotyczy to również prawa wieczystego użytkowania.

Z opisu sprawy wynika że A sprzeda prawo użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej obejmującej m.in. działki ewidencyjne nr 2, 3 oraz 4 wraz z prawem własności posadowionych na nich budynków i budowli stanowiących odrębny od gruntu przedmiot własności, tj. budynku biurowego trzykondygnacyjnego (Budynek 1), budynku niemieszkalnego jednokondygnacyjnego (Budynek 2), budynku przemysłowego dwukondygnacyjnego (Budynek 3), dwóch budynków magazynowych jednokondygnacyjnych (Budynek 4 i Budynek 5), a także budowli w postaci przepompowni ścieków wraz z uzbrojeniem oraz infrastruktury towarzyszącej (w tym ogrodzenia, słupów oświetleniowych oraz utwardzonych placów manewrowych i postojowych).

Budynek 1 i Budynek 2 zostały oddane do użytkowania w roku 2013, zaś Budynek 3, Budynek 4 i Budynek 5 zostały oddane do użytkowania w roku 2015. Opisane wyżej Budynki zostały wzniesione na Działce 4, przy czym Budynek 5 położony jest zarówno na Działce 4 jak i na Działce 2. Ponadto na Działce 3 zlokalizowana jest budowla w postaci urządzeń kanalizacyjnych przepompowni ścieków wraz z uzbrojeniem.

Okres, jaki upłynął od rozpoczęcia wykorzystywania ww. Budynków i Budowli na potrzeby działalności gospodarczej przez poprzedniego właściciela, przekroczył w sposób znaczący okres 2 lat.

W ciągu ostatnich dwóch lat zarówno poprzedni właściciel, jak i Państwo jako nowy nabywca nie ponieśli wydatków na ulepszenie, w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, któregokolwiek z ww. Budynków, ani też jakiejkolwiek Budowli lub jej części, wybudowanych na Nieruchomości, które stanowiłyby co najmniej 30% ich wartości początkowej. W związku z Transakcją planowane jest przeprowadzenie przez Państwa prac adaptacyjnych stanowiących jeden z warunków dokonania Zamiany, niemniej Strony nie przewidują, aby ich wartość na moment dokonania Transakcji przekroczyła 30% wartości początkowej któregokolwiek z Budynków, ani też jakiejkolwiek Budowli lub jej części, wybudowanych na Nieruchomości.

W związku z powyższym sprzedaż przez A na rzecz B w drodze Zamiany odrębnej własności budynków oraz budowli wzniesionych na Działce 2, Działce 4 oraz Działce 3, a także prawa wieczystego użytkowania gruntów stanowiących te działki ewidencyjne będzie korzystać ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy, gdyż pomiędzy pierwszym zasiedleniem a dostawą Budynków i Budowli upłynął okres dłuższy niż 2 lata, a przewidywana wartość prac adaptacyjnych na moment dokonania Transakcji nie przekroczy 30% wartości początkowej któregokolwiek z Budynków ani też jakiejkolwiek Budowli lub ich części, wybudowanych na Nieruchomości.

Stanowisko Państwa w zakresie pytania nr 2 jest prawidłowe.

Wątpliwości Państwa dotyczą także kwestii czy sprzedaż przez A na rzecz B w drodze Zamiany prawa wieczystego użytkowania gruntu stanowiącego Działkę 1 będzie korzystać ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy.

W art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy, ustawodawca przewidział zwolnienie od podatku VAT dla dostawy nieruchomości niezabudowanych spełniających określone w tych przepisach warunki.

Na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy:

W świetle art. 2 pkt 33 ustawy:

Powyższe oznacza, że w przypadku dostawy nieruchomości gruntowych niezabudowanych opodatkowane są wyłącznie te, których przedmiotem są tereny budowlane (przeznaczone pod zabudowę). Pozostałe natomiast dostawy gruntów niezabudowanych, będących gruntami leśnymi, rolnymi itp., nieprzeznaczonymi pod zabudowę – są zwolnione od podatku VAT.

Podkreślić należy, że analiza powołanego wyżej przepisu art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy wskazuje jednoznacznie, że zwolnienie od podatku obejmuje zbycie nieruchomości niezabudowanych innych niż tereny budowlane.

W tym miejscu należy zauważyć, że w myśl art. 3 ust. 1 ustawy z dnia 27 marca 2003 r. o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym (t. j. Dz. U. z 2026 r., poz. 538 ze zm.):

Jak stanowi art. 4 ust. 1 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym:

W myśl zapisów art. 4 ust. 2 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym:

Stosownie zaś do art. 15 ust. 2 pkt 1 ww. ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym:

O przeznaczeniu nieruchomości stanowią zatem akty prawa miejscowego. Miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego – jako źródło prawa miejscowego, a w przypadku jego braku decyzja o warunkach zabudowy – jako akt indywidualny prawa administracyjnego.

W tym miejscu warto wyjaśnić, że stosownie do treści wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 28 marca 1996 r. w sprawie C-468/93 Gemeente Emmen – „teren budowlany” oznacza każdy nieuzbrojony lub uzbrojony teren uznany przez państwa członkowskie za teren z przeznaczeniem pod zabudowę.

Zatem także w świetle orzeczeń Trybunału Sprawiedliwości za teren budowlany uznać można jedynie taki, który regulacjami prawa krajowego został przeznaczony pod zabudowę.

Wprowadzony do ustawy o podatku od towarów i usług art. 2 pkt 33, odpowiada więc także treści ww. orzeczenia, gdyż cechę przeznaczenia pod zabudowę ustalić należy na podstawie określonych wprost w ustawie dokumentów prawa miejscowego.

Z powyższego wynika, że ustawa o podatku od towarów i usług nakazuje oceniać przeznaczenie określonego gruntu wyłącznie w oparciu o istniejący plan zagospodarowania przestrzennego, a w przypadku jego braku o wydane decyzje o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu.

Zauważyć w tym miejscu należy, że analiza ustawy o podatku od towarów i usług wskazuje jednoznacznie, że zwolnienie od podatku VAT obejmuje zbycie nieruchomości niezabudowanych (gruntów) wyłącznie w sytuacji, gdy nie są one przeznaczone pod zabudowę. Elementem, który determinuje możliwość skorzystania ze zwolnienia od podatku VAT przy zbyciu gruntów, jest przeznaczenie gruntu na cele inne niż budowlane.

Z opisu sprawy wynika, że przeznaczenie Działki nr 1 według miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego to teren usług lub produkcji lub składów i magazynów.

Wobec powyższego należy wskazać, że ww. Działka nr 1 spełnia definicję terenów budowlanych w rozumieniu art. 2 pkt 33 ustawy. Zatem sprzedaż Działki nr 1 nie będzie mogła korzystać ze zwolnienia od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy.

Tym samym Państwa stanowisko w zakresie pytania nr 4, że dostawa Działki 1 (prawa użytkowania wieczystego tego gruntu) przez A na rzecz B w ramach Transakcji winna być traktowana jako dostawa terenu budowlanego, a zatem przewidziane w art. 43 ust. 1 pkt 9 ustawy o VAT zwolnienie nie będzie miało zastosowania, jest prawidłowe.

Wątpliwości Państwa dotyczą również kwestii czy sprzedaż przez B na rzecz A w drodze Zamiany Nieruchomości B będzie korzystać ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy.

Z opisu sprawy wynika, że Instytut nabył Nieruchomość B dnia 15.06.2007 r. na mocy umowy sprzedaży. Nabycie Nieruchomości B przez Instytut od poprzedniego właściciela było zwolnione z VAT. Na moment nabycia, na Nieruchomości B znajdowały się budynki i budowle, które mają być przedmiotem Zamiany, tj.

- na działce nr 5 - jednokondygnacyjny budynek handlowo-usługowy, kilka jednokondygnacyjnych budynków niemieszkalnych oraz stacja transformatorowa,

- na działce nr 6 - budowla w postaci fragmentu ogrodzenia oraz szlabanu wjazdowego (nieruchomość wykorzystywana jako droga dojazdowa),

- na działce nr 7 - cztery budynki oraz pięciokondygnacyjny budynek magazynowo-biurowego.

Budynki i budowle były przedmiotem pierwszego zasiedlenia jeszcze przez poprzedniego właściciela Nieruchomości B i nie zostały w ciągu ostatnich dwóch lat ulepszone przez Instytut, tj. wydatki poniesione na ulepszenie, w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, nie stanowiły co najmniej 30% wartości początkowej któregokolwiek z budynków czy budowli posadowionych na tej Nieruchomości.

W związku z powyższym sprzedaż przez B na rzecz A w drodze Zamiany Nieruchomości B będzie korzystać ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy, gdyż pomiędzy pierwszym zasiedleniem a dostawą Budynków i Budowli upłynął okres dłuższy niż 2 lata.

Stanowisko Państwa w zakresie pytania nr 5 jest prawidłowe.

Kolejne wątpliwości Państwa dotyczą kwestii czy podstawą opodatkowania dla:

     - A z tytułu dostawy Nieruchomości C dokonywanej na rzecz B w ramach Transakcji Zamiany będzie określona w pieniądzu wartość otrzymanej przez A od Instytutu  Nieruchomości B, tj. wartość tej Nieruchomości ustalona przez strony transakcji pomniejszona o kwotę podatku należnego,

    - Instytutu z tytułu dostawy Nieruchomości B dokonywanej na rzecz A w ramach Transakcji Zamiany będzie określona w pieniądzu wartość otrzymanej przez Instytut od A Nieruchomości C, tj. wartość tej Nieruchomości ustalona przez strony transakcji pomniejszona o kwotę podatku należnego.

Na podstawie art. 29a ust. 1 ustawy:

Z powyższego wynika, że art. 29a ust. 1 ustawy odnosi się do wszystkiego, co stanowi zapłatę, obejmując swym zakresem każdą formę zapłaty otrzymaną przez sprzedawcę z tytułu dostawy towarów lub wykonania usługi.

 

Katalog elementów dodatkowych wchodzących w skład podstawy opodatkowania określony został w art. 29a ust. 6 ustawy, zgodnie z którym:

Podstawa opodatkowania obejmuje:

 1) podatki, cła, opłaty i inne należności o podobnym charakterze, z wyjątkiem kwoty podatku;

 2) koszty dodatkowe, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu i ubezpieczenia, pobierane przez dokonującego dostawy lub usługodawcę od nabywcy lub usługobiorcy.

 

W myśl art. 29a ust. 7 ustawy:

Podstawa opodatkowania nie obejmuje kwot:

 1) stanowiących obniżkę cen w formie rabatu z tytułu wcześniejszej zapłaty;

 2) udzielonych nabywcy lub usługobiorcy opustów i obniżek cen, uwzględnionych w momencie sprzedaży;

 3) otrzymanych od nabywcy lub usługobiorcy jako zwrot udokumentowanych wydatków poniesionych w imieniu i na rzecz nabywcy lub usługobiorcy i ujmowanych przejściowo przez podatnika w prowadzonej przez niego ewidencji na potrzeby podatku.

Z powyższych przepisów wynika, że co do zasady podstawa opodatkowania obejmuje wszystko co stanowi wartość otrzymanego świadczenia, które dostawca lub świadczący usługę otrzymuje lub powinien otrzymać od kupującego. Przepis art. 29a ust. 6 i ust. 7 ustawy wymienia elementy, które powinny być wliczane bądź nie do podstawy opodatkowania.

Jednocześnie tut. Organ nadmienia, iż przepisy prawa podatkowego nie regulują wysokości kwoty należnej od nabywcy, czyli ceny sprzedaży. Przepisy ustawy o podatku od towarów i usług, które regulują konsekwencje publiczno-prawne dokonania sprzedaży towaru lub wyświadczenia usługi – nie mogą mieć wpływu na wysokość ceny ustalonej przez strony umowy cywilnej. Regulują bowiem, co stanowi podstawę opodatkowania, ale nie mają i nie mogą mieć wpływu na sposób jej ustalenia.

W prawodawstwie polskim obowiązuje zasada swobody umów, w ramach której strony mogą dowolnie kształtować treść umowy w granicach wyznaczonych przez prawo. Zasada ta ma również zastosowanie na gruncie prawa podatkowego. W związku z tym, przy ustalaniu wysokości należności ustawodawca nie ingeruje w sferę podejmowania decyzji, co do sposobu określenia należności (ceny – tj. czy winna być ona uzgodniona w zawartej pomiędzy kontrahentami umowie jako wartość bez podatku VAT, tzw. cena netto, czy też wartość z podatkiem VAT, tzw. cena brutto) za sprzedawany towar, a wszelkie spory pomiędzy stronami transakcji w tym zakresie są rozstrzygane na gruncie prawa cywilnego, a nie podatkowego.

Jak wynika z utrwalonego orzecznictwa TSUE, podstawą opodatkowania dostawy towarów lub świadczenia usług jest wynagrodzenie rzeczywiście otrzymane z tego tytułu. Owo wynagrodzenie jest zatem wartością subiektywną, czyli rzeczywiście otrzymaną, a nie wartością oszacowaną według kryteriów obiektywnych. Ponadto wynagrodzenie musi być wyrażalne w pieniądzu (zob. wyrok z dnia 19 grudnia 2012 r. w sprawie C-549/11, z dnia 29 lipca 2010 r. w sprawie C-40/09).

Jeżeli wartość ta nie jest kwotą pieniędzy uzgodnioną między stronami, powinna ona, jako wartość subiektywna, odpowiadać wartości, jaką dla odbiorcy ma usługa będąca wynagrodzeniem za dostawę towarów, oraz kwocie, jaką byłby on skłonny za tę usługę zapłacić (wyrok z dnia 2 czerwca 1994 r. w sprawie C-33/93).

Wobec powyższego w przypadku zamiany towarów za podstawę opodatkowania należy uznać, zgodnie z ogólnymi zasadami wynikającymi z art. 29a ust. 1 ustawy, wynagrodzenie rzeczywiście otrzymane z tytułu dostawy towaru, które stanowi wartość subiektywną stanowiącą odzwierciedlenie wartości, jaką dla odbiorcy ma towar będący wynagrodzeniem za dostawę towaru (kwota, jaką byłby on skłonny zapłacić).

Podstawą opodatkowania przy przeniesieniu prawa własności nieruchomości dokonywanego w ramach umowy zamiany zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy pomniejszone o kwotę podatku.

W przypadku zamiany nieruchomości za podstawę opodatkowania należy uznać, zgodnie z ogólnymi zasadami wynikającymi z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, wynagrodzenie rzeczywiście otrzymane z tytułu dostawy towarów, które stanowi wartość subiektywną stanowiącą odzwierciedlenie wartości, jaką dla odbiorcy ma towar będący wynagrodzeniem za dostawę towaru, tj. kwota, jaką byłby on skłonny zapłacić. Jeżeli jedynym wynagrodzeniem od nabywcy będzie otrzymana w wyniku zamiany nieruchomość, to wartość tej otrzymanej nieruchomości, pomniejszona o kwotę należnego podatku, będzie stanowiła podstawę opodatkowania z tytułu zamiany nieruchomości. Podstawą opodatkowania będzie zatem określona w pieniądzu wartość otrzymanej przez podatnika nieruchomości będącej przedmiotem zamiany. Natomiast jeżeli dodatkowo wynagrodzeniem z tytułu zamiany nieruchomości będzie dopłata uiszczana przez podmiot, który otrzymał w wyniku zamiany nieruchomość o wartości wyższej, to również ta dopłata pieniężna będzie stanowiła element podstawy opodatkowania podatkiem VAT po stronie podmiotu otrzymującego tę dopłatę. Również tym elementem będą koszty dodatkowe związane z dokonywaną transakcją zamiany, którymi dostawca obciąża nabywcę towaru. Podstawą opodatkowania w podatku VAT jest bowiem zapłata, którą dostawca faktycznie otrzymuje (lub którą ma otrzymać) z tytułu zamiany nieruchomości.

Jeśli zatem Państwo ustalą z nabywcą wartość (cenę) dostarczanego towaru, to podstawą opodatkowania ww. dostawy będzie wartość pieniężna ustalona przez strony.

Zgodnie z art. 3 ust. 1 pkt 1 i ust. 2 ustawy z dnia 9 maja 2014 r. o informowaniu o cenach towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2023 r., poz. 168):

W myśl art. 3 ust. 2 ustawy o informowaniu o cenach towarów i usług:

Z przytoczonych regulacji ustawy o podatku od towarów i usług wynika, że podstawą opodatkowania jest zapłata z tytułu dokonanej dostawy (np. w formie zamiany), pomniejszona o kwotę należnego podatku, tj. wartość netto (bez podatku). Przy czym to strony (a nie organ podatkowy) dokonujące czynności cywilnoprawnych określają w zawieranych przez siebie umowach wartość – cenę, za którą dokonują transakcji.

Zatem analiza przedmiotu umów cywilnoprawnych, a zwłaszcza kwestii wartości planowanych transakcji oraz dokumentów z jakich one mają wynikać, nie mieści się w ramach postępowania określonego w art. 14b § 1 ustawy Ordynacja podatkowa.

Odnosząc powyższe do analizowanej sprawy, należy zauważyć, że z przedstawionego we wniosku opisu zdarzenia przyszłego wynika, iż na podstawie ustaleń umownych Strony przyjmują, za operatami, dla potrzeb Zamiany wartość dla:

- Nieruchomości C w kwocie (…) zł

- Nieruchomości B w kwocie (…) zł.

Transakcja zostanie dokonana w formie aktu notarialnego. Jednocześnie na żadnej ze Stron nie będzie ciążył obowiązek dopłaty z tytułu dokonanej Zamiany.

Zatem w rozpatrywanej sprawie wartości zamienianych nieruchomości są różne, ale na żadnej ze Stron nie będzie ciążył obowiązek dopłaty z tytułu dokonanej Zamiany.

W konsekwencji należy stwierdzić, że skoro strony transakcji zamiany opisanych nieruchomości rezygnują z dopłat, to podstawę opodatkowania należy przyjąć w wysokości odpowiadającej wartości niższej z zamienianych nieruchomości (a więc wartości nieruchomości należącej do B), pomniejszonej o kwotę należnego podatku.

Podsumowując, podstawą opodatkowania przez A Nieruchomości C powinna być określona w Umowie Zamiany wartość Nieruchomości B, otrzymanej przez A w ramach tej umowy.

Natomiast podstawą opodatkowania Nieruchomości B przez B będzie określona w Umowie Zamiany wartość Nieruchomości B.

W związku z powyższym stanowisko Państwa w zakresie pytania nr 6 jest prawidłowe, a w zakresie pytania nr 7 jest nieprawidłowe.

Wątpliwości Państwa dotyczą kwestii czy A będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT w związku z nabywanymi usługami i towarami potrzebnymi do wykonania Prac Adaptacyjnych.

Odnosząc się z kolei do Państwa wątpliwości dotyczących prawa do odliczenia podatku naliczonego, należy wskazać, że zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy:

Na mocy art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy:

Z powyższych przepisów wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego.

Przedstawiona wyżej zasada wyklucza zatem możliwość dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystania do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających temu podatkowi.

Podkreślić również należy, że ustawodawca zapewnił podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Ten ostatni przepis określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy:

Stosownie do art. 88 ust. 4 ustawy:

Zgodnie z powyższymi przepisami, z prawa do odliczenia podatku skorzystać mogą wyłącznie podatnicy, którzy są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, a transakcja udokumentowana fakturą podlega opodatkowaniu i nie jest zwolniona od podatku.

Z przedstawionego opisu sprawy wynika, że jako jeden z warunków pozwalających na zawarcie Umowy Przyrzeczonej, Umowa Przedwstępna przewiduje wykonanie na Nieruchomości C przez A przed zawarciem Umowy Przyrzeczonej prac projektowych, robót budowlanych, prac remontowych oraz innych prac adaptacyjnych, na własny koszt i ryzyko (Prace Adaptacyjne). Planowane jest, aby Prace Adaptacyjne rozpoczęły się niezwłocznie po podpisaniu Umowy Przedwstępnej oraz uzyskaniu zgód wymaganych od organów państwowych i zostały zakończone w możliwie najszybszym terminie.

Po ustaleniu przez Strony ostatecznego planu w zakresie ww. Prac, sporządzony zostanie ich plan kosztów, oparty o przewidywane przez strony wydatki zw. z przeprowadzeniem Prac, w tym wykonanie projektu, uzyskanie wymaganych przepisami prawa pozwoleń czy koszty usług generalnego wykonawcy, którego A planuje zatrudnić do ich wykonania. Po zakończeniu Prac Adaptacyjnych Strony dokonają ich odbioru technicznego. Wraz z wydaniem Nieruchomości C Spółka przekaże Instytutowi dokumentację powykonawczą, instrukcję użytkowania obiektu oraz dokumenty gwarancyjne.

Jak wskazano wyżej sprzedaż przez A na rzecz B w drodze Zamiany odrębnej własności budynków oraz budowli wzniesionych na Działce 2, Działce 4 oraz Działce 3, a także prawa wieczystego użytkowania gruntów stanowiących te działki ewidencyjne będzie korzystać ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy, gdyż pomiędzy pierwszym zasiedleniem a dostawą Budynków i Budowli upłynął okres dłuższy niż 2 lata.

Zatem nabywane przez A towary i usługi związane z realizacją Prac Adaptacyjnych będą wykorzystywane wyłącznie do czynności zwolnionej od podatku VAT. Skoro brak jest związku tych wydatków z czynnościami opodatkowanymi, nie zostaje spełniona podstawowa przesłanka z art. 86 ust. 1 ustawy, warunkująca możliwość odliczenia podatku naliczonego. Wydatki na Prace Adaptacyjne pozostają w bezpośrednim i wyłącznym związku z dostawą nieruchomości korzystającą ze zwolnienia z VAT.

W związku z powyższym A nie będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego w związku z nabywanymi towarami i usługami służącymi wykonaniu Prac Adaptacyjnych.

Stanowisko Państwa w zakresie pytania nr 8 jest prawidłowe.

Z uwagi na okoliczność, że w interpretacji indywidualnej w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych z 9.10.2026 r. 0111-KDIB2-1.4010.467.2026.3.AJ stanowisko Państwa w zakresie pytania nr 3A uznałem za nieprawidłowe oraz warunkowy charakter pytania nr 3B, nie udzielam odpowiedzi na pytanie w zakresie podatku od towarów i usług oznaczone we wniosku nr 3B, gdyż oczekiwali Państwo odpowiedzi na to pytanie jedynie w przypadku, gdy stanowisko w zakresie pytania nr 3A będzie prawidłowe.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Interpretacja dotyczy zdarzenia przyszłego, które Państwo przedstawili i stanu prawnego obowiązującego w dniu wydania interpretacji.

Interpretacja dotyczy wyłącznie zakresu podatku od towarów i usług. W zakresie podatku dochodowego od osób prawnych i podatku od czynności cywilnoprawnych zostanie wydane odrębne rozstrzygnięcie.

Wskazuję, że wydana interpretacja dotyczy tylko sprawy będącej przedmiotem Państwa wniosku (pytań). Inne kwestie przedstawione w zdarzeniu przyszłym, bądź we własnym stanowisku, które nie zostały objęte pytaniami nie mogą być – zgodnie z art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej – rozpatrzone.

Zgodnie z art. 14b § 3 ustawy Ordynacja podatkowa, składający wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej obowiązany jest do wyczerpującego przedstawienia zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego. Organ jest ściśle związany przedstawionym we wniosku stanem faktycznym (opisem zdarzenia przyszłego). Zainteresowany ponosi ryzyko związane z ewentualnym błędnym lub nieprecyzyjnym przedstawieniem we wniosku opisu stanu faktycznego (zdarzenia przyszłego). Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, gdy rzeczywisty stan faktyczny sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie z opisem zdarzenia przyszłego podanym przez Państwa w złożonym wniosku. W związku z powyższym, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego w opisie sprawy, udzielona odpowiedź traci swą aktualność.

Jednocześnie należy podkreślić, że niniejsza interpretacja została wydana na podstawie przedstawionego we wniosku opisu sprawy, co oznacza, że w przypadku, gdy w toku postępowania podatkowego, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej zostanie określony odmienny stan sprawy, interpretacja nie wywoła w tym zakresie skutków prawnych.

 

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

   - Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 622 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem zdarzenia przyszłego. Z funkcji ochronnej będą mogli skorzystać Ci z Państwa, którzy zastosują się do interpretacji.

  - Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

  - Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację przez Zainteresowanego, który jest stroną postępowania

A S.A. (Zainteresowany będący stroną postępowania – art. 14r § 2 Ordynacji podatkowej) ma prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; dalej jako „PPSA”).

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

   - w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo

   - w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a, art. 14b § 1 i art. 14r Ordynacji podatkowej.