Program TaxMachine 2 oparty jest na bazach SQL-owych, w związku z tym w przypadku zmiany schematu bazy niezbędne jest przeprowadzenie aktualizacji schematów używanych baz. Operacja ta jest wykonywana automatycznie przy otwieraniu bazy danych i składa się z dwóch etapów:

• wykonania kopii aktualizowanej bazy,
• właściwej aktualizacji schematu bazy danych.

Program podczas otwierania bazy sprawdza czy jej schemat zgadza się ze schematem zdefiniowanym w programie. Jeżeli tak nie jest (oraz numer wersji schematu bazy jest niższy niż numer wersji schematu programu, o czym niżej) to pojawia się okno (kreator) "Aktualizacja bazy danych" i użytkownik w kilku krokach przeprowadza aktualizację schematu.

Ważnym elementem systemu automatycznej aktualizacji schamatów baz danych jest numer kolejny schematu bazy. Przyjęto zasadę, że tylko program o numerze wersji schematu równym lub większym niż numer wersji schematu bazy danych może otworzyć daną bazę. Dlatego starsza wersja programu przy próbie otworzenia bazy w nowsze wersji wyświetli komunikat, że nie może otworzyć tej bazy gdyż jest ona w wersji nowszej niż wersja schematu zawarta w programie. W praktyce oznacza to, że po aktualizacji bazy należy zawsze zaktualizować (w ramach mechanizmu automatyczniej aktualizacji) wszystkie programy korzystające z tej bazy, bowiem starsze wersje programu nie otworzą bazy zaktualizowanej przez nowszą wersję programu.

Podczas aktualizacji należy zamknąć wszystkie programy korzystające z bazy, w czasie aktualizacji tabele mogą być usuwane co może zakłócić pracę innych programów, oprócz tego ewentualne blokady mogą uniemożliwić przeprowadzenie aktualizacji.